seq1 = pF1KB6656.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KB6656/gi568815583f_74698612.tfa (gi568815583f:74698612_74902510), 203899 bp

>pF1KB6656 1350
>gi568815583f:74698612_74902510 (Chr15)

7-129  (99995-100117)   97% ->
130-242  (100215-100327)   100% ->
243-462  (100661-100880)   100% ->
463-556  (101801-101894)   100% ->
557-622  (102070-102135)   100% ->
623-722  (102212-102311)   100% ->
723-813  (102401-102491)   100% ->
814-887  (102911-102984)   100% ->
888-1083  (103084-103279)   100% ->
1084-1170  (103386-103472)   100% ->
1171-1350  (103720-103899)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 GCAATACAGGCCGCCTGGCCATCCGGTACAGAATGTATTGCCAAGTACAA
        ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 GCCTTGCAGGCCGCCTGGCCATCCGGTACAGAATGTATTGCCAAGTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 CTTCCACGGCACTGCCGAGCAGGACCTGCCCTTCTGCAAAGGAGACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 CTTCCACGGCACTGCCGAGCAGGACCTGCCCTTCTGCAAAGGAGACGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 TCACCATTGTGGCCGTCACCAAG         GACCCCAACTGGTACAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100095 TCACCATTGTGGCCGTCACCAAGGTA...CAGGACCCCAACTGGTACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 GCCAAAAACAAGGTGGGCCGTGAGGGCATCATCCCAGCCAACTACGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100233 GCCAAAAACAAGGTGGGCCGTGAGGGCATCATCCCAGCCAACTACGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 GAAGCGGGAGGGCGTGAAGGCGGGTACCAAACTCAGCCTCATGCC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100283 GAAGCGGGAGGGCGTGAAGGCGGGTACCAAACTCAGCCTCATGCCGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243     TTGGTTCCACGGCAAGATCACACGGGAGCAGGCTGAGCGGCTTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100333 .CAGTTGGTTCCACGGCAAGATCACACGGGAGCAGGCTGAGCGGCTTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 TACCCGCCGGAGACAGGCCTGTTCCTGGTGCGGGAGAGCACCAACTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100707 TACCCGCCGGAGACAGGCCTGTTCCTGGTGCGGGAGAGCACCAACTACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 CGGAGACTACACGCTGTGCGTGAGCTGCGACGGCAAGGTGGAGCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100757 CGGAGACTACACGCTGTGCGTGAGCTGCGACGGCAAGGTGGAGCACTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 GCATCATGTACCATGCCAGCAAGCTCAGCATCGACGAGGAGGTGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100807 GCATCATGTACCATGCCAGCAAGCTCAGCATCGACGAGGAGGTGTACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 GAGAACCTCATGCAGCTGGTGGAG         CACTACACCTCAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100857 GAGAACCTCATGCAGCTGGTGGAGGTG...CAGCACTACACCTCAGACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 AGATGGACTCTGTACGCGCCTCATTAAACCAAAGGTCATGGAGGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101818 AGATGGACTCTGTACGCGCCTCATTAAACCAAAGGTCATGGAGGGCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 TGGCGGCCCAGGATGAGTTCTACCGCA         GCGGCTGGGCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101868 TGGCGGCCCAGGATGAGTTCTACCGCAGTG...CAGGCGGCTGGGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 AACATGAAGGAGCTGAAGCTGCTGCAGACCATCGGGAAGGGGGAGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102084 AACATGAAGGAGCTGAAGCTGCTGCAGACCATCGGGAAGGGGGAGTTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621 AG         ACGTGATGCTGGGCGATTACCGAGGGAACAAAGTCGCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102134 AGGTG...CAGACGTGATGCTGGGCGATTACCGAGGGAACAAAGTCGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 TCAAGTGCATTAAGAACGACGCCACTGCCCAGGCCTTCCTGGCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 TCAAGTGCATTAAGAACGACGCCACTGCCCAGGCCTTCCTGGCTGAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 TCAGTCATGAC         GCAACTGCGGCATAGCAACCTGGTGCAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 TCAGTCATGACGTG...CAGGCAACTGCGGCATAGCAACCTGGTGCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 CCTGGGCGTGATCGTGGAGGAGAAGGGCGGGCTCTACATCGTCACTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102431 CCTGGGCGTGATCGTGGAGGAGAAGGGCGGGCTCTACATCGTCACTGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803 ACATGGCCAAG         GGGAGCCTTGTGGACTACCTGCGGTCTAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 ACATGGCCAAGGTG...CAGGGGAGCCTTGTGGACTACCTGCGGTCTAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844 GGTCGGTCAGTGCTGGGCGGAGACTGTCTCCTCAAGTTCTCGCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102941 GGTCGGTCAGTGCTGGGCGGAGACTGTCTCCTCAAGTTCTCGCTGTG...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888    AGATGTCTGCGAGGCCATGGAATACCTGGAGGGCAACAATTTCGTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 CAGAGATGTCTGCGAGGCCATGGAATACCTGGAGGGCAACAATTTCGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 ATCGAGACCTGGCTGCCCGCAATGTGCTGGTGTCTGAGGACAACGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 ATCGAGACCTGGCTGCCCGCAATGTGCTGGTGTCTGAGGACAACGTGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985 AAGGTCAGCGACTTTGGTCTCACCAAGGAGGCGTCCAGCACCCAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103181 AAGGTCAGCGACTTTGGTCTCACCAAGGAGGCGTCCAGCACCCAGGACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035 GGGCAAGCTGCCAGTCAAGTGGACAGCCCCTGAGGCCCTGAGAGAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103231 GGGCAAGCTGCCAGTCAAGTGGACAGCCCCTGAGGCCCTGAGAGAGAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084         AAATTCTCCACTAAGTCTGACGTGTGGAGTTTCGGAATCCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103281 TG...CAGAAATTCTCCACTAAGTCTGACGTGTGGAGTTTCGGAATCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126 CTCTGGGAAATCTACTCCTTTGGGCGAGTGCCTTATCCAAGAATT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103428 CTCTGGGAAATCTACTCCTTTGGGCGAGTGCCTTATCCAAGAATTGTG..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171     CCCCTGAAGGACGTCGTCCCTCGGGTGGAGAAGGGCTACAAGATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103478 .CAGCCCCTGAAGGACGTCGTCCCTCGGGTGGAGAAGGGCTACAAGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1217 ATGCCCCCGACGGCTGCCCACCCGCAGTCTATGAAGTCATGAAGAACTGC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 103766 ATGCCCCCGACGGCTGCCCGCCCGCAGTCTATGAAGTCATGAAGAACTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267 TGGCACCTGGACGCCGCCATGCGGCCCTCCTTCCTACAGCTCCGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103816 TGGCACCTGGACGCCGCCATGCGGCCCTCCTTCCTACAGCTCCGAGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1317 GCTTGAGCACATCAAAACCCACGAGCTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103866 GCTTGAGCACATCAAAACCCACGAGCTGCACCTG