seq1 = pF1KB6654.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KB6654/gi568815596f_10022799.tfa (gi568815596f:10022799_10229383), 206585 bp

>pF1KB6654 1167
>gi568815596f:10022799_10229383 (Chr2)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-174  (100185-100259)   100% ->
175-318  (100589-100732)   100% ->
319-435  (100938-101054)   100% ->
436-569  (101919-102052)   100% ->
570-664  (104077-104171)   100% ->
665-798  (104289-104422)   100% ->
799-903  (106050-106154)   100% ->
904-1017  (106243-106356)   100% ->
1018-1167  (106436-106585)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTCCCTCCGTGTCCCGCTCGCGCCCATCACGGACCCGCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCTCCCTCCGTGTCCCGCTCGCGCCCATCACGGACCCGCAGCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCTCTCGCCGCTGAAGGGGCTCAGCTTGGTCGACAAGGAGAACACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GCAGCTCTCGCCGCTGAAGGGGCTCAGCTTGGTCGACAAGGAGAACACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         CCGCCGGCCCTGAGCGGGACCCGCGTCCTGGCCAGCAAGACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGCCGCCGGCCCTGAGCGGGACCCGCGTCCTGGCCAGCAAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGAGGAGGATCTTCCAGGAGCCCACGGAGCCG         AAAACTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100227 GCGAGGAGGATCTTCCAGGAGCCCACGGAGCCGGTG...CAGAAAACTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCAGCTGCCCCCGGCGTGGAGGATGAGCCGCTGCTGAGAGAAAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 AGCAGCTGCCCCCGGCGTGGAGGATGAGCCGCTGCTGAGAGAAAACCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCGCTTTGTCATCTTCCCCATCGAGTACCATGATATCTGGCAGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 GCCGCTTTGTCATCTTCCCCATCGAGTACCATGATATCTGGCAGATGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAGGCAGAGGCTTCCTTTTGGACCGCCGAGGAG         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100697 AAGAAGGCAGAGGCTTCCTTTTGGACCGCCGAGGAGGTA...CAGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCTCCAAGGACATTCAGCACTGGGAATCCCTGAAACCCGAGGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 CCTCTCCAAGGACATTCAGCACTGGGAATCCCTGAAACCCGAGGAGAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTTATATCCCATGTTCTGGCTTTCTTTGCAGCAAGCGATGGCATAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 ATTTTATATCCCATGTTCTGGCTTTCTTTGCAGCAAGCGATGGCATAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGAAAACTTG         GTGGAGCGATTTAGCCAAGAAGTTCAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101043 AATGAAAACTTGGTG...TAGGTGGAGCGATTTAGCCAAGAAGTTCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TACAGAAGCCCGCTGTTTCTATGGCTTCCAAATTGCCATGGAAAACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101948 TACAGAAGCCCGCTGTTTCTATGGCTTCCAAATTGCCATGGAAAACATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTCTGAAATGTATAGTCTTCTTATTGACACTTACATAAAAGATCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101998 ATTCTGAAATGTATAGTCTTCTTATTGACACTTACATAAAAGATCCCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAAG         GGAATTTCTCTTCAATGCCATTGAAACGATGCCTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102048 GAAAGGTG...TAGGGAATTTCTCTTCAATGCCATTGAAACGATGCCTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTCAAGAAGAAGGCAGACTGGGCCTTGCGCTGGATTGGGGACAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104113 TGTCAAGAAGAAGGCAGACTGGGCCTTGCGCTGGATTGGGGACAAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTACCTATG         GTGAACGTGTTGTAGCCTTTGCTGCAGTGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104163 CTACCTATGGTA...TAGGTGAACGTGTTGTAGCCTTTGCTGCAGTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCATTTTCTTTTCCGGTTCTTTTGCGTCGATATTCTGGCTCAAGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 GGCATTTTCTTTTCCGGTTCTTTTGCGTCGATATTCTGGCTCAAGAAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGACTGATGCCTGGCCTCACATTTTCTAATGAACTTATTAGCAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104371 AGGACTGATGCCTGGCCTCACATTTTCTAATGAACTTATTAGCAGAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AG         GGTTTACACTGTGATTTTGCTTGCCTGATGTTCAAACAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104421 AGGTG...TAGGGTTTACACTGTGATTTTGCTTGCCTGATGTTCAAACAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGTACACAAACCATCGGAGGAGAGAGTAAGAGAAATAATTATCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106089 CTGGTACACAAACCATCGGAGGAGAGAGTAAGAGAAATAATTATCAATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTTCGGATAGAACAG         GAGTTCCTCACTGAGGCCTTGCCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106139 TGTTCGGATAGAACAGGTA...TAGGAGTTCCTCACTGAGGCCTTGCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGAAGCTCATTGGGATGAATTGCACTCTAATGAAGCAATACATTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106268 TGAAGCTCATTGGGATGAATTGCACTCTAATGAAGCAATACATTGAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCAGACAGACTTATGCTGGAACTGGGTTTTAGCAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106318 GTGGCAGACAGACTTATGCTGGAACTGGGTTTTAGCAAGGTA...CAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTTCAGAGTAGAGAACCCATTTGACTTTATGGAGAATATTTCACTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106438 TTTCAGAGTAGAGAACCCATTTGACTTTATGGAGAATATTTCACTGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAAAGACTAACTTCTTTGAGAAGAGAGTAGGCGAGTATCAGAGGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106488 GAAAGACTAACTTCTTTGAGAAGAGAGTAGGCGAGTATCAGAGGATGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1120 GTGATGTCAAGTCCAACAGAGAATTCTTTTACCTTGGATGCTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106538 GTGATGTCAAGTCCAACAGAGAATTCTTTTACCTTGGATGCTGACTTC