seq1 = pF1KB6618.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KB6618/gi568815591f_103247712.tfa (gi568815591f:103247712_103468051), 220340 bp

>pF1KB6618 1299
>gi568815591f:103247712_103468051 (Chr7)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-108  (106210-106247)   100% ->
109-190  (107157-107238)   100% ->
191-290  (107983-108082)   100% ->
291-422  (114246-114377)   100% ->
423-495  (114975-115047)   100% ->
496-591  (115633-115728)   100% ->
592-756  (116432-116596)   100% ->
757-844  (118365-118452)   100% ->
845-1047  (119702-119904)   99% ->
1048-1144  (120002-120098)   100% ->
1145-1299  (120186-120340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGATTACCTCGGTGCCGATCAGCGGAAGACCAAAGAGGATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGATTACCTCGGTGCCGATCAGCGGAAGACCAAAGAGGATGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGACAAGCCCATCCGAG         CTCTGGATGAGGGGGATATTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GGACGACAAGCCCATCCGAGGTC...CAGCTCTGGATGAGGGGGATATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTGTTGAAAACTTAT         GGTCAGAGCACTTACTCTAGGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106231 CCTTGTTGAAAACTTATGTA...TAGGGTCAGAGCACTTACTCTAGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATCAAGCAAGTTGAAGATGACATTCAGCAACTTCTCAAGAAAATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107181 ATCAAGCAAGTTGAAGATGACATTCAGCAACTTCTCAAGAAAATTAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCACTG         GTATTAAAGAATCTGACACTGGCCTGGCCCCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107231 GCTCACTGGTA...TAGGTATTAAAGAATCTGACACTGGCCTGGCCCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGCACTCTGGGATTTGGCTGCAGATAAGCAGACACTCCAGAGTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108016 CAGCACTCTGGGATTTGGCTGCAGATAAGCAGACACTCCAGAGTGAACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTTTACAGGTTGCCAG         GTGTACAAAGATAATCAATGCTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108066 CCTTTACAGGTTGCCAGGTA...TAGGTGTACAAAGATAATCAATGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTCGGAGGACCCAAAATACATTATCAACGTAAAGCAGTTTGCCAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114270 TTCGGAGGACCCAAAATACATTATCAACGTAAAGCAGTTTGCCAAGTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGTGGACCTTAGTGATCAGGTGGCACCTACTGACATTGAAGAAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114320 TGGTGGACCTTAGTGATCAGGTGGCACCTACTGACATTGAAGAAGGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAGTGGG         CGTGGATAGAAATAAATATCAAATTCACATTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114370 AGAGTGGGGTA...TAGCGTGGATAGAAATAAATATCAAATTCACATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTGCCTCCTAAGATTGACCCAACAGTTACCATGATGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115008 ATTGCCTCCTAAGATTGACCCAACAGTTACCATGATGCAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGAAGAGAAACCTGATGTCACATACAGTGATGTTGGTGGCTGTAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115634 TGGAAGAGAAACCTGATGTCACATACAGTGATGTTGGTGGCTGTAAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAGATTGAGAAACTGCGAGAAGTAGTTGAAACCCCATTACTTCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115684 CAGATTGAGAAACTGCGAGAAGTAGTTGAAACCCCATTACTTCATGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592     CCAGAGAGGTTTGTGAACCTTGGCATTGAGCCTCCCAAGGGCGTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115734 .CAGCCAGAGAGGTTTGTGAACCTTGGCATTGAGCCTCCCAAGGGCGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTCTTTGGTCCACCCGGTACAGGCAAGACACTCTGTGCGCGGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116478 TGCTCTTTGGTCCACCCGGTACAGGCAAGACACTCTGTGCGCGGGCAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTAATCGGACTGATGCGTGCTTCATTCGAGTTATTGGATCTGAGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116528 GCTAATCGGACTGATGCGTGCTTCATTCGAGTTATTGGATCTGAGCTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACAGAAATACGTCGGTGAG         GGGGCTCGAATGGTTCGTGAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116578 ACAGAAATACGTCGGTGAGGTA...TAGGGGGCTCGAATGGTTCGTGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCTTTGAAATGGCCAGAACAAAAAAAGCCTGCCTTATCTTCTTTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118387 TCTTTGAAATGGCCAGAACAAAAAAAGCCTGCCTTATCTTCTTTGATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATTGATGCTATTGGAG         GGGCTCGTTTTGATGATGGTGCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118437 ATTGATGCTATTGGAGGTG...CAGGGGCTCGTTTTGATGATGGTGCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGGTGACAATGAAGTGCAGAGAACAATGTTGGAACTGATCAATCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119727 AGGTGACAATGAAGTGCAGAGAACAATGTTGGAACTGATCAATCAGCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGGTTTTGATCCTCGAGGCAATATTAAAGTGCTGATGGCCACTAACAGA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119777 ATGGTTTTGATCCTAGAGGCAATATTAAAGTGCTGATGGCCACTAACAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTGATACTTTGGATCCAGCACTGATGAGGCCAGGGAGATTGGATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119827 CCTGATACTTTGGATCCAGCACTGATGAGGCCAGGGAGATTGGATAGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AATTGAATTTAGCTTGCCCGATCTAGAG         GGTCGGACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119877 AATTGAATTTAGCTTGCCCGATCTAGAGGTA...TAGGGTCGGACCCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TATTTAAGATTCACGCTCGTTCAATGAGTGTTGAAAGAGATATCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120015 TATTTAAGATTCACGCTCGTTCAATGAGTGTTGAAAGAGATATCAGATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAACTGTTAGCACGACTGTGTCCAAATAGCACTG         GTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120065 GAACTGTTAGCACGACTGTGTCCAAATAGCACTGGTA...AAGGTGCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GATTAGAAGCGTCTGCACAGAGGCTGGTATGTTTGCCATCAGAGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120193 GATTAGAAGCGTCTGCACAGAGGCTGGTATGTTTGCCATCAGAGCACGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GAAAAATTGCTACCGAGAAGGATTTCTTGGAAGCTGTAAATAAGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120243 GAAAAATTGCTACCGAGAAGGATTTCTTGGAAGCTGTAAATAAGGTCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1252 AAGTCTTATGCCAAATTCAGTGCTACTCCTCGTTACATGACATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120293 AAGTCTTATGCCAAATTCAGTGCTACTCCTCGTTACATGACATACAAC