seq1 = pF1KB6698.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KB6698/gi568815592r_3157464.tfa (gi568815592r:3157464_3327543), 170080 bp

>pF1KB6698 1335
>gi568815592r:3157464_3327543 (Chr6)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-166  (100875-100983)   91% ->
167-277  (101275-101385)   90% ->
278-1335  (101733-102790)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAGATCGTGCACATCCAGGCGGGCCAGTGCGGCAACCAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTGAGATCGTGCACATCCAGGCGGGCCAGTGCGGCAACCAGATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAAG         TTTTGGGAGGTCATCAGCGATGAGCATGGGATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||| |||||||||||||| |
 100051 CGCCAAGGTG...CAGTTTTGGGAGGTCATCAGTGATGAGCATGGGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCCACAGGCAGTTACCATGGAGACAGTGACTTGCAGCTGGAGAGAATC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100909 ACCCCACTGGCAGTTACCATGGAGACAGTGATTTGCAGCTGGAGAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTGTACTACAATGAGGCTGCTG         GTAACAAATATGTACC
        || || ||||||||||| ||  |||>>>...>>>||||||||||||| ||
 100959 AATGTTTACTACAATGAAGCCACTGGTA...CAGGTAACAAATATGTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGGGCCATCCTGGTGGATCTGGAGCCTGGCACCATGGACTCTGTCAGGT
        |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||
 101291 TCGGGCCATCCTCGTGGATCTGGAGCCAGGCACGATGGATTCGGTTAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGACCCTTCGGCCAGATCTTCAGACCAGACAACTTCGTGTTCG     
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |>>>..
 101341 CTGGACCATTCGGCCAGATCTTCAGACCAGACAATTTCGTGTTTGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GCCAGAGTGGAGCCGGGAATAACTGGGCCAAGGGCCACTACACAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101391 .CAGGCCAGAGTGGAGCCGGGAATAACTGGGCCAAGGGCCACTACACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGAGCCGAGCTGGTCGACTCGGTCCTGGATGTGGTGAGGAAGGAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101779 GGGAGCCGAGCTGGTCGACTCGGTCCTGGATGTGGTGAGGAAGGAGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCTGTGACTGTCTCCAGGGCTTCCAGCTGACCCACTCTCTGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101829 AGAGCTGTGACTGTCTCCAGGGCTTCCAGCTGACCCACTCTCTGGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACGGGGTCCGGGATGGGCACCCTGCTCATCAGCAAGATCCGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101879 GGCACGGGGTCCGGGATGGGCACCCTGCTCATCAGCAAGATCCGGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACCCAGACCGCATCATGAACACCTTCAGCGTCATGCCCTCACCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101929 GTACCCAGACCGCATCATGAACACCTTCAGCGTCATGCCCTCACCCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCAGACACGGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCGGTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101979 TGTCAGACACGGTGGTGGAGCCCTACAACGCCACCCTCTCGGTCCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGTGGAAAACACAGATGAAACCTACTCCATTGATAACGAGGCCCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
 102029 CTGGTGGAAAACACAGATGAAACCTACTGCATTGACAACGAGGCCCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACATCTGCTTCCGCACCCTGAAGCTGACCACCCCCACCTACGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 TGACATCTGCTTCCGCACCCTGAAGCTGACCACCCCCACCTACGGGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAACCACCTGGTGTCGGCCACCATGAGCGGGGTCACCACCTGCCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 TCAACCACCTGGTGTCGGCCACCATGAGCGGGGTCACCACCTGCCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCCGGGCCAGCTGAACGCAGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 TTCCCGGGCCAGCTGAACGCAGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCCTTCCCTCGCCTGCACTTCTTCATGCCCGGCTTCGCGCCCCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102229 GCCCTTCCCTCGCCTGCACTTCTTCATGCCCGGCTTCGCGCCCCTGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCGCTCACGGTGCCCGAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102279 GCCGGGGCAGCCAGCAGTACCGGGCGCTCACGGTGCCCGAGCTCACCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGATGTTCGACTCCAAGAACATGATGGCCGCCTGCGACCCGCGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102329 CAGATGTTCGACTCCAAGAACATGATGGCCGCCTGCGACCCGCGCCACGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGCTACCTGACGGTGGCTGCCATCTTCCGGGGCCGCATGTCCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102379 CCGCTACCTGACGGTGGCTGCCATCTTCCGGGGCCGCATGTCCATGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGTGGACGAGCAGATGCTCAACGTGCAGAACAAGAACAGCAGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102429 AGGTGGACGAGCAGATGCTCAACGTGCAGAACAAGAACAGCAGCTACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGGAGTGGATCCCCAACAACGTGAAGACGGCCGTGTGCGACATCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102479 GTGGAGTGGATCCCCAACAACGTGAAGACGGCCGTGTGCGACATCCCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCGCGGCCTGAAGATGTCGGCCACCTTCATCGGCAACAGCACGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102529 CCGCGGCCTGAAGATGTCGGCCACCTTCATCGGCAACAGCACGGCCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102579 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCACGGCCATGTTCCGGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAGGCCTTCCTGCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGACGAGATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102629 AAGGCCTTCCTGCACTGGTACACGGGCGAGGGCATGGACGAGATGGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACCGAGGCCGAGAGCAACATGAACGACCTGGTGTCCGAGTACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102679 CACCGAGGCCGAGAGCAACATGAACGACCTGGTGTCCGAGTACCAGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACCAGGACGCCACGGCCGACGAACAAGGGGAGTTCGAGGAGGAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102729 ACCAGGACGCCACGGCCGACGAACAAGGGGAGTTCGAGGAGGAGGAGGGC

   1350     .    :
   1324 GAGGACGAGGCG
        ||||||||||||
 102779 GAGGACGAGGCG