seq1 = pF1KB6530.tfa, 837 bp
seq2 = pF1KB6530/gi568815596r_105261286.tfa (gi568815596r:105261286_105486516), 225231 bp

>pF1KB6530 837
>gi568815596r:105261286_105486516 (Chr2)

(complement)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-331  (112784-112958)   100% ->
332-501  (118778-118947)   100% ->
502-688  (123046-123232)   100% ->
689-837  (125083-125231)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGAGCGCTTTGACTGCCACCATTGCAACGAATCTCTCTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGAGCGCTTTGACTGCCACCATTGCAACGAATCTCTCTTTGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGTACATCCTGCGGGAGGAGAGCCCCTACTGCGTGGTGTGCTTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGTACATCCTGCGGGAGGAGAGCCCCTACTGCGTGGTGTGCTTTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGTTCGCCAACACCTGCGAGGAGTGTGGGAAGCCCATCGGCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGTTCGCCAACACCTGCGAGGAGTGTGGGAAGCCCATCGGCTGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCAAG         GACTTGTCTTACAAGGACCGGCACTGGCATGAAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCAAGGTA...CAGGACTTGTCTTACAAGGACCGGCACTGGCATGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTTTCCACTGCTCGCAGTGCAGAAACTCACTGGTGGACAAGCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112819 CTGTTTCCACTGCTCGCAGTGCAGAAACTCACTGGTGGACAAGCCCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCCAAGGAGGACCAGCTGCTCTGTACAGACTGCTATTCCAACGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112869 CTGCCAAGGAGGACCAGCTGCTCTGTACAGACTGCTATTCCAACGAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCATCCAAGTGCCAGGAATGCAAGAAGACCATCATGCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112919 TCATCCAAGTGCCAGGAATGCAAGAAGACCATCATGCCAGGTC...CAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACCCGCAAGATGGAGTACAAGGGCAGCAGCTGGCATGAGACCTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118779 TACCCGCAAGATGGAGTACAAGGGCAGCAGCTGGCATGAGACCTGCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTGCCACCGCTGCCAGCAGCCAATTGGAACCAAGAGTTTCATCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118829 TCTGCCACCGCTGCCAGCAGCCAATTGGAACCAAGAGTTTCATCCCCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACAATCAGAATTTCTGTGTGCCCTGCTATGAGAAACAACATGCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118879 GACAATCAGAATTTCTGTGTGCCCTGCTATGAGAAACAACATGCCATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTGCGTTCAGTGCAAAAAG         CCCATCACCACGGGAGGGGTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118929 GTGCGTTCAGTGCAAAAAGGTA...CAGCCCATCACCACGGGAGGGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTACCGGGAGCAGCCCTGGCACAAGGAGTGCTTCGTGTGCACCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123068 CTTACCGGGAGCAGCCCTGGCACAAGGAGTGCTTCGTGTGCACCGCCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGAAGCAGCTGTCTGGGCAGCGCTTCACAGCTCGCGATGACTTTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123118 AGGAAGCAGCTGTCTGGGCAGCGCTTCACAGCTCGCGATGACTTTGCCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGCCTGAACTGCTTCTGTGACTTGTATGCCAAGAAGTGTGCTGGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123168 CTGCCTGAACTGCTTCTGTGACTTGTATGCCAAGAAGTGTGCTGGGTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAACCCCATCAGCG         GACTTGGTGGCACAAAATACATCTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123218 CCAACCCCATCAGCGGTG...CAGGACTTGGTGGCACAAAATACATCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGAGGAACGGCAGTGGCATAACGACTGCTTTAACTGTAAGAAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125109 TTTGAGGAACGGCAGTGGCATAACGACTGCTTTAACTGTAAGAAGTGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTCTCACTGGTGGGGCGTGGCTTCCTCACAGAGAGGGACGACATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125159 CCTCTCACTGGTGGGGCGTGGCTTCCTCACAGAGAGGGACGACATCCTGT

    850     .    :    .    :
    815 GCCCCGACTGTGGGAAAGACATC
        |||||||||||||||||||||||
 125209 GCCCCGACTGTGGGAAAGACATC