seq1 = pF1KB6630.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB6630/gi568815596r_119340120.tfa (gi568815596r:119340120_119624226), 284107 bp

>pF1KB6630 1320
>gi568815596r:119340120_119624226 (Chr2)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-193  (129679-129799)   100% ->
194-301  (145309-145416)   100% ->
302-405  (150671-150774)   100% ->
406-503  (158341-158438)   100% ->
504-636  (159972-160104)   100% ->
637-790  (162227-162380)   100% ->
791-851  (170880-170940)   100% ->
852-921  (172148-172217)   100% ->
922-1013  (175447-175538)   100% ->
1014-1140  (177342-177468)   100% ->
1141-1182  (182628-182669)   100% ->
1183-1320  (183970-184107)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTCCCCACCTGTCGCCGCCGCTGCAGCAGCTACTACTGCCGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTCCCCACCTGTCGCCGCCGCTGCAGCAGCTACTACTGCCGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGCCTGCGCCGCGCACTCG         ACTGGAGCCCTTCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GCTCGCCTGCGCCGCGCACTCGGTG...CAGACTGGAGCCCTTCCCCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATGTGACGTGCTACAAGTGCTGTGGGAAGAGCAAGACCAGTGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129698 TATGTGACGTGCTACAAGTGCTGTGGGAAGAGCAAGACCAGTGCCTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACTCTCCAGAGAGCAGACAGGAGACCTGGGCACGGAGCAGCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129748 GAACTCTCCAGAGAGCAGACAGGAGACCTGGGCACGGAGCAGCCAGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GTTGTGAGGGGATGTGGGACAACATAAGCTGCTGGCCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129798 AGGTA...CAGGTTGTGAGGGGATGTGGGACAACATAAGCTGCTGGCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTCTGTGCCGGGCCGGATGGTGGAGGTGGAATGCCCGAGATTCCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145348 CTTCTGTGCCGGGCCGGATGGTGGAGGTGGAATGCCCGAGATTCCTCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGCTCACCAGCAGAAATG         GTTCCTTGTTCCGAAACTGCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145398 ATGCTCACCAGCAGAAATGGTA...CAGGTTCCTTGTTCCGAAACTGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAGGATGGCTGGTCAGAAACCTTCCCCAGGCCTAATCTGGCCTGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150693 ACAGGATGGCTGGTCAGAAACCTTCCCCAGGCCTAATCTGGCCTGTGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTAATGTGAACGACTCTTCCAACGAGAAGCGG         CACTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 150743 TTAATGTGAACGACTCTTCCAACGAGAAGCGGGTA...CAGCACTCCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCTGAAGCTGAAAGTCATGTACACCGTGGGCTACAGCTCCTCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158350 CTGCTGAAGCTGAAAGTCATGTACACCGTGGGCTACAGCTCCTCCCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGCTCCTGGTCGCCCTTGGCATCCTCTGTGCTTTCCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 158400 CATGCTCCTGGTCGCCCTTGGCATCCTCTGTGCTTTCCGGTG...CAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCTCCACTGCACTCGCAACTACATCCACATGCACCTGTTCGTGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159974 GGCTCCACTGCACTCGCAACTACATCCACATGCACCTGTTCGTGTCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCCTTCGTGCCCTGTCCAACTTCATCAAGGACGCCGTGCTCTTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160024 ATCCTTCGTGCCCTGTCCAACTTCATCAAGGACGCCGTGCTCTTCTCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATGATGTCACCTACTGCGATGCCCACAGG         GCGGGCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 160074 AGATGATGTCACCTACTGCGATGCCCACAGGGTA...CAGGCGGGCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCTGGTCATGGTGCTGTTCCAGTACTGCATCATGGCCAACTACTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162237 AGCTGGTCATGGTGCTGTTCCAGTACTGCATCATGGCCAACTACTCCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGCTGGTGGAAGGCCTCTACCTTCACACACTCCTCGCCATCTCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162287 CTGCTGGTGGAAGGCCTCTACCTTCACACACTCCTCGCCATCTCCTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCTGAAAGAAAGTACCTCCAGGGATTTGTGGCATTCGGATGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 162337 CTCTGAAAGAAAGTACCTCCAGGGATTTGTGGCATTCGGATGGGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791    GTTCTCCAGCCATTTTTGTTGCTTTGTGGGCTATTGCCAGACACTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170877 CAGGTTCTCCAGCCATTTTTGTTGCTTTGTGGGCTATTGCCAGACACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGAAGATGTTGG         GTGCTGGGACATCAATGCCAACGCATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 170927 CTGGAAGATGTTGGGTA...TAGGTGCTGGGACATCAATGCCAACGCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATCTGGTGGATCATTCGTGGTCCTGTGATCCTCTCCATCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 172175 CATCTGGTGGATCATTCGTGGTCCTGTGATCCTCTCCATCCTGGTG...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   ATTAATTTCATCCTTTTCATAAACATTCTAAGAATCCTGATGAGAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175445 AGATTAATTTCATCCTTTTCATAAACATTCTAAGAATCCTGATGAGAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTTAGAACCCAAGAAACAAGAGGAAATGAAGTCAGCCATTATAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 175495 CTTAGAACCCAAGAAACAAGAGGAAATGAAGTCAGCCATTATAAGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014    GCGCCTGGCCAGGTCCACTCTCCTGCTGATCCCCCTCTTTGGCATCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177339 CAGGCGCCTGGCCAGGTCCACTCTCCTGCTGATCCCCCTCTTTGGCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACTACATCGTCTTCGCCTTCTCCCCAGAGGACGCTATGGAGATCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177389 ACTACATCGTCTTCGCCTTCTCCCCAGAGGACGCTATGGAGATCCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTTTTGAACTAGCCCTTGGCTCATTCCAG         GGACTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 177439 TTTTTTGAACTAGCCCTTGGCTCATTCCAGGTA...CAGGGACTGGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGCCGTCCTCTACTGCTTCCTCAATGGGGAG         GTGCAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 182639 GGCCGTCCTCTACTGCTTCCTCAATGGGGAGGTG...CAGGTGCAGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGTTCAGAAGAAGTGGCAGCAATGGCACCTCCGTGAGTTCCCACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183980 AGGTTCAGAAGAAGTGGCAGCAATGGCACCTCCGTGAGTTCCCACTGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCGTGGCCTCCTTCAGCAACAGCACCAAGGCCAGCCACTTGGAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184030 CCCGTGGCCTCCTTCAGCAACAGCACCAAGGCCAGCCACTTGGAGCAGAG

   1400     .    :    .    :    .
   1293 CCAGGGCACCTGCAGGACCAGCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 184080 CCAGGGCACCTGCAGGACCAGCATCATC