seq1 = pF1KB6694.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB6694/gi568815597f_96346930.tfa (gi568815597f:96346930_96548315), 201386 bp

>pF1KB6694 1386
>gi568815597f:96346930_96548315 (Chr1)

1-1386  (100001-101386)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAGGAAAAGACTCATATCAACATTGTCGTCATTGGACACGTAGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAAAGAAAAGACTCATATCAACATTGTCGTCATTGGACACGTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGGGCAAGTCCACCACTACTGGCCATCTGATCTATAAATGCGGTGGCA
        ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
 100051 TTCGGGCAAGTCCACCACTTCTGGCCATCTGATCTACAAATGCGGTGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACAAAAGAACCATTGAAAAATTTGAGAAGGAGGCTGCTGAGATGGGA
        ||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||
 100101 TCGACAAAAGAACAATTGAAAAATTGCAGAAAGAGGCTGCTGAGATGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGGCTCCTTCAAGTATGCCTGGGTCTTGGATAAACTGAAAGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGGCTCCTTCAAGTATGCCTGAGTCTTGGATAAACTGAAAGCTGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAACGTGGTATCACCATTGATATCTCCTTGTGGAAATTTGAGACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAACGTGGTATCACCATTGATATCTCCTTGTGGAAATTTGAGACCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTACTATGTGACTATCATTGATGCCCCAGGACACAGAGACTTTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100251 AGTACTATGTGACTATCATTGATGCCCCAGGACACAGAGACTTCATCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACATGATTACAGGGACATCTCAGGCTGACTGTGCTGTCCTGATTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||
 100301 AACATGATTACAGGGACATCTCAGGCTGGTTGTGCTGTCCTAATTGTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTGGTGTTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGAATGGGCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTGGTGTTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGAATGGGCAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGAGCATGCCCTTCTGGCTTACACACTGGGTGTGAAACAACTAATTGTC
        ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| 
 100401 GAGAGCATGCCCTTCTGGCATATACACTGGGTGTGAAACAACTAATTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTGTTAACAAAATGGATTCCACTGAGCCACCCTACAGCCAGAAGAGATA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGTTAACAAAATGGATTCCACTGAGCCACCCTACAGCCAGAAGAGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAGGAAATTGTTAAGGAAGTCAGCACTTACATTAAGAAAATTGGCTACA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAGGAAATTGTTAAGGAAATCAGCACTTACATTAAGAAAATTGGCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCCCGACACAGTAGCATTTGTGCCAATTTCTGGTTGGAATGGTGACAAC
        ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100551 ACCCCAACACAGTAGCATTTGTGCCAATTTCTGGTTAGAATGGTGACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGCTGGAGCCAAGTGCTAACATGCCTTGGTTCAAGGGATGGAAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGCTGGAGCCAAGTGCTAACATGCCTTGGTTCAAGGGATGGAAAGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGTAAGGATGGCAATGCCAGTGGAACCACGCTGCTTGAGGCTCTGGACT
        || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100651 CCATAAGGATGGCAATGCCAGTGGAACCATGCTGCTTGAGGCTCTGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCATCCTACCACCAACTCGTCCAACTGACAAGCCCTTGCGCCTGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCATCCTACCACCAACTCGTCCAACTGACAAGCCCTTGCGCCTGCCTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGGATGTCTACAAAATTGGTGGTATTGGTACTGTTCCTGTTGGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100751 CAGGATGTCTACAAAATTGGTGGTATTGGTACTGTTCTTGTTGGCCGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGACTGGTGTTCTCAAACCCGGTATGGTGGTCACCTTTGCTCCAGTCA
        |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGACTGGTATTCTCAAACCTGGTATGGTGGTCACCTTTGCTCCAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGTTACAACGGAAGTAAAATCTGTCGAAATGCACCATGAAGCTTTGAGT
         ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100851 GCGTTACAACAGAAGTAAAATCTGTCGAAATGCACCATGAAGCTTTGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAAGCTCTTCCTGGGGACAATGTGGGCTTCAATGTCAAGAATGTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAAGCTCTTCCTGGGGACAATATGGGCTTCAATGTCAAGAATGTGTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAGGATGTTCGTCGTGGCAACGTTGCTGGTGACAGCAAAAATGACCCAC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAGGATGTTCATCGTGGCAACGTTGCTGGTGACAGCAAAAATGACCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAATGGAAGCAGCTGGCTTCACTGCTCAGGTGATTATCCTGAACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 101001 CAATGGAAGCAGCTGGCTTCACTGCTCAGGTGATTATCCTGAACCATCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGCCAAATAAGCGCCGGCTATGCCCCTGTATTGGATTGCCACACGGCTCA
        |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
 101051 GGCCAAATAAGCTCTGGCTATGCACCTGTATTGGATTGCCACACAGCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATTGCATGCAAGTTTGCTGAGCTGAAGGAAAAGATTGATCGCCGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATTGCATGCAAGTTTGCTGAGCTGAAGGAAAAGATTGATCGCCGTTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GTAAAAAGCTGGAAGATGGCCCTAAATTCTTGAAGTCTGGTGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GTAAAAAGCTGGAAGATGGCCCTAAATTCTTGAAGTCTGGTGATGCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATTGTTGATATGGTTCCTGGCAAGCCCATGTGTGTTGAGAGCTTCTCAGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATTGCTGATATGGTTCCTGGCAAGCCCATGTGTGTTGAGAGCTTCTCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTATCCACCTTTGGGTCGCTTTGCTGTTCGTGATATGAGACAGACAGTTG
        |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||
 101251 CTATCCACCTTTGGGTCGCTTTACTGTTCATGATATGAGACAGACACTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGGTGGGTGTCATCAAAGCAGTGGACAAGAAGGCTGCTGGAGCTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CGGTGGGTGTCATCAAAGCAGTGGACAAGAAGGCTGCTGGAGCTGGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1351 GTCACCAAGTCTGCCCAGAAAGCTCAGAAGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTCACCAAGTCTGCCCAGAAAGCTCAGAAGGCTAAA