seq1 = pF1KB6665.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KB6665/gi568815587r_47077934.tfa (gi568815587r:47077934_47282727), 204794 bp

>pF1KB6665 1272
>gi568815587r:47077934_47282727 (Chr11)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-211  (100169-100325)   100% ->
212-447  (102038-102273)   100% ->
448-603  (102387-102542)   100% ->
604-779  (103142-103317)   100% ->
780-903  (103449-103573)   98% ->
904-1037  (103701-103834)   100% ->
1038-1159  (104241-104362)   100% ->
1160-1272  (104682-104794)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCAGAAGAGGACGCTGGAGGGGAGGCCTTAGGGGGCAGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCAGAAGAGGACGCTGGAGGGGAGGCCTTAGGGGGCAGTTTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAG         GCTGGCAACTACAGGCGCACGGTACAGCGGGTGGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGTG...CAGGCTGGCAACTACAGGCGCACGGTACAGCGGGTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGGGCACCGGCTGTGCGGGGACCTGGTCAGCTGCTTCCAGGAGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100206 ACGGGCACCGGCTGTGCGGGGACCTGGTCAGCTGCTTCCAGGAGCGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCATCGAGAAGGCTTATGCCCAGCAGTTGGCTGACTGGGCCCGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100256 CGCATCGAGAAGGCTTATGCCCAGCAGTTGGCTGACTGGGCCCGAAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGGGGACCGTGGAGAAGG         GCCCCCAGTATGGCACACTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100306 GAGGGGGACCGTGGAGAAGGGTG...CAGGCCCCCAGTATGGCACACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAGGCCTGGCATGCCTTTTTCACGGCGGCTGAGCGGCTGAGCGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102059 AGAAGGCCTGGCATGCCTTTTTCACGGCGGCTGAGCGGCTGAGCGCGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCTGGAGGTGCGGGAGAAGCTGCAAGGGCAGGACAGTGAGCGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102109 CACCTGGAGGTGCGGGAGAAGCTGCAAGGGCAGGACAGTGAGCGGGTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCCTGGCAGCGGGGGGCTTTCCACCGGCCTGTGCTGGGCGGCTTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102159 CGCCTGGCAGCGGGGGGCTTTCCACCGGCCTGTGCTGGGCGGCTTCCGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGCCGGGCGGCCGAGGACGGCTTCCGCAAGGCCCAGAAGCCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102209 AGAGCCGGGCGGCCGAGGACGGCTTCCGCAAGGCCCAGAAGCCCTGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAGGCTGAAGGAG         GTTGAGGCTTCCAAGAAAAGCTACCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102259 AAGAGGCTGAAGGAGGTG...CAGGTTGAGGCTTCCAAGAAAAGCTACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGCAGCCCGGAAGGATGAGAAGACCGCCCAGACGAGGGAGAGCCACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102413 CGCAGCCCGGAAGGATGAGAAGACCGCCCAGACGAGGGAGAGCCACGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGCAGACAGCGCCGTCTCCCAGGAGCAGCTGCGCAAACTGCAGGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102463 AGGCAGACAGCGCCGTCTCCCAGGAGCAGCTGCGCAAACTGCAGGAACGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGAACGCTGTGCCAAGGAGGCCGAGAAG         ACAAAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102513 GTGGAACGCTGTGCCAAGGAGGCCGAGAAGGTA...CAGACAAAAGCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTATGAGCAGACGCTGGCAGAGCTGCATCGCTACACTCCACGCTACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103153 GTATGAGCAGACGCTGGCAGAGCTGCATCGCTACACTCCACGCTACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGACATGGAACAGGCCTTTGAGACCTGCCAGGCCGCCGAGCGCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103203 AGGACATGGAACAGGCCTTTGAGACCTGCCAGGCCGCCGAGCGCCAGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTCTTTTCTTCAAGGATATGCTGCTCACCTTACACCAGCACCTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103253 CTTCTTTTCTTCAAGGATATGCTGCTCACCTTACACCAGCACCTGGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTCCAGCAGTGAGAA         GTTCCATGAACTCCACCGTGACTTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103303 TTCCAGCAGTGAGAAGTA...TAGGTTCCATGAACTCCACCGTGACTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCAGGGCATTGAGGCAGCCAGTGACGAAGAGGATCTGCGCTGGTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103475 ACCAGGGCATTGAGGCAGCCAGTGACGAAGAGGATCTGCGCTGGTGGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGCACCCACGGGCCAGGCATGGCCATGAACTGGCCACAGTTCGAGG AG 
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| >
 103525 AGCACCCACGGGCCAGGCATGGCCATGAACTGGCCACAGTTCGAGGCATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904         TGGTCCTTGGACACACAGAGGACAATCAGCCGGAAAGAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103575 TG...GAGTGGTCCTTGGACACACAGAGGACAATCAGCCGGAAAGAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 GGTGGCCGGAGCCCTGATGAGGTTACCCTGACCAGCATTGTGCCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 GGTGGCCGGAGCCCTGATGAGGTTACCCTGACCAGCATTGTGCCTACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 AGATGGCACCGCACCCCCACCCCAGTCCCCGGGGTCCCCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103793 AGATGGCACCGCACCCCCACCCCAGTCCCCGGGGTCCCCAGGGTG...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038  CACGGGGCAGGATGAGGAGTGGTCAGATGAAGAGAGTCCCCGGAAGGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104240 GCACGGGGCAGGATGAGGAGTGGTCAGATGAAGAGAGTCCCCGGAAGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 GCCACCGGGGTTCGGGTGAGGGCACTCTATGACTACGCTGGCCAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104290 GCCACCGGGGTTCGGGTGAGGGCACTCTATGACTACGCTGGCCAGGAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 TGATGAGCTGAGCTTCCGAGCAG         GGGAGGAGCTGCTGAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104340 TGATGAGCTGAGCTTCCGAGCAGGTA...CAGGGGAGGAGCTGCTGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 TGAGTGAGGAGGACGAGCAGGGCTGGTGCCAAGGCCAGTTGCAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104700 TGAGTGAGGAGGACGAGCAGGGCTGGTGCCAAGGCCAGTTGCAGAGTGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1228 CGCATTGGCCTGTACCCTGCCAACTACGTGGAGTGTGTGGGCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104750 CGCATTGGCCTGTACCCTGCCAACTACGTGGAGTGTGTGGGCGCC