seq1 = pF1KB6694.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB6694/gi568815589f_132919486.tfa (gi568815589f:132919486_133120871), 201386 bp

>pF1KB6694 1386
>gi568815589f:132919486_133120871 (Chr9)

1-1386  (100001-101386)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAGGAAAAGACTCATATCAACATTGTCGTCATTGGACACGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAAGGAAAAGACTCATATCAACATTGTCGTCATTGGACACGTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCGGGCAAGTCCACCACTACTGGCCATCTGATCTATAAATGCGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCGGGCAAGTCCACCACTACTGGCCATCTGATCTATAAATGCGGTGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACAAAAGAACCATTGAAAAATTTGAGAAGGAGGCTGCTGAGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGACAAAAGAACCATTGAAAAATTTGAGAAGGAGGCTGCTGAGATGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGGCTCCTTCAAGTATGCCTGGGTCTTGGATAAACTGAAAGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGGCTCCTTCAAGTATGCCTGGGTCTTGGATAAACTGAAAGCTGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAACGTGGTATCACCATTGATATCTCCTTGTGGAAATTTGAGACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAACGTGGTATCACCATTGATATCTCCTTGTGGAAATTTGAGACCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTACTATGTGACTATCATTGATGCCCCAGGACACAGAGACTTTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100251 AGTACTATGTGACTATCATTGATGCCCCAGGACACAGAGACTTCATCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACATGATTACAGGGACATCTCAGGCTGACTGTGCTGTCCTGATTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACATGATTACAGGGACATCTCAGGCTGACTGTGCTGTCCTGATTGTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTGGTGTTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGAATGGGCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTGGTGTTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGAATGGGCAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGAGCATGCCCTTCTGGCTTACACACTGGGTGTGAAACAACTAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GAGAGCATGCCCTTCTGGCTTACACACTGGGTGTGAAACAACTAATTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTGTTAACAAAATGGATTCCACTGAGCCACCCTACAGCCAGAAGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTGTTAACAAAATGGATTCCACTGAGCCACCCTACAGCCAGAAGAGATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAGGAAATTGTTAAGGAAGTCAGCACTTACATTAAGAAAATTGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAGGAAATTGTTAAGGAAGTCAGCACTTACATTAAGAAAATTGGCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCCCGACACAGTAGCATTTGTGCCAATTTCTGGTTGGAATGGTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCCCGACACAGTAGCATTTGTGCCAATTTCTGGTTGGAATGGTGACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGCTGGAGCCAAGTGCTAACATGCCTTGGTTCAAGGGATGGAAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGCTGGAGCCAAGTGCTAACATGCCTTGGTTCAAGGGATGGAAAGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGTAAGGATGGCAATGCCAGTGGAACCACGCTGCTTGAGGCTCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGTAAGGATGGCAATGCCAGTGGAACCACGCTGCTTGAGGCTCTGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCATCCTACCACCAACTCGTCCAACTGACAAGCCCTTGCGCCTGCCTCTC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCATCCTACCACCAACTCGCCCAACTGACAAGCCCTTGCGCCTGCCTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGGATGTCTACAAAATTGGTGGTATTGGTACTGTTCCTGTTGGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGGATGTCTACAAAATTGGTGGTATTGGTACTGTTCCTGTTGGCCGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGAGACTGGTGTTCTCAAACCCGGTATGGTGGTCACCTTTGCTCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGAGACTGGTGTTCTCAAACCCGGTATGGTGGTCACCTTTGCTCCAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGTTACAACGGAAGTAAAATCTGTCGAAATGCACCATGAAGCTTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGTTACAACGGAAGTAAAATCTGTCGAAATGCACCATGAAGCTTTGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAAGCTCTTCCTGGGGACAATGTGGGCTTCAATGTCAAGAATGTGTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100901 GAAGCTCTTCCTGGGGACAATGTGGGCTTCAAGGTCAAGAATGTGTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAGGATGTTCGTCGTGGCAACGTTGCTGGTGACAGCAAAAATGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAGGATGTTCGTCGTGGCAACGTTGCTGGTGACAGCAAAAATGACCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAATGGAAGCAGCTGGCTTCACTGCTCAGGTGATTATCCTGAACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAATGGAAGCAGCTGGCTTCACTGCTCAGGTGATTATCCTGAACCATCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGCCAAATAAGCGCCGGCTATGCCCCTGTATTGGATTGCCACACGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 101051 GGCCAAATAAGCGCCGGCTATGCCCCTGTATTGGATTGCCACATGGCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATTGCATGCAAGTTTGCTGAGCTGAAGGAAAAGATTGATCGCCGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATTGCATGCAAGTTTGCTGAGCTGAAGGAAAAGATTGATCGCCGTTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GTAAAAAGCTGGAAGATGGCCCTAAATTCTTGAAGTCTGGTGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GTAAAAAGCTGGAAGATGGCCCTAAATTCTTGAAGTCTGGTGATGCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATTGTTGATATGGTTCCTGGCAAGCCCATGTGTGTTGAGAGCTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATTGTTGATATGGTTCCTGGCAAGCCCATGTGTGTTGAGAGCTTCTCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTATCCACCTTTGGGTCGCTTTGCTGTTCGTGATATGAGACAGACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTATCCACCTTTGGGTCGCTTTGCTGTTCGTGATATGAGACAGACAGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGGTGGGTGTCATCAAAGCAGTGGACAAGAAGGCTGCTGGAGCTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CGGTGGGTGTCATCAAAGCAGTGGACAAGAAGGCTGCTGGAGCTGGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1351 GTCACCAAGTCTGCCCAGAAAGCTCAGAAGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTCACCAAGTCTGCCCAGAAAGCTCAGAAGGCTAAA