seq1 = pF1KB6645.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KB6645/gi568815597r_202496760.tfa (gi568815597r:202496760_202705772), 209013 bp

>pF1KB6645 1257
>gi568815597r:202496760_202705772 (Chr1)

(complement)

1-178  (100001-100178)   99% ->
179-345  (101152-101318)   100% ->
346-465  (102655-102774)   100% ->
466-633  (103228-103395)   100% ->
634-801  (103716-103883)   100% ->
802-919  (105299-105416)   100% ->
920-1053  (106422-106555)   100% ->
1054-1257  (108810-109013)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAACATTTTCAAGAGGAACCAGGAGCCTATTGTGGCTCCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAACATTTTCAAGAGGAACCAGGAGCCTATTGTGGCTCCTGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCACCGCCACGATGCCCATTGGACCCGTGGACAACTCCACTGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCACCGCCACGATGCCCATTGGACCCGTGGACAACTCCACTGAGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGTGCTGGGGAGAGTCAGGAGGACATGTTTGCCAAACTGAAGGAGAAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGTGCTGGGGAGAGCCAGGAGGACATGTTTGCCAAACTGAAGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTATTCAATGAGATAAACAAGATTCCCT         TACCACCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 TTATTCAATGAGATAAACAAGATTCCCTGTG...CAGTACCACCCTGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGATCGCCATTGCTGTGGTTGCTGGGCTCCTGCTTCTCACCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 ACTGATCGCCATTGCTGTGGTTGCTGGGCTCCTGCTTCTCACCTGCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTGCATCTGCAAGAAATGCTGCTGCAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 TCTGCATCTGCAAGAAATGCTGCTGCAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGGCAAAGGCATGAAGAATGCCATGAACATGAAGGACATGAAAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101265 AAGGGCAAAGGCATGAAGAATGCCATGAACATGAAGGACATGAAAGGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAG         GATGACGACGACGCAGAGACAGGCCTGACTGAGGGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101315 TCAGGTA...CAGGATGACGACGACGCAGAGACAGGCCTGACTGAGGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGGTGAAGGGGAGGAGGAGAAAGAGCCAGAGAACCTGGGCAAACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102692 AAGGTGAAGGGGAGGAGGAGAAAGAGCCAGAGAACCTGGGCAAACTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTTCCCTGGACTATGATTTTCAGGCTAATCAG         CTTACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102742 TTTTCCCTGGACTATGATTTTCAGGCTAATCAGGTA...CAGCTTACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCGTTCTGCAGGCTGCTGAACTGCCTGCCCTGGACATGGGAGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103236 GGGCGTTCTGCAGGCTGCTGAACTGCCTGCCCTGGACATGGGAGGCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGACCCTTATGTCAAGGTCTTCCTCCTTCCTGACAAGAAGAAGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 CAGACCCTTATGTCAAGGTCTTCCTCCTTCCTGACAAGAAGAAGAAATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGACCAAAGTCCATCGGAAGACACTGAACCCTGCCTTCAATGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 GAGACCAAAGTCCATCGGAAGACACTGAACCCTGCCTTCAATGAAACCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACCTTCAAG         GTGCCATACCAGGAGCTTGGGGGCAAAACTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 CACCTTCAAGGTG...CAGGTGCCATACCAGGAGCTTGGGGGCAAAACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGTGATGGCCATCTATGACTTTGACCGCTTCTCCAAACATGACATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103747 TGGTGATGGCCATCTATGACTTTGACCGCTTCTCCAAACATGACATCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAGAGGTAAAGGTGCCTATGAACACAGTGGACCTCGGCCAGCCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103797 GGAGAGGTAAAGGTGCCTATGAACACAGTGGACCTCGGCCAGCCCATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAGTGGAGAGACCTGCAAGGCGGGGAAAAGGAGGAG         CCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103847 GGAGTGGAGAGACCTGCAAGGCGGGGAAAAGGAGGAGGTA...CAGCCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAAGCTGGGCGACATCTGCACCTCCCTGCGCTATGTGCCCACGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 AGAAGCTGGGCGACATCTGCACCTCCCTGCGCTATGTGCCCACGGCCGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGCTCACTGTCTGCATCCTGGAGGCTAAGAACCTCAAGAAGATGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105353 AAGCTCACTGTCTGCATCCTGGAGGCTAAGAACCTCAAGAAGATGGACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGCGGCCTTTCAG         ACCCGTACGTGAAGATCCACCTGATGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105403 GGGCGGCCTTTCAGGTA...CAGACCCGTACGTGAAGATCCACCTGATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAATGGCAAGAGGCTCAAGAAGAAGAAGACAACCGTGAAGAAGAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106449 AGAATGGCAAGAGGCTCAAGAAGAAGAAGACAACCGTGAAGAAGAAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGAACCCATACTTCAACGAGTCCTTCAGCTTTGAGATCCCCTTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106499 CTGAACCCATACTTCAACGAGTCCTTCAGCTTTGAGATCCCCTTCGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATTCAG         AAAGTCCAGGTAGTGGTCACCGTGCTGGACTATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106549 GATTCAGGTG...CAGAAAGTCCAGGTAGTGGTCACCGTGCTGGACTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAAGCTGGGCAAGAACGAAGCCATAGGCAAGATCTTCGTGGGCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108844 ACAAGCTGGGCAAGAACGAAGCCATAGGCAAGATCTTCGTGGGCAGCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCCACGGGCACAGAGCTGCGGCACTGGTCCGACATGCTGGCCAACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 GCCACGGGCACAGAGCTGCGGCACTGGTCCGACATGCTGGCCAACCCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAGGCCCATCGCCCAGTGGCACTCGCTCAAGCCTGAGGAGGAGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 GAGGCCCATCGCCCAGTGGCACTCGCTCAAGCCTGAGGAGGAGGTGGATG

   1300     .    :    .    :
   1238 CACTCCTGGGCAAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||
 108994 CACTCCTGGGCAAGAACAAG