seq1 = pF1KB6632.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB6632/gi568815595r_38998239.tfa (gi568815595r:38998239_39207541), 209303 bp

>pF1KB6632 1320
>gi568815595r:38998239_39207541 (Chr3)

(complement)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-144  (103989-104069)   100% ->
145-348  (104661-104864)   100% ->
349-435  (106440-106526)   100% ->
436-566  (106665-106795)   100% ->
567-765  (107039-107237)   100% ->
766-916  (108039-108189)   100% ->
917-1069  (108649-108801)   100% ->
1070-1320  (109053-109303)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCTGGGCGTCAGCGCTGAGCAGCCCGCAGGCGGCGCCGAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCTGGGCGTCAGCGCTGAGCAGCCCGCAGGCGGCGCCGAGGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCTCCACGGG         GTGCAGGAGAACTCCCCAGCCCAGCAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACCTCCACGGGGTG...TAGGTGCAGGAGAACTCCCCAGCCCAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGGCCTGGAGCCCTACTTTGACTTCATCATCACCATTGGGCACTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104017 CGGGCCTGGAGCCCTACTTTGACTTCATCATCACCATTGGGCACTCGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTG         AACAAGGAGAATGACACCCTGAAGGCACTACTGAAAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104067 CTGGTG...CAGAACAAGGAGAATGACACCCTGAAGGCACTACTGAAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATGTGGAGAAGCCCGTGAAGCTGGAGGTGTTCAATATGAAGACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104699 CAATGTGGAGAAGCCCGTGAAGCTGGAGGTGTTCAATATGAAGACCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGTGCGCGAGGTGGAGGTGGTGCCCAGCAACATGTGGGGCGGCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104749 GGGTGCGCGAGGTGGAGGTGGTGCCCAGCAACATGTGGGGCGGCCAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTACTGGGTGCCAGTGTGCGCTTCTGCAGCTTCCGCAGGGCCAGTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104799 CTACTGGGTGCCAGTGTGCGCTTCTGCAGCTTCCGCAGGGCCAGTGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGTGGCATGTGCTG         GATGTGGAACCATCTTCACCTGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104849 GGTGTGGCATGTGCTGGTG...CAGGATGTGGAACCATCTTCACCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTTGCCGGCCTGCGCCCCTACACAGACTATGTGGTTGGTTCGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106465 CCCTTGCCGGCCTGCGCCCCTACACAGACTATGTGGTTGGTTCGGACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTCTCCAGGAG         TCCGAGGACTTCTTTACGCTCATCGAGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106515 ATTCTCCAGGAGGTG...CAGTCCGAGGACTTCTTTACGCTCATCGAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCATGAGGGGAAGCCCTTGAAGCTGATGGTGTATAACTCCAAGTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106694 TCATGAGGGGAAGCCCTTGAAGCTGATGGTGTATAACTCCAAGTCAGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTGCCGGGAGGTGACTGTAACTCCCAACGCAGCCTGGGGTGGAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106744 CCTGCCGGGAGGTGACTGTAACTCCCAACGCAGCCTGGGGTGGAGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AG         TCTGGGATGTGGCATTGGCTATGGGTATCTACACCGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106794 AGGTA...CAGTCTGGGATGTGGCATTGGCTATGGGTATCTACACCGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCAACTCAGCCCCCCAGCTACCACAAGAAGCCACCTGGCACCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107078 CCCAACTCAGCCCCCCAGCTACCACAAGAAGCCACCTGGCACCCCACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTCTGCTCTACCACTTGGTGCCCCACCACCTGATGCTCTACCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107128 CTTCTGCTCTACCACTTGGTGCCCCACCACCTGATGCTCTACCACCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCACCCCCGAGGACTCTCCTTCCCTGGAGACAGGTTCCAGGCAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107178 CCCACCCCCGAGGACTCTCCTTCCCTGGAGACAGGTTCCAGGCAGAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTACATGGAG         GCCCTGCTGCAGGCACCTGGCTCCTCCATGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107228 CTACATGGAGGTA...TAGGCCCTGCTGCAGGCACCTGGCTCCTCCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGATCCCCTTCCTGGGCCTGGGAGTCCCAGCCACAGTGCTCCAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108070 AGGATCCCCTTCCTGGGCCTGGGAGTCCCAGCCACAGTGCTCCAGACCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATGGACTTCCCCATTTCATGGAGACTCCTCTTCAGCCCCCACCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108120 GATGGACTTCCCCATTTCATGGAGACTCCTCTTCAGCCCCCACCTCCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCAGCGAGTTATGGACCCAG         GCTTCCTGGACGTGTCGGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108170 GCAGCGAGTTATGGACCCAGGTA...TAGGCTTCCTGGACGTGTCGGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTCTCTCTTGGACAACAGCAATGCCAGTGTGTGGCCCAGCCTGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108670 TTTCTCTCTTGGACAACAGCAATGCCAGTGTGTGGCCCAGCCTGCCCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCCACAGAACTGACCACCACAGCTGTCTCAACCTCAGGGCCAGAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108720 TCCACAGAACTGACCACCACAGCTGTCTCAACCTCAGGGCCAGAGGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTGCTCCAGCAGCAGTTCTCATGAGCGGGGTG         GTGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108770 CTGCTCCAGCAGCAGTTCTCATGAGCGGGGTGGTG...CAGGTGAGGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATGGTCTGGGTCAGAGTTTGAGGTCTCCTTCCTGGACAGCCCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109062 CATGGTCTGGGTCAGAGTTTGAGGTCTCCTTCCTGGACAGCCCAGGTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAAGCCCAGGCGGACCACCTGCCTCAGCTGACTCTTCCTGACAGTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109112 CAAGCCCAGGCGGACCACCTGCCTCAGCTGACTCTTCCTGACAGTCTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCTGCAGCCTCACCAGAAGATGGGCTGTCCGCCGAGCTGCTTGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109162 CTCTGCAGCCTCACCAGAAGATGGGCTGTCCGCCGAGCTGCTTGAAGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGCTGAGGAGGAACCAGCAAGCACAGAGGGCCTAGATACTGGGACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109212 AGGCTGAGGAGGAACCAGCAAGCACAGAGGGCCTAGATACTGGGACGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGAGGGGCTGGACAGCCAGGCCCAGATCTCTACCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109262 GCTGAGGGGCTGGACAGCCAGGCCCAGATCTCTACCACAGAA