seq1 = pF1KB6620.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KB6620/gi568815586f_6284359.tfa (gi568815586f:6284359_6490934), 206576 bp

>pF1KB6620 1305
>gi568815586f:6284359_6490934 (Chr12)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-193  (100230-100326)   100% ->
194-319  (100664-100789)   100% ->
320-472  (100869-101021)   100% ->
473-569  (101708-101804)   98% ->
570-667  (101989-102086)   100% ->
668-775  (104040-104147)   100% ->
776-801  (104442-104467)   100% ->
802-1030  (105754-105982)   100% ->
1031-1305  (106302-106576)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCTGCCTTGGGCCACCTCTGCCCCCGGCCTGGCCTGGGGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCTGCCTTGGGCCACCTCTGCCCCCGGCCTGGCCTGGGGGCCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCTGGGCCTCTTCGGGCTCCTGGCAGCATCGCAGCCCCAGGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GGTGCTGGGCCTCTTCGGGCTCCTGGCAGCATCGCAGCCCCAGGCGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTGCCTCCATATGCGTCGGAGAACCAGACCTGCAGGGACCAGGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..AAGGTGCCTCCATATGCGTCGGAGAACCAGACCTGCAGGGACCAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGAATACTATGAGCCCCAGCACCGCATCTGCTGCTCCCGCTGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 AAGGAATACTATGAGCCCCAGCACCGCATCTGCTGCTCCCGCTGCCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GCACCTATGTCTCAGCTAAATGTAGCCGCATCCGGGACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100325 AGGTG...TAGGCACCTATGTCTCAGCTAAATGTAGCCGCATCCGGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGTTTGTGCCACATGTGCCGAGAATTCCTACAACGAGCACTGGAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 CAGTTTGTGCCACATGTGCCGAGAATTCCTACAACGAGCACTGGAACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGACCATCTGCCAGCTGTGCCGCCCCTGTGACCCAG         TGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100753 CTGACCATCTGCCAGCTGTGCCGCCCCTGTGACCCAGGTG...CAGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGCCTCGAGGAGATTGCCCCCTGCACAAGCAAACGGAAGACCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100873 GGGCCTCGAGGAGATTGCCCCCTGCACAAGCAAACGGAAGACCCAGTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTGCCAGCCGGGAATGTTCTGTGCTGCCTGGGCCCTCGAGTGTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100923 GCTGCCAGCCGGGAATGTTCTGTGCTGCCTGGGCCCTCGAGTGTACACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCGAGCTACTTTCTGACTGCCCGCCTGGCACTGAAGCCGAGCTCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100973 TGCGAGCTACTTTCTGACTGCCCGCCTGGCACTGAAGCCGAGCTCAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         ATGAAGTTGGGAAGGGTAACAACCACTGCGTCCCCTGCAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101023 TC...CAGATGAAGTTGGGAAGGGTAACAACCACTGCGTCCCCTGCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGGCACTTCCAGAATACCTCCTCCCCCAGCGCCCGCTGCCAGCCCCAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101750 CCGGGCACTTCCAGAATACCTCCTCCCCCAGCGCCCGCTGCCAGCCCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCAG         GTGTGAGAACCAAGGTCTGGTGGAGGCAGCTCCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101800 ACCAGGTG...CAGGTGTGAGAACCAAGGTCTGGTGGAGGCAGCTCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACTGCCCAGTCCGACACAACCTGCAAAAATCCATTAGAGCCACTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102025 CACTGCCCAGTCCGACACAACCTGCAAAAATCCATTAGAGCCACTGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAGATGTCAG         GAACCATGCTGATGCTGGCCGTTCTGCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102075 CAGAGATGTCAGGTG...CAGGAACCATGCTGATGCTGGCCGTTCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCACTGGCCTTCTTTCTGCTCCTTGCCACCGTCTTCTCCTGCATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104069 CCACTGGCCTTCTTTCTGCTCCTTGCCACCGTCTTCTCCTGCATCTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGCCACCCTTCTCTCTGCAGGAAACTGG         GATCGCTGCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104119 GAGCCACCCTTCTCTCTGCAGGAAACTGGGTA...CAGGATCGCTGCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAGGCGTCCGCAG         GGAGAGGGACCCAATCCTGTAGCTGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104454 AGAGGCGTCCGCAGGTA...CAGGGAGAGGGACCCAATCCTGTAGCTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGCTGGGAGCCTCCGAAGGCCCATCCATACTTCCCTGACTTGGTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105781 AGCTGGGAGCCTCCGAAGGCCCATCCATACTTCCCTGACTTGGTACAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTGCTACCCATTTCTGGAGATGTTTCCCCAGTATCCACTGGGCTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105831 ACTGCTACCCATTTCTGGAGATGTTTCCCCAGTATCCACTGGGCTCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGCCCCAGTTTTGGAGGCAGGGGTGCCGCAACAGCAGAGTCCTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105881 CAGCCCCAGTTTTGGAGGCAGGGGTGCCGCAACAGCAGAGTCCTCTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGACCAGGGAGCCGCAGTTGGAACCCGGGGAGCAGAGCCAGGTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105931 CTGACCAGGGAGCCGCAGTTGGAACCCGGGGAGCAGAGCCAGGTGGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CG         GTACCAATGGCATTCATGTCACCGGCGGGTCTATGACTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105981 CGGTG...CAGGTACCAATGGCATTCATGTCACCGGCGGGTCTATGACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCACTGGCAACATCTACATCTACAATGGACCAGTACTGGGGGGACCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 TCACTGGCAACATCTACATCTACAATGGACCAGTACTGGGGGGACCACCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTCCTGGAGACCTCCCAGCTACCCCCGAACCTCCATACCCCATTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 GGTCCTGGAGACCTCCCAGCTACCCCCGAACCTCCATACCCCATTCCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGAGGGGGACCCTGGCCCTCCCGGGCTCTCTACACCCCACCAGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106441 AGAGGGGGACCCTGGCCCTCCCGGGCTCTCTACACCCCACCAGGAAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCAAGGCTTGGCACCTAGCGGAGACAGAGCACTGTGGTGCCACACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106491 GCAAGGCTTGGCACCTAGCGGAGACAGAGCACTGTGGTGCCACACCCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1270 AACAGGGGCCCAAGGAACCAATTTATCACCCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106541 AACAGGGGCCCAAGGAACCAATTTATCACCCATGAC