seq1 = pF1KB6623.tfa, 1239 bp
seq2 = pF1KB6623/gi568815582f_3404720.tfa (gi568815582f:3404720_3636268), 231549 bp

>pF1KB6623 1239
>gi568815582f:3404720_3636268 (Chr16)

1-22  (96349-96370)   100% ->
23-134  (100001-100112)   100% ->
135-219  (101612-101696)   100% ->
220-399  (103570-103749)   100% ->
400-495  (107664-107759)   100% ->
496-579  (110789-110872)   100% ->
580-713  (115184-115317)   100% ->
714-855  (118439-118580)   100% ->
856-928  (121693-121765)   100% ->
929-1036  (125849-125956)   100% ->
1037-1092  (128067-128122)   100% ->
1093-1239  (131403-131549)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTTCCGCGACCTCCGCA         ATTTCACAGAGATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  96349 ATGTCTTTCCGCGACCTCCGCAGTA...CAGATTTCACAGAGATGATGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCCCTGGGATACCCTCGACATATTTCTATGGAAAATTTCCGTACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 AGCCCTGGGATACCCTCGACATATTTCTATGGAAAATTTCCGTACACCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTTGGACTTGTATCTGAAGTGCTTCTCTGGCTTGTGAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100070 ATTTTGGACTTGTATCTGAAGTGCTTCTCTGGCTTGTGAAAAGGTT...T

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   ATATGAGCCCCAGACTGACATCCCGCCTGACGTGGATACTGAACAGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 AGATATGAGCCCCAGACTGACATCCCGCCTGACGTGGATACTGAACAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGAGTTTTCTTCATTAAGGCAATTGCCCAGTTCATG         GCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101660 CCGAGTTTTCTTCATTAAGGCAATTGCCCAGTTCATGGTT...TAGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAAGGCACATATAAAACTCAACACTAAGAAGCTTTATCAAGCAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103574 CCAAGGCACATATAAAACTCAACACTAAGAAGCTTTATCAAGCAGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATGCGGTAAAAGAGCTGCTGAAGATCACATCTGTCCTTTATAATGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103624 TATGCGGTAAAAGAGCTGCTGAAGATCACATCTGTCCTTTATAATGCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGACCAAGGGGATGGAGGGCTCTGAAATAGTAGAGGAAGATGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103674 GAAGACCAAGGGGATGGAGGGCTCTGAAATAGTAGAGGAAGATGTCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTTCAAGTTTGATCTTGGCTCAAAG         ATTGCAGATTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103724 AGTTCAAGTTTGATCTTGGCTCAAAGGTA...CAGATTGCAGATTTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGCCAGGCAGCTTGCGTCTGAAATCACCTCCAAAGGAGCATCTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107679 GCAGCCAGGCAGCTTGCGTCTGAAATCACCTCCAAAGGAGCATCTCTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGACTTGCTCGGCATGGAAGTAGAGTTGAGG         GAAATGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107729 TGACTTGCTCGGCATGGAAGTAGAGTTGAGGGTA...TAGGAAATGAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGAAGCCATTGCCAGACCTCTGGAAATAAACGAGACTGAAAAAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110799 CAGAAGCCATTGCCAGACCTCTGGAAATAAACGAGACTGAAAAAGTGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAATTGCAATAAAAGAGATTTTG         ACACAGGTTCAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110849 AGAATTGCAATAAAAGAGATTTTGGTA...TAGACACAGGTTCAGAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TAAAGACCTGCTCAATAATGTGGCCTCTGATGAAGCTAATTTAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115201 TAAAGACCTGCTCAATAATGTGGCCTCTGATGAAGCTAATTTAGAAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAATCGAAAAGAGAAAATTAGAACTGGAAAGAAATCGGAAGCGACTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115251 AAATCGAAAAGAGAAAATTAGAACTGGAAAGAAATCGGAAGCGACTAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTCTGCAGAGTGTCAG         GCCATGTTTTATGGATGAGTATGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115301 ACTCTGCAGAGTGTCAGGTA...TAGGCCATGTTTTATGGATGAGTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAGACTGAGGAAGAATTACAAAAGCAGTATGACACTTATCTGGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118463 GAAGACTGAGGAAGAATTACAAAAGCAGTATGACACTTATCTGGAGAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTCAAAATCTGACTTATCTGGAACAACAGCTTGAAGACCATCATAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118513 TTCAAAATCTGACTTATCTGGAACAACAGCTTGAAGACCATCATAGGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGCAAGAAAGGTTTGAG         GAAGCTAAAAACACTCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118563 GAGCAAGAAAGGTTTGAGGTG...CAGGAAGCTAAAAACACTCTCTGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATACAGAACAAGCTCAAGGAGGAAGAGAAGCGCCTGCTCAAGAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121716 GATACAGAACAAGCTCAAGGAGGAAGAGAAGCGCCTGCTCAAGAGTGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929          GTAACGATGACTCGGACATAGACATCCAGGAGGACGATGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121766 GTA...TAGGTAACGATGACTCGGACATAGACATCCAGGAGGACGATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCCGACAGTGAGTTGGAAGAAAGGCGGCTGCCCAAGCCACAGACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125890 TCCGACAGTGAGTTGGAAGAAAGGCGGCTGCCCAAGCCACAGACAGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGAGATGCTCATGCAAG         GAAGACCTGGCAAACGCATTGTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125940 GGAGATGCTCATGCAAGGTA...CAGGAAGACCTGGCAAACGCATTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCACGATGCAAGGTGGAGACTCCGATGACAAT         GAGGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128091 GCACGATGCAAGGTGGAGACTCCGATGACAATGTA...TAGGAGGACTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAGGAGAGTGAAATTGACATGGAAGATGATGATGACGAGGATGACGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131412 GAGGAGAGTGAAATTGACATGGAAGATGATGATGACGAGGATGACGATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGAAGACGAGAGCATTTCTCTCTCACCAACCAAGCCCAATCGAAGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131462 GGAAGACGAGAGCATTTCTCTCTCACCAACCAAGCCCAATCGAAGGGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1202 GGAAATCTGAACCCCTGGATGAGAGTGACAATGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131512 GGAAATCTGAACCCCTGGATGAGAGTGACAATGACTTC