seq1 = pF1KB6531.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KB6531/gi568815586f_53401409.tfa (gi568815586f:53401409_53606145), 204737 bp

>pF1KB6531 1098
>gi568815586f:53401409_53606145 (Chr12)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-223  (100607-100776)   100% ->
224-326  (101619-101721)   100% ->
327-422  (102305-102400)   100% ->
423-495  (102989-103061)   100% ->
496-613  (103290-103407)   100% ->
614-741  (103727-103854)   100% ->
742-943  (104241-104442)   100% ->
944-1098  (104583-104737)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGAAGAGGAGCAAGGCTCCGGCACTACCACGGGCTGCGGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGAAGAGGAGCAAGGCTCCGGCACTACCACGGGCTGCGGGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAG         TATAGAGCAAATGCTGGCCGCCAACCCAGGCAAGACCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGGTG...CAGTATAGAGCAAATGCTGGCCGCCAACCCAGGCAAGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGATCAGCCTTCTGCAGGAGTATGGGACCAGAATAGGGAAGACGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100645 CGATCAGCCTTCTGCAGGAGTATGGGACCAGAATAGGGAAGACGCCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACGACCTTCTCAAAGCCGAGGGCCAAGCCCACCAGCCTAATTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100695 TACGACCTTCTCAAAGCCGAGGGCCAAGCCCACCAGCCTAATTTCACCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGGTCACCGTTGGCGACACCAGCTGCACTG         GTCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100745 CCGGGTCACCGTTGGCGACACCAGCTGCACTGGTG...CAGGTCAGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGCAAGAAGGCAGCCAAGCACAAGGCAGCTGAGGTGGCCCTCAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101628 CCAGCAAGAAGGCAGCCAAGCACAAGGCAGCTGAGGTGGCCCTCAAACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCAAAGGGGGGAGCATGCTGGAGCCGGCCCTGGAGGACAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101678 CTCAAAGGGGGGAGCATGCTGGAGCCGGCCCTGGAGGACAGCAGGTG...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    TTCTTTTTCTCCCCTAGACTCTTCACTGCCTGAGGACATTCCGGTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102302 AAGTTCTTTTTCTCCCCTAGACTCTTCACTGCCTGAGGACATTCCGGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTACTGCTGCAGCAGCTGCTACCCCAGTTCCATCTGTAGTCCTAACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102352 TTACTGCTGCAGCAGCTGCTACCCCAGTTCCATCTGTAGTCCTAACCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423         GAGCCCCCCCATGGAACTGCAGCCCCCTGTCTCCCCTCAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102402 TA...CAGGAGCCCCCCCATGGAACTGCAGCCCCCTGTCTCCCCTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCTGAGTGCAACCCCGTTGGTGCTCTGCAG         GAGCTGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103031 GTCTGAGTGCAACCCCGTTGGTGCTCTGCAGGTG...AAGGAGCTGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCAGAAAGGCTGGCGGTTGCCGGAGTACACAGTGACCCAGGAGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 TGCAGAAAGGCTGGCGGTTGCCGGAGTACACAGTGACCCAGGAGTCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGCCCACCGCAAAGAATTCACCATGACCTGTCGAGTGGAGCGTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 CCAGCCCACCGCAAAGAATTCACCATGACCTGTCGAGTGGAGCGTTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGATTG         GGAGTGGCACTTCCAAAAAATTGGCAAAGCGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103400 TGAGATTGGTA...CAGGGAGTGGCACTTCCAAAAAATTGGCAAAGCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCGGCGGCCAAAATGCTGCTTCGAGTGCACACGGTGCCTCTGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103760 ATGCGGCGGCCAAAATGCTGCTTCGAGTGCACACGGTGCCTCTGGATGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGGGATGGCAATGAGGTGGAGCCTGATGATGACCACTTCTCCATT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103810 CGGGATGGCAATGAGGTGGAGCCTGATGATGACCACTTCTCCATTGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     GGTGTGGGCTCCCGCCTGGATGGTCTTCGAAACCGGGGCCCAGGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103860 .CAGGGTGTGGGCTCCCGCCTGGATGGTCTTCGAAACCGGGGCCCAGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCACCTGGGATTCTCTACGAAATTCAGTAGGAGAGAAGATCCTGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104287 GCACCTGGGATTCTCTACGAAATTCAGTAGGAGAGAAGATCCTGTCCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGCAGTTGCTCCCTGGGCTCCCTGGGTGCCCTGGGCCCTGCCTGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104337 CGCAGTTGCTCCCTGGGCTCCCTGGGTGCCCTGGGCCCTGCCTGCTGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTCCTCAGTGAGCTCTCTGAGGAGCAGGCCTTTCACGTCAGCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104387 TGTCCTCAGTGAGCTCTCTGAGGAGCAGGCCTTTCACGTCAGCTACCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATATTG         AGGAGCTGAGCCTGAGTGGACTCTGCCAGTGCCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104437 ATATTGGTA...CAGAGGAGCTGAGCCTGAGTGGACTCTGCCAGTGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGAACTGTCCACCCAGCCGGCCACTGTGTGTCATGGCTCTGCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104618 GTGGAACTGTCCACCCAGCCGGCCACTGTGTGTCATGGCTCTGCAACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGGGAGGCAGCCCGTGGTGAGGCTGCCCGCCGTGCCCTGCAGTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 CAGGGAGGCAGCCCGTGGTGAGGCTGCCCGCCGTGCCCTGCAGTACCTCA

   1150     .    :    .    :
   1079 AGATCATGGCAGGCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||
 104718 AGATCATGGCAGGCAGCAAG