seq1 = pF1KB6683.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB6683/gi568815575f_118641016.tfa (gi568815575f:118641016_118891851), 250836 bp

>pF1KB6683 1281
>gi568815575f:118641016_118891851 (ChrX)

1-88  (86624-86711)   100% ->
89-228  (100002-100141)   100% ->
229-367  (105939-106077)   100% ->
368-488  (108643-108763)   100% ->
489-676  (117040-117227)   100% ->
677-828  (120123-120274)   100% ->
829-876  (125515-125562)   100% ->
877-1009  (125829-125961)   100% ->
1010-1106  (132864-132960)   100% ->
1107-1191  (135412-135496)   100% ->
1192-1281  (150747-150836)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTGGCCGGCGCGGCTCTGCGGGCTGTGGGCGCTGCTGCTCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  86624 ATGGAGTGGCCGGCGCGGCTCTGCGGGCTGTGGGCGCTGCTGCTCTGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCGGGGGCGGGGGCGGGGGCGCCGCGCCTACGG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
  86674 CGGCGGCGGGGGCGGGGGCGGGGGCGCCGCGCCTACGGGTG...CAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCAGCCACCTGTGACAAATTTGAGTGTCTCTGTTGAAAACCTCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 CTCAGCCACCTGTGACAAATTTGAGTGTCTCTGTTGAAAACCTCTGCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAATATGGACATGGAATCCACCCGAGGGAGCCAGCTCAAATTGTAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 GTAATATGGACATGGAATCCACCCGAGGGAGCCAGCTCAAATTGTAGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGGTATTTTAGTCATTTTGGCGACAAACAAGATAAG         AAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100105 ATGGTATTTTAGTCATTTTGGCGACAAACAAGATAAGGTA...TAGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGCTCCGGAAACTCGTCGTTCAATAGAAGTACCCCTGAATGAGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105943 TAGCTCCGGAAACTCGTCGTTCAATAGAAGTACCCCTGAATGAGAGGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTCTGCAAGTGGGGTCCCAGTGTAGCACCAATGAGAGTGAGAAGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105993 TGTCTGCAAGTGGGGTCCCAGTGTAGCACCAATGAGAGTGAGAAGCCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTTTGGTTGAAAAATGCATCTCACCCCCAGAAG         GTGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106043 CATTTTGGTTGAAAAATGCATCTCACCCCCAGAAGGTA...TAGGTGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAGTCTGCTGTGACTGAGCTTCAATGCATTTGGCACAACCTGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108649 CTGAGTCTGCTGTGACTGAGCTTCAATGCATTTGGCACAACCTGAGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAAGTGTTCTTGGCTCCCTGGAAGGAATACCAGTCCCGACACTAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108699 ATGAAGTGTTCTTGGCTCCCTGGAAGGAATACCAGTCCCGACACTAACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTCTCTACTATTG         GCACAGAAGCCTGGAAAAAATTCATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108749 TACTCTCTACTATTGGTG...TAGGCACAGAAGCCTGGAAAAAATTCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATGTGAAAACATCTTTAGAGAAGGCCAATACTTTGGTTGTTCCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117066 AATGTGAAAACATCTTTAGAGAAGGCCAATACTTTGGTTGTTCCTTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGACCAAAGTGAAGGATTCCAGTTTTGAACAACACAGTGTCCAAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117116 CTGACCAAAGTGAAGGATTCCAGTTTTGAACAACACAGTGTCCAAATAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTCAAGGATAATGCAGGAAAAATTAAACCATCCTTCAATATAGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117166 GGTCAAGGATAATGCAGGAAAAATTAAACCATCCTTCAATATAGTGCCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAACTTCCCGTG         TGAAACCTGATCCTCCACATATTAAAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117216 TAACTTCCCGTGGTA...CAGTGAAACCTGATCCTCCACATATTAAAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCTCCTTCCACAATGATGACCTATATGTGCAATGGGAGAATCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120152 CTCTCCTTCCACAATGATGACCTATATGTGCAATGGGAGAATCCACAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTTATTAGCAGATGCCTATTTTATGAAGTAGAAGTCAATAACAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120202 TTTTATTAGCAGATGCCTATTTTATGAAGTAGAAGTCAATAACAGCCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGAGACACATAATGTTTTCTAC         GTCCAAGAGGCTAAATGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120252 CTGAGACACATAATGTTTTCTACGTA...AAGGTCCAAGAGGCTAAATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAATCCAGAATTTGAGAGAAATGTGGAG         AATACATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125533 GAGAATCCAGAATTTGAGAGAAATGTGGAGGTC...AAGAATACATCTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTCATGGTCCCTGGTGTTCTTCCTGATACTTTGAACACAGTCAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125840 TTTCATGGTCCCTGGTGTTCTTCCTGATACTTTGAACACAGTCAGAATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGTCAAAACAAATAAGTTATGCTATGAGGATGACAAACTCTGGAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125890 GAGTCAAAACAAATAAGTTATGCTATGAGGATGACAAACTCTGGAGTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGGAGCCAAGAAATGAGTATAG         GTAAGAAGCGCAATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125940 TGGAGCCAAGAAATGAGTATAGGTA...CAGGTAAGAAGCGCAATTCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACTCTACATAACCATGTTACTCATTGTTCCAGTCATCGTCGCAGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132883 ACTCTACATAACCATGTTACTCATTGTTCCAGTCATCGTCGCAGGTGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCATAGTACTCCTGCTTTACCTAAAAAG         GCTCAAGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132933 TCATAGTACTCCTGCTTTACCTAAAAAGGTA...AAGGCTCAAGATTATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATATTCCCTCCAATTCCTGATCCTGGCAAGATTTTTAAAGAAATGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135425 ATATTCCCTCCAATTCCTGATCCTGGCAAGATTTTTAAAGAAATGTTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGACCAGAATGATGATACTCTG         CACTGGAAGAAGTACGACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 135475 AGACCAGAATGATGATACTCTGGTA...TAGCACTGGAAGAAGTACGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTATGAGAAGCAAACCAAGGAGGAAACCGACTCTGTAGTGCTGATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150766 TCTATGAGAAGCAAACCAAGGAGGAAACCGACTCTGTAGTGCTGATAGAA

   1350     .    :    .    :
   1261 AACCTGAAGAAAGCCTCTCAG
        |||||||||||||||||||||
 150816 AACCTGAAGAAAGCCTCTCAG