seq1 = pF1KB6603.tfa, 1224 bp
seq2 = pF1KB6603/gi568815596f_169700961.tfa (gi568815596f:169700961_169911324), 210364 bp

>pF1KB6603 1224
>gi568815596f:169700961_169911324 (Chr2)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-170  (104514-104617)   100% ->
171-345  (104705-104879)   100% ->
346-453  (105825-105932)   100% ->
454-554  (106011-106111)   100% ->
555-626  (107522-107593)   100% ->
627-669  (107900-107942)   100% ->
670-810  (109323-109463)   100% ->
811-997  (109898-110084)   100% ->
998-1138  (110223-110363)   100% ->
1139-1224  (110708-110793)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAAAATGGTGATAATGAAAAGATGGCTGCCCTGGAGGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAAAATGGTGATAATGAAAAGATGGCTGCCCTGGAGGCCAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTCATCAAATTGAG         TATTATTTTGGCGACTTCAATTTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTCATCAAATTGAGGTA...CAGTATTATTTTGGCGACTTCAATTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACGGGACAAGTTTCTAAAGGAACAGATAAAACTGGATGAAGGCTGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104539 CACGGGACAAGTTTCTAAAGGAACAGATAAAACTGGATGAAGGCTGGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTTGGAGATAATGATAAAATTCAACAG         GTTGAACCGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104589 CCTTTGGAGATAATGATAAAATTCAACAGGTA...CAGGTTGAACCGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACAACAGACTTTAATGTAATTGTGGAAGCATTGAGCAAATCCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104717 AACAACAGACTTTAATGTAATTGTGGAAGCATTGAGCAAATCCAAGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTCATGGAAATCAGTGAAGATAAAACTAAAATCAGAAGGTCTCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104767 AACTCATGGAAATCAGTGAAGATAAAACTAAAATCAGAAGGTCTCCAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACCCCTACCTGAAGTGACTGATGAGTATAAAAATGATGTAAAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104817 AAACCCCTACCTGAAGTGACTGATGAGTATAAAAATGATGTAAAAAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCTGTTTATATT         AAAGGCTTCCCAACTGATGCAACTCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104867 ATCTGTTTATATTGTA...CAGAAAGGCTTCCCAACTGATGCAACTCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGACATAAAAGAATGGTTAGAAGATAAAGGTCAAGTACTAAATATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105853 ATGACATAAAAGAATGGTTAGAAGATAAAGGTCAAGTACTAAATATTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGAGAAGAACATTGCATAAAGCATTTAAG         GGATCAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105903 ATGAGAAGAACATTGCATAAAGCATTTAAGGTA...CAGGGATCAATTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTTGTGTTTGATAGCATTGAATCTGCTAAGAAATTTGTAGAGACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106022 TGTTGTGTTTGATAGCATTGAATCTGCTAAGAAATTTGTAGAGACCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCAGAAGTACAAAGAAACAGACCTGCTAATACTTTTCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106072 GCCAGAAGTACAAAGAAACAGACCTGCTAATACTTTTCAAGTA...TAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACGATTACTTTGCCAAAAAAAATGAAGAAAGAAAACAAAATAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107523 GACGATTACTTTGCCAAAAAAAATGAAGAAAGAAAACAAAATAAAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCTAAATTAAGAGCTAAACA         GGAGCAAGAAGCAAAACAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107573 AGCTAAATTAAGAGCTAAACAGTA...TAGGGAGCAAGAAGCAAAACAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGTTAGAAGAAGATGCTGAAATG         AAATCTCTAGAAGAAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107920 AGTTAGAAGAAGATGCTGAAATGGTA...TAGAAATCTCTAGAAGAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATTGGATGCTTGCTGAAATTTTCGGGTGATTTAGATGATCAGACCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109341 ATTGGATGCTTGCTGAAATTTTCGGGTGATTTAGATGATCAGACCTGTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAAGATTTACACATACTTTTCTCAAATCATGGTGAAATAAAATGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109391 AGAAGATTTACACATACTTTTCTCAAATCATGGTGAAATAAAATGGATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTTCGTCAGAGGAGCAAAAGAG         GGGATAATTCTATTTAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109441 ACTTCGTCAGAGGAGCAAAAGAGGTT...TAGGGGATAATTCTATTTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAAAAGCCAAGGAAGCATTGGGTAAAGCCAAAGATGCAAATAATGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109916 GAAAAAGCCAAGGAAGCATTGGGTAAAGCCAAAGATGCAAATAATGGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTACAATTAAGGAACAAAGAAGTGACTTGGGAAGTACTAGAAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109966 CCTACAATTAAGGAACAAAGAAGTGACTTGGGAAGTACTAGAAGGAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGAAAAAGAAGCACTGAAGAAAATAATAGAAGACCAACAAGAATCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110016 TGGAAAAAGAAGCACTGAAGAAAATAATAGAAGACCAACAAGAATCCCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACAAATGGAAGTCAAAAG         GTCGTAGATTTAAAGGAAAAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110066 AACAAATGGAAGTCAAAAGGTC...CAGGTCGTAGATTTAAAGGAAAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAAGGGTAATAAAGCTGCCCAGCCTGGGTCTGGTAAAGGAAAAGTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110245 AAAGGGTAATAAAGCTGCCCAGCCTGGGTCTGGTAAAGGAAAAGTACAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTCAGGGCAAGAAAACGAAATTTGCTAGTGATGATGAACATGATGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110295 TTCAGGGCAAGAAAACGAAATTTGCTAGTGATGATGAACATGATGAACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGAAAATGGTGCAACTG         GACCTGTGAAAAGAGCAAGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110345 GATGAAAATGGTGCAACTGGTA...TAGGACCTGTGAAAAGAGCAAGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGAAACAGACAAAGAAGAACCTGCATCCAAACAACAGAAAACAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 AGAAACAGACAAAGAAGAACCTGCATCCAAACAACAGAAAACAGAAAATG

   1300     .    :
   1211 GTGCTGGAGACCAG
        ||||||||||||||
 110780 GTGCTGGAGACCAG