seq1 = pF1KB6526.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB6526/gi568815575f_70169841.tfa (gi568815575f:70169841_70380818), 210978 bp

>pF1KB6526 1077
>gi568815575f:70169841_70380818 (ChrX)

9-39  (99822-99852)   100% ->
40-100  (100003-100063)   100% ->
101-145  (100260-100304)   97% ->
146-345  (106242-106441)   100% ->
346-405  (106593-106652)   100% ->
406-473  (106829-106896)   100% ->
474-609  (107554-107689)   100% ->
610-694  (107876-107960)   100% ->
695-767  (108226-108298)   100% ->
768-905  (108664-108801)   100% ->
906-989  (110355-110438)   100% ->
990-1013  (110719-110742)   100% ->
1014-1066  (110926-110978)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 GGTGTTTAAGAAGACCAGCTCCAATGGGAAG         CTCTCCATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99822 GGTGTTTAAGAAGACCAGCTCCAATGGGAAGGTG...CAGCTCTCCATCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ACCTGGGGAAACGGGACTTCGTGGACCATGTGGACACGGTGGAACCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 ACCTGGGGAAACGGGACTTCGTGGACCATGTGGACACGGTGGAACCCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 G         ACGGTGTTGTCCTGGTTGATCCTGAGTACTTTAAATGTCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100063 GGTC...CAGACGGTGTTGTCCTGGTTGATCCTGAGTACTTAAAATGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 AAAGT         TGTTTGTCATGTTGACATGTGCCTTTCGCTATGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 AAAGTGTA...CAGTGTTTGTCATGTTGACATGTGCCTTTCGCTATGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 GTGATGACTTGGAAGTGATTGGTCTGACGTTCCGAAAAGATCTGTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106278 GTGATGACTTGGAAGTGATTGGTCTGACGTTCCGAAAAGATCTGTATGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 CAGACCCTGCAAGTGGTCCCAGCTGAATCCAGCAGCCCTCAGGGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106328 CAGACCCTGCAAGTGGTCCCAGCTGAATCCAGCAGCCCTCAGGGGCCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CACAGTCCTACAGGAGCGACTACTGCACAAGCTAGGGGACAATGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106378 CACAGTCCTACAGGAGCGACTACTGCACAAGCTAGGGGACAATGCCTACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 CCTTTACCCTGCAG         ATGGTGACCAACCTGCCCTGTTCTGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106428 CCTTTACCCTGCAGGTA...TAGATGGTGACCAACCTGCCCTGTTCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 ACACTGCAGCCAGGTCCTGAAGATGCAGGAAAG         CCCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106620 ACACTGCAGCCAGGTCCTGAAGATGCAGGAAAGGTG...CAGCCCTGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 GATTGACTTTGAAGTGAAGAGTTTCTGTGCTGAAAACCCAGAGGAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106837 GATTGACTTTGAAGTGAAGAGTTTCTGTGCTGAAAACCCAGAGGAGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 TCTCCAAGAG         AGACTATGTGCGGCTGGTTGTCCGGAAAGTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106887 TCTCCAAGAGGTA...CAGAGACTATGTGCGGCTGGTTGTCCGGAAAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 CAATTTGCACCACCGGAGGCAGGCCCTGGCCCCTCAGCCCAGACCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107585 CAATTTGCACCACCGGAGGCAGGCCCTGGCCCCTCAGCCCAGACCATCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 CCGCTTCCTTCTGTCAGCTCAGCCCCTACAACTCCAGGCCTGGATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 CCGCTTCCTTCTGTCAGCTCAGCCCCTACAACTCCAGGCCTGGATGGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 GGGAG         GTTCACTACCACGGAGAACCCATCTCTGTCAATGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 GGGAGGTT...TAGGTTCACTACCACGGAGAACCCATCTCTGTCAATGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 TCTATCAACAACTGCACCAACAAGGTCATCAAAAAAATCAAGATTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107912 TCTATCAACAACTGCACCAACAAGGTCATCAAAAAAATCAAGATTTCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695         TTGACCAGATCACAGATGTTGTCCTGTATTCACTAGACAAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107962 TG...CAGTTGACCAGATCACAGATGTTGTCCTGTATTCACTAGACAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 ACACCAAGACTGTGTTCATTCAGGAATTCAC         GGAGACTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108268 ACACCAAGACTGTGTTCATTCAGGAATTCACGTG...TAGGGAGACTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 GCTGCTAATTCCAGCTTCTCCCAGAGCTTTGCAGTAACCCCAATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108674 GCTGCTAATTCCAGCTTCTCCCAGAGCTTTGCAGTAACCCCAATCCTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 TGCCAGCTGCCAGAAACGGGGCCTGGCACTGGATGGCAAACTTAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108724 TGCCAGCTGCCAGAAACGGGGCCTGGCACTGGATGGCAAACTTAAGCATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 AAGATACCAACCTGGCCTCTAGCACAAT         TATTAGACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108774 AAGATACCAACCTGGCCTCTAGCACAATGTA...CAGTATTAGACCGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 ATGGACAAAGAGCTGCTGGGGATCCTGGTGTCCTACAAAGTCAGAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110368 ATGGACAAAGAGCTGCTGGGGATCCTGGTGTCCTACAAAGTCAGAGTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 CCTGATGGTGTCCTGTGGTGG         CATCCTAGGAGACCTGACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110418 CCTGATGGTGTCCTGTGGTGGGTA...CAGCATCCTAGGAGACCTGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 CCAG         CGATGTTGGTGTGGAGCTACCCTTGGTCCTGATCCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110739 CCAGGTG...CAGCGATGTTGGTGTGGAGCTACCCTTGGTCCTGATCCAT

   1150     .    :    .
   1051 CCGAAGCCATCTCATG
        ||||||||||||||||
 110963 CCGAAGCCATCTCATG