seq1 = pF1KB6561.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KB6561/gi568815597f_149683996.tfa (gi568815597f:149683996_149891514), 207519 bp

>pF1KB6561 1122
>gi568815597f:149683996_149891514 (Chr1)

1-31  (98749-98779)   100% ->
32-52  (99175-99195)   100% ->
53-307  (100008-100262)   99% ->
308-559  (104371-104622)   100% ->
560-844  (106059-106343)   100% ->
845-1122  (107242-107519)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTTCTTGACAACTCTGCTCCTTTGGG         TTCCAGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  98749 ATGTGGTTCTTGACAACTCTGCTCCTTTGGGGTA...CAGTTCCAGTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGGCAAGTGG         ACACCACAAAGGCAGTGATCACTTTGCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  99185 TGGGCAAGTGGGTG...TAGACACCACAAAGGCAGTGATCACTTTGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTCCATGGGTCAGCGTGTTCCAAGAGGAAACCGTAACCTTGCACTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100038 CTCCATGGGTCAGCGTGTTCCAAGAGGAAACCGTAACCTTGCACTGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGCTCCATCTGCCTGGGAGTAGCTCTACACAGTGGTTTCTCAATGGCAC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100088 GTGCTCCATCTGCCTGGGAGCAGCTCTACACAGTGGTTTCTCAATGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCCACTCAGACCTCGACCCCCAGCTACAGAATCACCTCTGCCAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100138 AGCCACTCAGACCTCGACCCCCAGCTACAGAATCACCTCTGCCAGTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACAGTGGTGAATACAGGTGCCAGAGAGGTCTCTCAGGGCGAAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100188 ATGACAGTGGTGAATACAGGTGCCAGAGAGGTCTCTCAGGGCGAAGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCATACAGCTGGAAATCCACAGAG         GCTGGCTACTACTGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100238 CCCATACAGCTGGAAATCCACAGAGGTA...CAGGCTGGCTACTACTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCTCCAGCAGAGTCTTCACGGAAGGAGAACCTCTGGCCTTGAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104387 GGTCTCCAGCAGAGTCTTCACGGAAGGAGAACCTCTGGCCTTGAGGTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCGTGGAAGGATAAGCTGGTGTACAATGTGCTTTACTATCGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104437 ATGCGTGGAAGGATAAGCTGGTGTACAATGTGCTTTACTATCGAAATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGCCTTTAAGTTTTTCCACTGGAATTCTAACCTCACCATTCTGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104487 AAAGCCTTTAAGTTTTTCCACTGGAATTCTAACCTCACCATTCTGAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACATAAGTCACAATGGCACCTACCATTGCTCAGGCATGGGAAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104537 CAACATAAGTCACAATGGCACCTACCATTGCTCAGGCATGGGAAAGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTACACATCAGCAGGAATATCTGTCACTGTGAAAG         AGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104587 GCTACACATCAGCAGGAATATCTGTCACTGTGAAAGGTA...TAGAGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTCCAGCTCCAGTGCTGAATGCATCTGTGACATCCCCACTCCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106064 TTTCCAGCTCCAGTGCTGAATGCATCTGTGACATCCCCACTCCTGGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATCTGGTCACCCTGAGCTGTGAAACAAAGTTGCTCTTGCAGAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106114 GAATCTGGTCACCCTGAGCTGTGAAACAAAGTTGCTCTTGCAGAGGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTTTGCAGCTTTACTTCTCCTTCTACATGGGCAGCAAGACCCTGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106164 GTTTGCAGCTTTACTTCTCCTTCTACATGGGCAGCAAGACCCTGCGAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGAACACATCCTCTGAATACCAAATACTAACTGCTAGAAGAGAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106214 AGGAACACATCCTCTGAATACCAAATACTAACTGCTAGAAGAGAAGACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGGTTATACTGGTGCGAGGCTGCCACAGAGGATGGAAATGTCCTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106264 TGGGTTATACTGGTGCGAGGCTGCCACAGAGGATGGAAATGTCCTTAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCAGCCCTGAGTTGGAGCTTCAAGTGCTTG         GCCTCCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106314 GCAGCCCTGAGTTGGAGCTTCAAGTGCTTGGTG...CAGGCCTCCAGTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAACTCCTGTCTGGTTTCATGTCCTTTTCTATCTGGCAGTGGGAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107253 CCAACTCCTGTCTGGTTTCATGTCCTTTTCTATCTGGCAGTGGGAATAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTTTTTAGTGAACACTGTTCTCTGGGTGACAATACGTAAAGAACTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107303 GTTTTTAGTGAACACTGTTCTCTGGGTGACAATACGTAAAGAACTGAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAAAGAAAAAGTGGGATTTAGAAATCTCTTTGGATTCTGGTCATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107353 GAAAGAAAAAGTGGGATTTAGAAATCTCTTTGGATTCTGGTCATGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAGGTAATTTCCAGCCTTCAAGAAGACAGACATTTAGAAGAAGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107403 AAGGTAATTTCCAGCCTTCAAGAAGACAGACATTTAGAAGAAGAGCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ATGTCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCTGCAGGAAGGGGTGCACCGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107453 ATGTCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCTGCAGGAAGGGGTGCACCGGAAGG

   1150     .    :    .
   1106 AGCCCCAGGGGGCCACG
        |||||||||||||||||
 107503 AGCCCCAGGGGGCCACG