seq1 = pF1KB6680.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KB6680/gi568815581r_41414026.tfa (gi568815581r:41414026_41618827), 204802 bp

>pF1KB6680 1368
>gi568815581r:41414026_41618827 (Chr17)

(complement)

1-498  (100001-100498)   99% ->
499-581  (101663-101745)   100% ->
582-738  (101864-102020)   100% ->
739-900  (102563-102724)   100% ->
901-1026  (102818-102943)   100% ->
1027-1247  (103136-103356)   100% ->
1248-1273  (104154-104179)   96% ->
1274-1368  (104708-104802)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACCACATTTCTGCAAACTTCTTCCTCCACCTTTGGGGGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACCACATTTCTGCAAACTTCTTCCTCCACCTTTGGGGGTGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCCGAGGGGGTTCCCTCCTGGCTGGGGGAGGTGGCTTTGGTGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACCCGAGGGGGTTCCCTCCTGGCTGGGGGAGGTGGCTTTGGTGGGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTCTCTGGGGGAGGTGGAAGCCGAAGTATCTCAGCTTCTTCTGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCTCTCTGGGGGAGGTGGAAGCCGAAGTATCTCAGCTTCTTCTGCTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGTCTCTTCAGGGTCAGGAGGAGGATATGGGGGTGGCATGAGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGTCTCTTCAGGGTCAGGAGGAGGATATGGGGGTGGCATGAGGGTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCTTTGGTGGAGGGGCTGGTAGTGTTTTCGGTGGAGGCTTTGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCTTTGGTGGAGGGGCTGGTAGTGTTTTCGGTGGAGGCTTTGGAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGTTGGTGGGGGTTTTGGTGGTGGCTTTGGTGGTGGCGATGGTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGTTGGTGGGGGTTTTGGTGGTGGCTTTGGTGGTGGCGATGGTGGTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTCTGGCAATGAGAAAATTACCATGCAGAACCTCAATGACCGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCTCTGGCAATGAGAAAATTACCATGCAGAACCTCAATGACCGCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCTACCTGGACAAGGTACGTGCCCTGGAGGAGGCCAATGCTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCTACCTGGACAAGGTACGTGCCCTGGAGGAGGCCAATGCTGACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGTGAAGATCCATGACTGGTACCAGAAGCAGACCCCAGCCAGCCCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100401 AGGTGAAGATCCATGACTGGTACCAGAAGCAGACCCCAACCAGCCCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCGACTACAGCCAATACTTCAAGACCATTGAAGAGCTCCGGGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100451 TGCGACTACAGCCAATACTTCAAGACCATTGAAGAGCTCCGGGACAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499        ATCATGGCCACCACCATCGACAACTCCCGGGTCATCCTGGAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 G...CAGATCATGGCCACCACCATCGACAACTCCCGGGTCATCCTGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCGACAATGCCAGGCTGGCTGCGGACGACTTCAGGCTCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101706 TCGACAATGCCAGGCTGGCTGCGGACGACTTCAGGCTCAAGTG...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATGAGAATGAGCTGGCCCTGCGCCAGGGCGTTGAGGCTGACATCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101865 TATGAGAATGAGCTGGCCCTGCGCCAGGGCGTTGAGGCTGACATCAACGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTGCGCCGAGTCCTGGATGAGCTGACCCTGGCCAGGACTGACCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 CTTGCGCCGAGTCCTGGATGAGCTGACCCTGGCCAGGACTGACCTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGCAGATCGAGGGCCTGAATGAGGAGCTAGCCTACCTGAAGAAGAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101965 TGCAGATCGAGGGCCTGAATGAGGAGCTAGCCTACCTGAAGAAGAACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAAGAG         GAGATGAAGGAGTTCAGCAGCCAGCTGGCCGGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102015 GAAGAGGTG...CAGGAGATGAAGGAGTTCAGCAGCCAGCTGGCCGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGTCAATGTGGAGATGGACGCAGCACCGGGTGTGGACCTGACCCGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102598 GGTCAATGTGGAGATGGACGCAGCACCGGGTGTGGACCTGACCCGTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGCAGAGATGAGGGAGCAGTACGAGGCCATGGCGGAGAAGAACCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102648 TGGCAGAGATGAGGGAGCAGTACGAGGCCATGGCGGAGAAGAACCGCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GATGTCGAGGCCTGGTTCTTCAGCAAG         ACTGAGGAGCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102698 GATGTCGAGGCCTGGTTCTTCAGCAAGGTG...CAGACTGAGGAGCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAAGAGGTGGCCTCCAACACAGAAATGATCCAGACCAGCAAGACGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 CAAAGAGGTGGCCTCCAACACAGAAATGATCCAGACCAGCAAGACGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCACAGACCTGAGACGCACGATGCAGGAGCTGGAGATCGAGCTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 TCACAGACCTGAGACGCACGATGCAGGAGCTGGAGATCGAGCTGCAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CAGCTCAGCATG         AAAGCTGGGCTGGAGAACTCACTGGCCGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102932 CAGCTCAGCATGGTA...CAGAAAGCTGGGCTGGAGAACTCACTGGCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GACAGAGTGCCGCTATGCCACGCAGCTGCAGCAGATCCAGGGGCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103165 GACAGAGTGCCGCTATGCCACGCAGCTGCAGCAGATCCAGGGGCTCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GTGGCCTGGAGGCCCAGCTGAGTGAGCTCCGATGCGAGATGGAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103215 GTGGCCTGGAGGCCCAGCTGAGTGAGCTCCGATGCGAGATGGAGGCTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AACCAGGAGTACAAGATGCTGCTTGACATAAAGACACGGCTGGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103265 AACCAGGAGTACAAGATGCTGCTTGACATAAAGACACGGCTGGAGCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GATCGCTACTTACCGCAGCCTGCTCGAGGGCCAGGATGCCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103315 GATCGCTACTTACCGCAGCCTGCTCGAGGGCCAGGATGCCAAGTA...CA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1248  GATGGCTGGCATTGGCATCAGGGAAG         CCTCTTCAGGAGGT
        >|||||||||||||| |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104153 GGATGGCTGGCATTGCCATCAGGGAAGGTA...TAGCCTCTTCAGGAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGTGGTAGCAGCAGCAATTTCCACATCAATGTAGAAGAGTCAGTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104722 GGTGGTAGCAGCAGCAATTTCCACATCAATGTAGAAGAGTCAGTGGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :
   1338 ACAGGTGGTTTCTTCCCACAAGAGAGAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 104772 ACAGGTGGTTTCTTCCCACAAGAGAGAAATC