seq1 = pF1KB6607.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KB6607/gi568815589f_107183630.tfa (gi568815589f:107183630_107429653), 246024 bp

>pF1KB6607 1227
>gi568815589f:107183630_107429653 (Chr9)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-148  (116512-116593)   100% ->
149-228  (118406-118485)   100% ->
229-497  (122750-123018)   100% ->
498-553  (128053-128108)   100% ->
554-681  (135123-135250)   100% ->
682-817  (138354-138489)   100% ->
818-945  (140261-140388)   100% ->
946-1116  (141205-141375)   100% ->
1117-1227  (145914-146024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGTCACCCTGAAGACCCTCCAGCAGCAGACCTTCAAGATAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGTCACCCTGAAGACCCTCCAGCAGCAGACCTTCAAGATAGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCCCGAGGAGACG         GTGAAAGCACTGAAAGAGAAGATTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACCCCGAGGAGACGGTA...TAGGTGAAAGCACTGAAAGAGAAGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATCTGAAAAGGGGAAAGATGCCTTTCCAGTAGCAGGTCAAAAATTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116537 AATCTGAAAAGGGGAAAGATGCCTTTCCAGTAGCAGGTCAAAAATTAATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGCAG         GCAAAATCCTCAATGATGATACTGCTCTCAAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116587 TATGCAGGTA...TAGGCAAAATCCTCAATGATGATACTGCTCTCAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATATAAAATTGATGAGAAAAACTTTGTGGTGGTTATGGTGACCAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118440 ATATAAAATTGATGAGAAAAACTTTGTGGTGGTTATGGTGACCAAAGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229      CCCAAAGCAGTGTCCACACCAGCACCAGCTACAACTCAGCAGTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118490 ..TAGCCCAAAGCAGTGTCCACACCAGCACCAGCTACAACTCAGCAGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTCCTGCCAGCACTACAGCAGTTACTTCCTCCACCACCACAACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122795 GCTCCTGCCAGCACTACAGCAGTTACTTCCTCCACCACCACAACTGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAGGCTCCAACCCCTGTCCCTGCCTTGGCCCCCACTTCCACACCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122845 TCAGGCTCCAACCCCTGTCCCTGCCTTGGCCCCCACTTCCACACCTGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCATCACTCCAGCATCAGCGACAGCATCTTCTGAACCTGCACCTGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122895 CCATCACTCCAGCATCAGCGACAGCATCTTCTGAACCTGCACCTGCTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGCTAAACAAGAGAAGCCTGCAGAAAAGCCAGCAGAGACACCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122945 GCAGCTAAACAAGAGAAGCCTGCAGAAAAGCCAGCAGAGACACCAGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTAGCCCAACAGCAACTGACAG         TACATCGGGTGATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122995 TACTAGCCCAACAGCAACTGACAGGTA...TAGTACATCGGGTGATTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCGGTCAAACCTTTTTGAAGATGCAACGAGTGCACTTG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 128070 CTCGGTCAAACCTTTTTGAAGATGCAACGAGTGCACTTGGTA...TAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACGGGTCAGTCTTACGAGAATATGGTAACTGAGATCATGTCAATGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135125 ACGGGTCAGTCTTACGAGAATATGGTAACTGAGATCATGTCAATGGGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAACGAGAGCAAGTAATTGCAGCCCTGAGAGCCAGTTTCAACAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135175 TGAACGAGAGCAAGTAATTGCAGCCCTGAGAGCCAGTTTCAACAACCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAGAGCAGTGGAGTATCTTTTAATG         GGAATCCCTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 135225 ACAGAGCAGTGGAGTATCTTTTAATGGTG...CAGGGAATCCCTGGAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGAGAAAGTCAGGCTGTGGTTGACCCCCCTCAAGCAGCTAGTACTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138369 AGAGAAAGTCAGGCTGTGGTTGACCCCCCTCAAGCAGCTAGTACTGGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCTCAGTCTTCAGCAGTGGCTGCAGCTGCAGCAACTACGACAGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138419 TCCTCAGTCTTCAGCAGTGGCTGCAGCTGCAGCAACTACGACAGCAACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTACAACAACAAGTTCTGGAG         GACATCCCCTTGAATTTTTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 138469 CTACAACAACAAGTTCTGGAGGTA...TAGGACATCCCCTTGAATTTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGGAATCAGCCTCAGTTTCAACAGATGAGACAAATTATTCAGCAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140281 CGGAATCAGCCTCAGTTTCAACAGATGAGACAAATTATTCAGCAGAATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCCTTGCTTCCAGCGTTACTACAGCAGATAGGTCGAGAGAATCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140331 TTCCTTGCTTCCAGCGTTACTACAGCAGATAGGTCGAGAGAATCCTCAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TACTTCAG         CAAATTAGCCAACACCAGGAGCATTTTATTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 140381 TACTTCAGGTG...CAGCAAATTAGCCAACACCAGGAGCATTTTATTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGTTAAATGAACCAGTTCAAGAAGCTGGTGGTCAAGGAGGAGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141238 ATGTTAAATGAACCAGTTCAAGAAGCTGGTGGTCAAGGAGGAGGAGGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGTGGCAGTGGAGGAATTGCAGAAGCTGGAAGTGGTCATATGAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141288 AGGTGGCAGTGGAGGAATTGCAGAAGCTGGAAGTGGTCATATGAACTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCAAGTAACACCTCAGGAAAAAGAAGCTATAGAAAGG         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 141338 TTCAAGTAACACCTCAGGAAAAAGAAGCTATAGAAAGGGTG...CAGTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGCATTAGGATTTCCTGAAGGACTTGTGATACAAGCGTATTTTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145917 AAGGCATTAGGATTTCCTGAAGGACTTGTGATACAAGCGTATTTTGCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGAGAAGAATGAGAATTTGGCTGCCAATTTTCTTCTACAGCAGAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145967 TGAGAAGAATGAGAATTTGGCTGCCAATTTTCTTCTACAGCAGAACTTTG

   1300     .
   1220 ATGAAGAT
        ||||||||
 146017 ATGAAGAT