seq1 = pF1KB6541.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KB6541/gi568815593r_81328585.tfa (gi568815593r:81328585_81851042), 522458 bp

>pF1KB6541 1083
>gi568815593r:81328585_81851042 (Chr5)

(complement)

63-135  (200704-200776)   100% ->
136-197  (214425-214486)   100% ->
198-280  (235486-235566)   97% ->
281-372  (337326-337415)   97% ->
373-432  (361734-361793)   100% ->
433-499  (376481-376547)   100% ->
500-570  (377273-377343)   100% ->
571-638  (384002-384069)   100% ->
639-687  (389940-389988)   100% ->
688-723  (402218-402253)   100% ->
724-778  (404121-404175)   100% ->
779-849  (408320-408390)   100% ->
850-928  (410407-410485)   98% ->
929-957  (413585-413613)   100% ->
958-1056  (422360-422458)   100% ->
1057-1083  (430510-430536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 GTTAGCACTCTACGTATATGAATATCTGCTCCATGTAGGAGCTCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200704 GTTAGCACTCTACGTATATGAATATCTGCTCCATGTAGGAGCTCAGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 CAGCTCAAACATTTTTATCAGAG         ATAAGATGGGAAAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 200754 CAGCTCAAACATTTTTATCAGAGGTA...TAGATAAGATGGGAAAAAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 ATCACATTGGGGGAACCACCAGGATTCTTACATTCTTGGTGGTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 214443 ATCACATTGGGGGAACCACCAGGATTCTTACATTCTTGGTGGTGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198    TGTATTTTGGGATCTCTACTGTGCAGCTCCAGAGAGACGTGAAACAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235483 TAGTGTATTTTGGGATCTCTACTGTGCAGCTCCAGAGAGACGTGAAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 GTGAACACTCAAGTGAAGCAAAAGCCTTCCATGATT         ACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||-->>>...>>>--|||
 235533 GTGAACACTCAAGTGAAGCAAAAGCCTTCCATGA  TTA...CAG  AGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286 GCTGCAGCAGCTCCCAGTCCAGTGCTAGGAAACATTCCCCCAGGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337329 GCTGCAGCAGCTCCCAGTCCAGTGCTAGGAAACATTCCCCCAGGAGATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 CATGCCAGTAGGTCCTGTACCACCAGGGTTCTTTCAG         CCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 337379 CATGCCAGTAGGTCCTGTACCACCAGGGTTCTTTCAGGTA...TAGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377 TTATGTCACCTCGGTACCCTGGAGGTCCAAGGCCCCCATTGAGGATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361738 TTATGTCACCTCGGTACCCTGGAGGTCCAAGGCCCCCATTGAGGATACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427 AATCAG         GCACTTGGAGGTGTCCCAGGAAGTCAGCCATTACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361788 AATCAGGTA...TAGGCACTTGGAGGTGTCCCAGGAAGTCAGCCATTACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468 CCCCAGTGGAATGGATCCAACTCGACAACAAG         GACATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 376516 CCCCAGTGGAATGGATCCAACTCGACAACAAGGTG...TAGGACATCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509 ATATGGGTGGGCCAATGCAGAGAATGACTCCTCCAAGAGGAATGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 377282 ATATGGGTGGGCCAATGCAGAGAATGACTCCTCCAAGAGGAATGGTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559 TTAGGACCACAG         AACTATGGAGGTGCAATGAGACCCCCACT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 377332 TTAGGACCACAGGTA...CAGAACTATGGAGGTGCAATGAGACCCCCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 GAATGCTTTAGGTGGCCCTGGAATGCCTGGAATGAACAT         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 384031 GAATGCTTTAGGTGGCCCTGGAATGCCTGGAATGAACATGTA...TAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 GTCCAGGTGGTGGTAGACCTTGGCCAAACCCAACAAATGCCAATTCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 389942 GTCCAGGTGGTGGTAGACCTTGGCCAAACCCAACAAATGCCAATTCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688       ATACCATACTCCTCAGCATCTCCTGGGAATTATGTA        
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 389992 ...CAGATACCATACTCCTCAGCATCTCCTGGGAATTATGTAGTA...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724  GGTCCTCCAGGAGGTGGAGGGCCACCAGGAACACCCATCATGCCTAGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404120 GGGTCCTCCAGGAGGTGGAGGGCCACCAGGAACACCCATCATGCCTAGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 CAGCAG         ATTCAACCAACTCTGGTGATAACATGTATACTTTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404170 CAGCAGGTA...CAGATTCAACCAACTCTGGTGATAACATGTATACTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 ATGAATGCAGTACCTCCTGGACCTAACAGACCTAAT         TTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 408355 ATGAATGCAGTACCTCCTGGACCTAACAGACCTAATGTA...TAGTTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 AATGGGCCCTGGGTCAGATGGTCCCATGGGTGGATTAGGAGGAATGGAGT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 410412 AATGGGTCCTGGGTCAGATGGTCCCATGGGTGGATTAGGAGGAATGGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 CACATCACATGAATGGCTCTTTAG         GCTCAGGAGATATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 410462 CACATCACATGAATGGCTCTTTAGGTA...CAGGCTCAGGAGATATGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 AGTATTTCCAAG         AATTCTCCCAATAATATGAGCCTGAGTAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 413602 AGTATTTCCAAGGTG...CAGAATTCTCCCAATAATATGAGCCTGAGTAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 TCAACCGGGCACTCCAAGGGATGATGGCGAAATGGGGGGAAATTTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 422389 TCAACCGGGCACTCCAAGGGATGATGGCGAAATGGGGGGAAATTTCTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 ATCCTTTTCAGAGTGAGAGT         TACTCCCCTAGCATGACAATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 422439 ATCCTTTTCAGAGTGAGAGTGTA...TAGTACTCCCCTAGCATGACAATG

   1150     .
   1078 AGCGTG
        ||||||
 430531 AGCGTG