seq1 = pF1KB6561.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KB6561/gi568815597f_120988647.tfa (gi568815597f:120988647_121196149), 207503 bp

>pF1KB6561 1122
>gi568815597f:120988647_121196149 (Chr1)

1-31  (98749-98779)   100% ->
32-52  (99175-99195)   100% ->
53-307  (100008-100262)   98% ->
308-559  (104350-104604)   97% ->
560-844  (106028-106312)   99% ->
845-1122  (107226-107503)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTTCTTGACAACTCTGCTCCTTTGGG         TTCCAGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  98749 ATGTGGTTCTTGACAACTCTGCTCCTTTGGGGTA...CAGTTCCAGTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGGCAAGTGG         ACACCACAAAGGCAGTGATCACTTTGCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  99185 TGGGCAAGTGGGTG...TAGACACCACAAAGGCAGTGATCACTTTGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTCCATGGGTCAGCGTGTTCCAAGAGGAAACCGTAACCTTGCACTGTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100038 CTCCATGGGTCAGCGTGTTCCAAGAGGAAACCATAACCTTGCACTGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGCTCCATCTGCCTGGGAGTAGCTCTACACAGTGGTTTCTCAATGGCAC
        |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
 100088 GTGCTCCATCTGCCTGGGAGCAGCTCCACACAGTGGTTTCTCAATGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCCACTCAGACCTCGACCCCCAGCTACAGAATCACCTCTGCCAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100138 AGCCACTCAGACCTCGACCCCCAGCTACAGAATCACCTCTGCCAGTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACAGTGGTGAATACAGGTGCCAGAGAGGTCTCTCAGGGCGAAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100188 ATGACAGTGGTGAATACAGGTGCCAGAGAGGTCTCTCAGGGCGAAGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCATACAGCTGGAAATCCACAGAG         GCTGGCTACTACTGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100238 CCCATACAGCTGGAAATCCACAGAGGTA...CAGGCTGGCTACTACTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCTCCAGCAGAGTCTTCACGGAAGGAGAACCTCTGGCCTTGAGGTGTC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 104366 GGTCTCCAGCAGAGTCTTCATGGAAGGAGAACCTCTGGCCTTGAGGTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCGTGGAAGGATAAGCTGGTGTACAATGTGCTTTACTATCGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104416 ATGCGTGGAAGGATAAGCTGGTGTACAATGTGCTTTACTATCGAAATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGCCTTTAAGTTTTTCCACTGGAATTCTAACCTCACCATTCTGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 AAAGCCTTTAAGTTTTTCCACTGGAATTCTAACCTCACCATTCTGAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACATAAGTCACAATGGCACCTACCATTGCTCAGGCATGGGAAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 CAACATAAGTCACAATGGCACCTACCATTGCTCAGGCATGGGAAAGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTACACATCAGCAGGAATATC  TGT CACTGTGAAAG         AG
        ||||||||||||||||||||||--  |-|||||||||||>>>...>>>||
 104566 GCTACACATCAGCAGGAATATCACAATACACTGTGAAAGGTA...TAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562 CTATTTCCAGCTCCAGTGCTGAATGCATCTGTGACATCCCCACTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106030 CTATTTCCAGCTCCAGTGCTGAATGCATCTGTGACATCCCCACTCCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612 GGGGAATCTGGTCACCCTGAGCTGTGAAACAAAGTTGCTCTTGCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106080 GGGGAATCTGGTCACCCTGAGCTGTGAAACAAAGTTGCTCTTGCAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 CTGGTTTGCAGCTTTACTTCTCCTTCTACATGGGCAGCAAGACCCTGCGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106130 CTGGTTTGTAGCTTTACTTCTCCTTCTACATGGGCAGCAAGACCCTGCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 GGCAGGAACACATCCTCTGAATACCAAATACTAACTGCTAGAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106180 GGCAGGAACACATCCTCTGAATACCAAATACTAACTGCTAGAAGAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 CTCTGGGTTATACTGGTGCGAGGCTGCCACAGAGGATGGAAATGTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106230 CTCTGGGTTATACTGGTGCGAGGCTGCCACAGAGGATGGAAATGTCCTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 AGCGCAGCCCTGAGTTGGAGCTTCAAGTGCTTG         GCCTCCAG
        ||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106280 AGCACAGCCCTGAGTTGGAGCTTCAAGTGCTTGGTG...CAGGCCTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853 TTACCAACTCCTGTCTGGTTTCATGTCCTTTTCTATCTGGCAGTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107234 TTACCAACTCCTGTCTGGTTTCATGTCCTTTTCTATCTGGCAGTGGGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 AATGTTTTTAGTGAACACTGTTCTCTGGGTGACAATACGTAAAGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107284 AATGTTTTTAGTGAACACTGTTCTCTGGGTGACAATACGTAAAGAACTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 AAAGAAAGAAAAAGTGGGATTTAGAAATCTCTTTGGATTCTGGTCATGAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107334 AAAGAAAGAAAAAGTGGAATTTAGAAATCTCTTTGGATTCTGGTCATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 AAGAAGGTAATTTCCAGCCTTCAAGAAGACAGACATTTAGAAGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107384 AAGAAGGTAATTTCCAGCCTTCAAGAAGACAGACATTTAGAAGAAGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053 GAAATGTCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCTGCAGGAAGGGGTGCACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107434 GAAATGTCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCTGCAGGAAGGGGTGCACCGGA

   1150     .    :    .    :
   1103 AGGAGCCCCAGGGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||
 107484 AGGAGCCCCAGGGGGCCACG