seq1 = pF1KB6644.tfa, 1329 bp
seq2 = pF1KB6644/gi568815597f_31913996.tfa (gi568815597f:31913996_32142621), 228626 bp

>pF1KB6644 1329
>gi568815597f:31913996_32142621 (Chr1)

1-382  (100001-100382)   100% ->
383-507  (116303-116427)   100% ->
508-624  (117529-117645)   100% ->
625-771  (119193-119339)   100% ->
772-905  (122915-123048)   100% ->
906-1107  (123840-124041)   100% ->
1108-1175  (124557-124624)   100% ->
1176-1234  (125520-125578)   100% ->
1235-1329  (128532-128626)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCGCCGGGACGACCCCGCCGCGCGCATGAGCCGGTCTTCGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCGCCGGGACGACCCCGCCGCGCGCATGAGCCGGTCTTCGGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCGGCTCCATGGACCCCTCCGGTGCCCACCCCTCGGTGCGTCAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGCGGCTCCATGGACCCCTCCGGTGCCCACCCCTCGGTGCGTCAGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCTCGGCAGCCGCCGCTGCCTCACCGGTCCCGGGGAGGCGGAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCTCGGCAGCCGCCGCTGCCTCACCGGTCCCGGGGAGGCGGAGGGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCGCGGGGGCGCCCGGGCCTCGCCCGCCACGCAGCCGCCACCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCGCGGGGGCGCCCGGGCCTCGCCCGCCACGCAGCCGCCACCGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGCCCTCGGCCACGGGTCCCGACGCGACAGTGGGCGGGCCAGCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCGCCCTCGGCCACGGGTCCCGACGCGACAGTGGGCGGGCCAGCGCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCCGCTGCTGCCCCCCTCGGCCACAGCCTCGGTCAAGATGGAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCCGCTGCTGCCCCCCTCGGCCACAGCCTCGGTCAAGATGGAGCCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACAAGTACCTGCCCGAACTCATGGCCGAGAAGGACTCGCTCGACCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACAAGTACCTGCCCGAACTCATGGCCGAGAAGGACTCGCTCGACCCGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCACTCACGCCATGCAGCTGCTGACGGCAG         AAATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100351 CTTCACTCACGCCATGCAGCTGCTGACGGCAGGTA...CAGAAATTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGATTCAGAAAGGAGACTCAAAAAAGGATGATGAGGAGAATTACTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116312 AGATTCAGAAAGGAGACTCAAAAAAGGATGATGAGGAGAATTACTTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTATTTTCTCATAAGAACATGAAACTGAAAGAGCGAGTGCTGATACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116362 TTATTTTCTCATAAGAACATGAAACTGAAAGAGCGAGTGCTGATACCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAGCAGTATCCCAAG         TTCAATTTTGTGGGGAAGATTCTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116412 CAAGCAGTATCCCAAGGTA...CAGTTCAATTTTGTGGGGAAGATTCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GACCACAAGGGAATACAATCAAAAGACTGCAGGAAGAGACTGGTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117554 GACCACAAGGGAATACAATCAAAAGACTGCAGGAAGAGACTGGTGCAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATCTCTGTATTGGGAAAGGGCTCAATGAGAGACAAAGCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117604 ATCTCTGTATTGGGAAAGGGCTCAATGAGAGACAAAGCCAAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625  GAGGAAGAGCTGCGCAAAGGTGGAGACCCCAAATATGCCCACTTGAATA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119192 GGAGGAAGAGCTGCGCAAAGGTGGAGACCCCAAATATGCCCACTTGAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGATCTGCATGTCTTCATTGAAGTCTTTGGACCCCCATGTGAGGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119242 TGGATCTGCATGTCTTCATTGAAGTCTTTGGACCCCCATGTGAGGCTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCTCTTATGGCCCATGCCATGGAGGAAGTCAAGAAATTTCTAGTACCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 119292 GCTCTTATGGCCCATGCCATGGAGGAAGTCAAGAAATTTCTAGTACCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772        GATATGATGGATGATATCTGTCAGGAGCAATTTCTAGAGCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119342 A...CAGGATATGATGGATGATATCTGTCAGGAGCAATTTCTAGAGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTACTTGAATGGAGTACCTGAACCCTCTCGTGGACGTGGGGTGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122958 CCTACTTGAATGGAGTACCTGAACCCTCTCGTGGACGTGGGGTGCCAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGAGGCCGGGGAGCTGCACCTCCTCCACCACCTGTTCCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123008 AGAGGCCGGGGAGCTGCACCTCCTCCACCACCTGTTCCCAGGTA...TAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGCCGTGGTGTTGGACCACCTCGGGGGGCTTTGGTACGTGGTACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123840 GGGCCGTGGTGTTGGACCACCTCGGGGGGCTTTGGTACGTGGTACACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TAAGGGGAGCCATCACCAGAGGTGCCACTGTGACTCGAGGCGTGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123890 TAAGGGGAGCCATCACCAGAGGTGCCACTGTGACTCGAGGCGTGCCACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCACCTACTGTGAGGGGTGCTCCAGCACCAAGAGCACGGACAGCGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123940 CCACCTACTGTGAGGGGTGCTCCAGCACCAAGAGCACGGACAGCGGGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAGAGGATACCTTTGCCTCCACCTCCTGCACCAGAAACATATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123990 CCAGAGGATACCTTTGCCTCCACCTCCTGCACCAGAAACATATGAAGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AT         GGATATGATGATACATACGCAGAACAAAGTTACGAAGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124040 ATGTA...TAGGGATATGATGATACATACGCAGAACAAAGTTACGAAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TACGAAGGCTATTACAGCCAGAGTCAAGG         GGACTCAGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 124596 TACGAAGGCTATTACAGCCAGAGTCAAGGGTG...CAGGGACTCAGAATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTATGACTATGGACATGGGGAGGTTCAAGATTCTTATGAAGCTTATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 125532 TTATGACTATGGACATGGGGAGGTTCAAGATTCTTATGAAGCTTATGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235       GCCAGGACGACTGGAATGGGACCAGGCCGTCGCTGAAGGCCCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125582 ...CAGGCCAGGACGACTGGAATGGGACCAGGCCGTCGCTGAAGGCCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCTGCTAGGCCAGTGAAGGGAGCATACAGAGAGCACCCATATGGACGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128576 CCTGCTAGGCCAGTGAAGGGAGCATACAGAGAGCACCCATATGGACGTTA

   1400 
   1329 T
        |
 128626 T