seq1 = pF1KB6554.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB6554/gi568815578r_383964.tfa (gi568815578r:383964_608551), 224588 bp

>pF1KB6554 1173
>gi568815578r:383964_608551 (Chr20)

(complement)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-213  (103323-103434)   100% ->
214-315  (108618-108719)   100% ->
316-366  (109247-109297)   100% ->
367-426  (110772-110831)   100% ->
427-510  (112750-112833)   100% ->
511-621  (116188-116298)   100% ->
622-723  (118671-118772)   100% ->
724-824  (119774-119874)   100% ->
825-973  (120977-121125)   100% ->
974-1060  (122090-122176)   100% ->
1061-1173  (124476-124588)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGACCCGTGCCAAGCAGGGCCAGAGTTTACACAGATGTTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGACCCGTGCCAAGCAGGGCCAGAGTTTACACAGATGTTAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACAGACCTCGAGAATACTGGGATTACGAGTCACATGTGGTGGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACAGACCTCGAGAATACTGGGATTACGAGTCACATGTGGTGGAATGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         AAATCAAGATGACTACCAGCTGGTTCGAAAATTAGGCCGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...CAGAAATCAAGATGACTACCAGCTGGTTCGAAAATTAGGCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTAAATACAGTGAAGTATTTGAAGCCATCAACATCACAAATAATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103363 GGTAAATACAGTGAAGTATTTGAAGCCATCAACATCACAAATAATGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTGTTGTTAAAATTCTCAAG         CCAGTAAAAAAGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103413 AGTTGTTGTTAAAATTCTCAAGGTG...CAGCCAGTAAAAAAGAAGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAAGCGTGAAATAAAGATTTTGGAGAATTTGAGAGGAGGTCCCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108637 TTAAGCGTGAAATAAAGATTTTGGAGAATTTGAGAGGAGGTCCCAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCACACTGGCAGACATTGTAAAAGACCCTGTG         TCACGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108687 ATCACACTGGCAGACATTGTAAAAGACCCTGTGGTG...TAGTCACGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCCGCCTTGGTTTTTGAACACGTAAACAACACAGACTTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109255 CCCCGCCTTGGTTTTTGAACACGTAAACAACACAGACTTCAAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   CAATTGTACCAGACGTTAACAGACTATGATATTCGATTTTACATGTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110770 AGCAATTGTACCAGACGTTAACAGACTATGATATTCGATTTTACATGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGATTCTGAAG         GCCCTGGATTATTGTCACAGCATGGGAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110820 GAGATTCTGAAGGTA...CAGGCCCTGGATTATTGTCACAGCATGGGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TATGCACAGAGATGTCAAGCCCCATAATGTCATGATTGATCATGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112779 TATGCACAGAGATGTCAAGCCCCATAATGTCATGATTGATCATGAGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAAAG         CTACGACTAATAGACTGGGGTTTGGCTGAGTTTTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112829 GAAAGGTA...CAGCTACGACTAATAGACTGGGGTTTGGCTGAGTTTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATCCTGGCCAAGAATATAATGTCCGAGTTGCTTCCCGATACTTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116224 CATCCTGGCCAAGAATATAATGTCCGAGTTGCTTCCCGATACTTCAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCCTGAGCTACTTGTAGACTATCAG         ATGTACGATTATAGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116274 TCCTGAGCTACTTGTAGACTATCAGGTA...CAGATGTACGATTATAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGATATGTGGAGTTTGGGTTGTATGCTGGCAAGTATGATCTTTCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118687 TGGATATGTGGAGTTTGGGTTGTATGCTGGCAAGTATGATCTTTCGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGCCATTTTTCCATGGACATGACAATTATGATCAG         TTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118737 GAGCCATTTTTCCATGGACATGACAATTATGATCAGGTA...TAGTTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GAGGATAGCCAAGGTTCTGGGGACAGAAGATTTATATGACTATATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119779 GAGGATAGCCAAGGTTCTGGGGACAGAAGATTTATATGACTATATTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AATACAACATTGAATTAGATCCACGTTTCAATGATATCTTGGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119829 AATACAACATTGAATTAGATCCACGTTTCAATGATATCTTGGGCAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    825      ACACTCTCGAAAGCGATGGGAACGCTTTGTCCACAGTGAAAATCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119879 ..CAGACACTCTCGAAAGCGATGGGAACGCTTTGTCCACAGTGAAAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCACCTTGTCAGCCCTGAGGCCTTGGATTTCCTGGACAAACTGCTGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121022 GCACCTTGTCAGCCCTGAGGCCTTGGATTTCCTGGACAAACTGCTGCGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGACCACCAGTCACGGCTTACTGCAAGAGAGGCAATGGAGCACCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121072 ATGACCACCAGTCACGGCTTACTGCAAGAGAGGCAATGGAGCACCCCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCT         ACACTGTTGTGAAGGACCAGGCTCGAATGGGTTCATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121122 TTCTGTG...TAGACACTGTTGTGAAGGACCAGGCTCGAATGGGTTCATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TAGCATGCCAGGGGGCAGTACGCCCGTCAGCAGCGCCAATATGATGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122127 TAGCATGCCAGGGGGCAGTACGCCCGTCAGCAGCGCCAATATGATGTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061          GGATTTCTTCAGTGCCAACCCCTTCACCCCTTGGACCTCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122177 GTC...CAGGGATTTCTTCAGTGCCAACCCCTTCACCCCTTGGACCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GCAGGCTCACCAGTGATTGCTGCTGCCAACCCCCTTGGGATGCCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124517 GCAGGCTCACCAGTGATTGCTGCTGCCAACCCCCTTGGGATGCCTGTTCC

   1250     .    :    .    :
   1152 AGCTGCCGCTGGCGCTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||
 124567 AGCTGCCGCTGGCGCTCAGCAG