seq1 = pF1KB6694.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB6694/gi568815594f_105384696.tfa (gi568815594f:105384696_105586077), 201382 bp

>pF1KB6694 1386
>gi568815594f:105384696_105586077 (Chr4)

1-1386  (99997-101382)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAGGAAAAGACTCATATCAACATTGTCGTCATTGGACACGTAGA
        | | |||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||
  99997 ACGAGAAAGGAAAAGACTCATATCAACACTGTGATCATCGGACACGTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGGGCAAGTCCACCACTACTGGCCATCTGATCTATAAATGCGGTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
 100047 TTCGGGCAAGTCCACCACTACTGGCCATCTGATCTACAAATGCGGTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACAAAAGAACCATTGAAAAATTTGAGAAGGAGGCTGCTGAGATGGGA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 TCGACAAAAGAACCATCGAAAAATTTGAGAAGGAGGCTGCTGAGATGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGGCTCCTTCAAGTATGCCTGGGTCTTGGATAAACTGAAAGCTGAGCG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 AAGTGCTCCTTCAAGTATGCCTGGGTCTTGGATAAACTGAAAGCTGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAACGTGGTATCACCATTGATATCTCCTTGTGGAAATTTGAGACCAGCA
        ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100197 TGAACATGGTATCACCATTGATATCTCTTTGTGGAAATTTGAGACCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTACTATGTGACTATCATTGATGCCCCAGGACACAGAGACTTTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
 100247 AGTACTATGTGACTATCATTGATGCCCCAGGACACAGAGACCTCATCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACATGATTACAGGGACATCTCAGGCTGACTGTGCTGTCCTGATTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100297 AACATGATTACAGGGACATCTCAGGCTGACTGTGCTGTCTTGATTGTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTGGTGTTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGAATGGGCAGACCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 TGCTGGTTTTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGAATGGGCAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGAGCATGCCCTTCTGGCTTACACACTGGGTGTGAAACAACTAATTGTC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100397 GAGAGCACGCCCTTCTGGCTTACACACTGGGTGTGAAACAACTAATTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTGTTAACAAAATGGATTCCACTGAGCCACCCTACAGCCAGAAGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100447 GGTGTTAACAAAATGGATTCCACTGAGCCACCCTACAGCCATAAGAGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAGGAAATTGTTAAGGAAGTCAGCACTTACATTAAGAAAATTGGCTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100497 TGAGGAAATTGTTAAGGAAGTCAGCACTTACATTAAGAAAATTGGCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCCCGACACAGTAGCATTTGTGCCAATTTCTGGTTGGAATGGTGACAAC
        || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100547 ACACCGACACAGTAGCATTTGTGCCAGTTTCTGGTTGGAATGGTGACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGCTGGAGCCAAGTGCTAACATGCCTTGGTTCAAGGGATGGAAAGTCAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 ACGCTGGAGCCAAGTGCTAACATGCCTTGGTTCAAGGGATGGAAAGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGTAAGGATGGCAATGCCAGTGGAACCACGCTGCTTGAGGCTCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100647 CCGTAAGGATGGCAATGCCAGTGGAACCACGCTGCTTGAGGCTCTTGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCATCCTACCACCAACTCGTCCAACTGACAAGCCCTTGCGCCTGCCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100697 GCATCCTACCACCAACTCGTCCAACTGACAAGCCCTTGTGCCTGCCTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGGATGTCTACAAAATTGGTGGTATTGGTACTGTTCCTGTTGGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100747 CAGGATGTCTACAAAATTGGTGGTATTGGTACTGTTCCTGTTGGCTGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGACTGGTGTTCTCAAACCCGGTATGGTGGTCACCTTTGCTCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100797 GGAGACTGGTGTTCTCAAACCTGGTATGGTGGTCACCTTTGCTCCAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGTTACAACGGAAGTAAAATCTGTCGAAATGCACCATGAAGCTTTGAGT
        ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100847 ACGTTGCAACAGAAGTAAAATCTGTTGAAATGCACCATGAAGCTTTGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAAGCTCTTCCTGGGGACAATGTGGGCTTCAATGTCAAGAATGTGTCTGT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100897 GAAGTTCTTCCTGGGGACAATGTGGGCTTCAATGTCAAGAATGTGTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAGGATGTTCGTCGTGGCAACGTTGCTGGTGACAGCAAAAATGACCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100947 CAAGGATGTTCGTCGTGGCAACGTTGCTGGTGACAGCAAAAAGGACCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAATGGAAGCAGCTGGCTTCACTGCTCAGGTGATTATCCTGAACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100997 CAATGGAAGCAGCTGGCTTCACTGCTCAGGTGATTATCCTGAACCATCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGCCAAATAAGCGCCGGCTATGCCCCTGTATTGGATTGCCACACGGCTCA
        ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101047 GGCCAAATAAGTGCTGGCTATGCCCCTGTATTGGATTGCCACACGGCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATTGCATGCAAGTTTGCTGAGCTGAAGGAAAAGATTGATCGCCGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
 101097 CATTGCATGCAAGTTTGCTGAGCTGAAGGAAAAGACTGATCGCCATTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GTAAAAAGCTGGAAGATGGCCCTAAATTCTTGAAGTCTGGTGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101147 GTAAAAAGCTGGAAGATGGCCCTAAATTCTTGAAGTCTGGTGATGCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATTGTTGATATGGTTCCTGGCAAGCCCATGTGTGTTGAGAGCTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
 101197 ATTGTTGATATGGTTCCTGGCAAGCCCGTGTATGTTGAGAGCTTCTCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTATCCACCTTTGGGTCGCTTTGCTGTTCGTGATATGAGACAGACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
 101247 CTATCCACCTTTGGGTCGCTTTGCTGTTCATGATATCAGACAGACAGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGGTGGGTGTCATCAAAGCAGTGGACAAGAAGGCTGCTGGAGCTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 CGGTGGGTGTCATCAAAGCAGTGGACAAGAAGGCTGCTGGAGCTGGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1351 GTCACCAAGTCTGCCCAGAAAGCTCAGAAGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101347 GTCACCAAGTCTGCCCAGAAAGCTCAGAAGGCTAAA