seq1 = pF1KB6704.tfa, 384 bp
seq2 = pF1KB6704/gi568815575f_124246643.tfa (gi568815575f:124246643_124471388), 224746 bp

>pF1KB6704 384
>gi568815575f:124246643_124471388 (ChrX)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-201  (119119-119182)   100% ->
202-346  (123534-123678)   100% ->
347-384  (124709-124746)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCAGTGGCTGTGTATCATGGCAAAATCAGCAGGGAAACCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCAGTGGCTGTGTATCATGGCAAAATCAGCAGGGAAACCGGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCTCCTGCTTGCCACTGGGCTGGATGGCAGCTATTTGCTGAGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCTCCTGCTTGCCACTGGGCTGGATGGCAGCTATTTGCTGAGGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGAGCGTGCCAGGCGTGTACTGCCTATGTGTGCT         GTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 GCGAGAGCGTGCCAGGCGTGTACTGCCTATGTGTGCTGTG...CAGGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACGGTTACATTTATACATACCGAGTGTCCCAGACAGAAACAGGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119123 CACGGTTACATTTATACATACCGAGTGTCCCAGACAGAAACAGGTTCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGTGCTGAG         ACAGCACCTGGGGTACATAAAAGATATTTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119173 GAGTGCTGAGGTA...CAGACAGCACCTGGGGTACATAAAAGATATTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAAAATAAAAAATCTCATTTCAGCATTTCAGAAGCCAGATCAAGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123565 GGAAAATAAAAAATCTCATTTCAGCATTTCAGAAGCCAGATCAAGGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAATACCTCTGCAGTATCCAGTTGAGAAGAAGTCCTCAGCTAGAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123615 GTAATACCTCTGCAGTATCCAGTTGAGAAGAAGTCCTCAGCTAGAAGTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAAGGTACTACAG         GGATAAGAGAAGATCCTGATGTCTGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123665 ACAAGGTACTACAGGTA...TAGGGATAAGAGAAGATCCTGATGTCTGCC

    400     .    :
    374 TGAAAGCCCCA
        |||||||||||
 124736 TGAAAGCCCCA