seq1 = pF1KB6593.tfa, 1131 bp
seq2 = pF1KB6593/gi568815597f_151162160.tfa (gi568815597f:151162160_151367340), 205181 bp

>pF1KB6593 1131
>gi568815597f:151162160_151367340 (Chr1)

1-26  (92624-92649)   100% ->
27-167  (100002-100142)   100% ->
168-282  (101755-101869)   100% ->
283-369  (102673-102759)   100% ->
370-438  (103007-103075)   100% ->
439-654  (103235-103450)   100% ->
655-763  (103845-103953)   100% ->
764-895  (104149-104280)   100% ->
896-963  (104361-104428)   98% ->
964-1131  (105014-105181)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTGGAAAGCACTATGGTGTG         TGTGGACAACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  92624 ATGGTGTTGGAAAGCACTATGGTGTGGTG...CAGTGTGGACAACAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTATATGCGGAATGGAGACTTCTTACCCACCAGGCTGCAGGCCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 GTATATGCGGAATGGAGACTTCTTACCCACCAGGCTGCAGGCCCAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGCTGTCAACATAGTTTGTCATTCAAAGACCCGCAGCAACCCTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 ATGCTGTCAACATAGTTTGTCATTCAAAGACCCGCAGCAACCCTGAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTGGGCCTTATCACACTGGCTAA         TGACTGTGAAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100117 AACGTGGGCCTTATCACACTGGCTAAGTA...CAGTGACTGTGAAGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACCACACTCACCCCAGACACTGGCCGTATCCTGTCCAAGCTACATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101770 GACCACACTCACCCCAGACACTGGCCGTATCCTGTCCAAGCTACATACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAACCCAAGGGCAAGATCACCTTCTGCACGGGCATCCGCGTGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 TCCAACCCAAGGGCAAGATCACCTTCTGCACGGGCATCCGCGTGGCCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          CTGGCTCTGAAGCACCGACAAGGCAAGAATCACAAGATGCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101870 GTG...AAGCTGGCTCTGAAGCACCGACAAGGCAAGAATCACAAGATGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCATTGCCTTTGTGGGAAGCCCAGTGGAGGACAATGAGAAGGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102714 CATCATTGCCTTTGTGGGAAGCCCAGTGGAGGACAATGAGAAGGATGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      CTGGTGAAACTGGCTAAACGCCTCAAGAAGGAGAAAGTAAATGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102764 ..CAGCTGGTGAAACTGGCTAAACGCCTCAAGAAGGAGAAAGTAAATGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACATTATCAATTTTGGGGAAGAG         GAGGTGAACACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103052 GACATTATCAATTTTGGGGAAGAGGTG...CAGGAGGTGAACACAGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTGACAGCCTTTGTAAACACGTTGAATGGCAAAGATGGAACCGGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103252 GCTGACAGCCTTTGTAAACACGTTGAATGGCAAAGATGGAACCGGTTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATCTGGTGACAGTGCCTCCTGGGCCCAGTTTGGCTGATGCTCTCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103302 ATCTGGTGACAGTGCCTCCTGGGCCCAGTTTGGCTGATGCTCTCATCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTCCGATTTTGGCTGGTGAAGGTGGTGCCATGCTGGGTCTTGGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103352 TCTCCGATTTTGGCTGGTGAAGGTGGTGCCATGCTGGGTCTTGGTGCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACTTTGAATTTGGAGTAGATCCCAGTGCTGATCCTGAGCTGGCCTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103402 TGACTTTGAATTTGGAGTAGATCCCAGTGCTGATCCTGAGCTGGCCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         GCCCTTCGTGTATCTATGGAAGAGCAGCGGCAGCGGCAGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103452 TG...CAGGCCCTTCGTGTATCTATGGAAGAGCAGCGGCAGCGGCAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGGAGGCCCGGCGGGCAGCTGCAGCTTCTGCTGCTGAGGCCGGGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103887 GAGGAGGCCCGGCGGGCAGCTGCAGCTTCTGCTGCTGAGGCCGGGATTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TACGACTGGGACTGAAG         ACTCAGACGATGCCCTGCTGAAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103937 TACGACTGGGACTGAAGGTG...CAGACTCAGACGATGCCCTGCTGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGACCATCAGCCAGCAAGAGTTTGGCCGCACTGGGCTTCCTGACCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 TGACCATCAGCCAGCAAGAGTTTGGCCGCACTGGGCTTCCTGACCTAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGTATGACTGAGGAAGAGCAGATTGCTTATGCCATGCAGATGTCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 AGTATGACTGAGGAAGAGCAGATTGCTTATGCCATGCAGATGTCCCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGAGCAG         AGTTTGGCCAGGCGGAATCAGCAGACATTGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 GGGAGCAGGTG...CAGAGTTTGGCCAGGCGGAATCAGCAGACATTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAGCTCAGCTATGGACACATCCGAGCCAGCCAAG         GAGGAG
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||||
 104394 CCAGCTCAGCTATGGACACATCTGAGCCAGCCAAGGTG...CAGGAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GATGATTACGACGTGATGCAGGACCCCGAGTTCCTTCAGAGTGTCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105020 GATGATTACGACGTGATGCAGGACCCCGAGTTCCTTCAGAGTGTCCTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAACCTCCCAGGTGTGGATCCCAACAATGAAGCCATTCGAAATGCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105070 GAACCTCCCAGGTGTGGATCCCAACAATGAAGCCATTCGAAATGCTATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTCCCTGGCCTCCCAGGCCACCAAGGACGGCAAGAAGGACAAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105120 GCTCCCTGGCCTCCCAGGCCACCAAGGACGGCAAGAAGGACAAGAAGGAG

   1200     .    :
   1120 GAAGACAAGAAG
        ||||||||||||
 105170 GAAGACAAGAAG