seq1 = pF1KB6611.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB6611/gi568815575f_48598900.tfa (gi568815575f:48598900_48807567), 208668 bp

>pF1KB6611 1236
>gi568815575f:48598900_48807567 (ChrX)

1-19  (97886-97904)   100% ->
20-165  (100003-100148)   100% ->
166-828  (101192-101854)   100% ->
829-975  (107366-107512)   100% ->
976-1105  (107599-107728)   100% ->
1106-1236  (108538-108668)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAAAATTTAAAAG         GCTGCAGCGTGTGTTGCAAGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  97886 ATGGCGGAAAATTTAAAAGGTG...CAGGCTGCAGCGTGTGTTGCAAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCTTGGAATCAGCTGCAGGACCTGTGCCGCCTGGCCAAGCTCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 TTCTTGGAATCAGCTGCAGGACCTGTGCCGCCTGGCCAAGCTCTCCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCCCTCGGTATCTCTAAGAGGAACCTCTATGACTTTGAAGTCGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 CTGCCCTCGGTATCTCTAAGAGGAACCTCTATGACTTTGAAGTCGAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTGCGATTACAAGAAGATCCGC         GAACAGGAATATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100125 CTGTGCGATTACAAGAAGATCCGCGTG...CAGGAACAGGAATATTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGAAATGGCGTGGATATCCAGACTCAGAGAGCACCTGGGAGCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 GGTGAAATGGCGTGGATATCCAGACTCAGAGAGCACCTGGGAGCCACGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAATCTCAAGTGTGTGCGTATCCTCAAGCAGTTCCACAAGGACTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 AGAATCTCAAGTGTGTGCGTATCCTCAAGCAGTTCCACAAGGACTTAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGGAGCTGCTCCGGCGGCACCACCGGTCAAAGACCCCCCGGCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101309 AGGGAGCTGCTCCGGCGGCACCACCGGTCAAAGACCCCCCGGCACCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCAAGCTTGGCCAACTACCTGGTGCAGAAGGCCAAGCAGAGGCGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 CCCAAGCTTGGCCAACTACCTGGTGCAGAAGGCCAAGCAGAGGCGGGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCGTCGCTGGGAGCAGGAGCTCAATGCCAAGCGCAGCCATCTGGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 TCCGTCGCTGGGAGCAGGAGCTCAATGCCAAGCGCAGCCATCTGGGACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCACTGTAGAGAATGAGGTGGACCTGGACGGCCCTCCGCGGGCCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101459 ATCACTGTAGAGAATGAGGTGGACCTGGACGGCCCTCCGCGGGCCTTCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTACATCAATGAGTACCGTGTTGGTGAGGGCATCACCCTCAACCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 GTACATCAATGAGTACCGTGTTGGTGAGGGCATCACCCTCAACCAGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGTGGGCTGCGAGTGCCAGGACTGTCTGTGGGCACCCACTGGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 CTGTGGGCTGCGAGTGCCAGGACTGTCTGTGGGCACCCACTGGAGGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGCCCGGGGGCGTCACTGCACAAGTTTGCCTACAATGACCAGGGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 TGCCCGGGGGCGTCACTGCACAAGTTTGCCTACAATGACCAGGGCCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCGGCTTCGAGCCGGGCTGCCCATCTACGAGTGCAACTCCCGCTGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 GCGGCTTCGAGCCGGGCTGCCCATCTACGAGTGCAACTCCCGCTGCCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCGGCTATGACTGCCCAAATCGTGTGGTACAGAAGGGTATCCGATATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101709 GCGGCTATGACTGCCCAAATCGTGTGGTACAGAAGGGTATCCGATATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTCTGCATCTTCCGCACGGATGATGGGCGTGGCTGGGGCGTCCGCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101759 CTCTGCATCTTCCGCACGGATGATGGGCGTGGCTGGGGCGTCCGCACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGAGAAGATTCGCAAGAACAGCTTCGTCATGGAGTACGTGGGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101809 GGAGAAGATTCGCAAGAACAGCTTCGTCATGGAGTACGTGGGAGAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829      ATCATTACCTCAGAGGAGGCAGAGCGGCGGGGCCAGATCTACGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101859 ..TAGATCATTACCTCAGAGGAGGCAGAGCGGCGGGGCCAGATCTACGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGTCAGGGCGCCACCTACCTCTTTGACCTGGACTACGTGGAGGACGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107411 CGTCAGGGCGCCACCTACCTCTTTGACCTGGACTACGTGGAGGACGTGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CACCGTGGATGCCGCCTACTATGGCAACATCTCCCACTTTGTCAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 CACCGTGGATGCCGCCTACTATGGCAACATCTCCCACTTTGTCAACCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GT         TGTGACCCCAACCTGCAGGTGTACAACGTCTTCATAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107511 GTGTG...CAGTGTGACCCCAACCTGCAGGTGTACAACGTCTTCATAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACCTTGACGAGCGGCTGCCCCGCATCGCTTTCTTTGCCACAAGAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107638 AACCTTGACGAGCGGCTGCCCCGCATCGCTTTCTTTGCCACAAGAACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCGGGCAGGCGAGGAGCTCACCTTTGATTACAACATGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107688 CCGGGCAGGCGAGGAGCTCACCTTTGATTACAACATGCAAGGTG...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGACCCCGTGGACATGGAGAGCACCCGCATGGACTCCAACTTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108538 TGGACCCCGTGGACATGGAGAGCACCCGCATGGACTCCAACTTTGGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GCTGGGCTCCCTGGCTCCCCTAAGAAGCGGGTCCGTATTGAATGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108588 GCTGGGCTCCCTGGCTCCCCTAAGAAGCGGGTCCGTATTGAATGCAAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :
   1206 TGGGACTGAGTCCTGCCGCAAATACCTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 108638 TGGGACTGAGTCCTGCCGCAAATACCTCTTC