seq1 = pF1KB6517.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KB6517/gi568815588f_88889469.tfa (gi568815588f:88889469_89114447), 224979 bp

>pF1KB6517 1086
>gi568815588f:88889469_89114447 (Chr10)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-277  (113561-113726)   100% ->
278-415  (118232-118369)   100% ->
416-524  (119421-119529)   100% ->
525-586  (121071-121132)   100% ->
587-649  (121285-121347)   100% ->
650-732  (122531-122613)   98% ->
733-757  (123875-123899)   100% ->
758-1086  (124651-124979)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCAGAGTGTGTGCACAAGGCTGGCACGCCCAGGGTCTTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCAGAGTGTGTGCACAAGGCTGGCACGCCCAGGGTCTTCCTCATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTAACAGTCTACTGAAAGGTGGAACAGAGACAAGCCTATCAACACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTAACAGTCTACTGAAAGGTGGAACAGAGACAAGCCTATCAACACCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGACTGGTG         GTTCTTACGTCTGTTGCTAGATTATCGTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAGACTGGTGGTA...CAGGTTCTTACGTCTGTTGCTAGATTATCGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAGTGTTAATGCCCAAGTGACTGACATCAACTCCAAGGGATTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113591 AAAAGTGTTAATGCCCAAGTGACTGACATCAACTCCAAGGGATTGGAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGAAGACTGTTACTACAGTTGAGACTCAGAACTTGGAAGGCCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113641 GAGGAAGACTGTTACTACAGTTGAGACTCAGAACTTGGAAGGCCTGCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGATGGCCAATTCTGCCATAAGCCCTGTCCTCCAG         GTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113691 ATGATGGCCAATTCTGCCATAAGCCCTGTCCTCCAGGTA...CAGGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGAAAGCTAGGGACTGCACAGTCAATGGGGATGAACCAGACTGCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118237 AGGAAAGCTAGGGACTGCACAGTCAATGGGGATGAACCAGACTGCGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCCAAGAAGGGAAGGAGTACACAGACAAAGCCCATTTTTCTTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118287 CTGCCAAGAAGGGAAGGAGTACACAGACAAAGCCCATTTTTCTTCCAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGAAGATGTAGATTGTGTGATGAAGGACATG         GCTTAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118337 GCAGAAGATGTAGATTGTGTGATGAAGGACATGGTA...TAGGCTTAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGAAATAAACTGCACCCGGACCCAGAATACCAAGTGCAGATGTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119429 GTGGAAATAAACTGCACCCGGACCCAGAATACCAAGTGCAGATGTAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAACTTTTTTTGTAACTCTACTGTATGTGAACACTGTGACCCTTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119479 AAACTTTTTTTGTAACTCTACTGTATGTGAACACTGTGACCCTTGCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 A         ATGTGAACATGGAATCATCAAGGAATGCACACTCACCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119529 AGTA...TAGATGTGAACATGGAATCATCAAGGAATGCACACTCACCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACACCAAGTGCAAAGAGGAAG         GATCCAGATCTAACTTGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121111 AACACCAAGTGCAAAGAGGAAGGTA...CAGGATCCAGATCTAACTTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGGCTTTGTCTTCTTCTTTTGCCAATTCCACTAATTGTTTGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121304 GTGGCTTTGTCTTCTTCTTTTGCCAATTCCACTAATTGTTTGGGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650    TGAAGAGAAAGGAAGTACAGAAAACATGCAGAAAGCACAGAAAGGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122528 CAGTGAAGAGAAAGGAAGTACAGAAAACATGCAGAAAGCACAGAAAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACCAAGGTTCTCATGAATCTCCAACCTTAAATCCT         GAAAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||
 122578 AACCAAGGTTCTCATGAATCTCCAACTTTAAATCCTGTA...TAGGAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGTGGCAATAAATTTATCTG         ATGTTGACTTGAGTAAATATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 123880 AGTGGCAATAAATTTATCTGGTA...CAGATGTTGACTTGAGTAAATATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCACCACTATTGCTGGAGTCATGACACTAAGTCAAGTTAAAGGCTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124672 TCACCACTATTGCTGGAGTCATGACACTAAGTCAAGTTAAAGGCTTTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGAAAGAATGGTGTCAATGAAGCCAAAATAGATGAGATCAAGAATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124722 CGAAAGAATGGTGTCAATGAAGCCAAAATAGATGAGATCAAGAATGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTCCAAGACACAGCAGAACAGAAAGTTCAACTGCTTCGTAATTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124772 TGTCCAAGACACAGCAGAACAGAAAGTTCAACTGCTTCGTAATTGGCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AACTTCATGGAAAGAAAGAAGCGTATGACACATTGATTAAAGATCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124822 AACTTCATGGAAAGAAAGAAGCGTATGACACATTGATTAAAGATCTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAGCCAATCTTTGTACTCTTGCAGAGAAAATTCAGACTATCATCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124872 AAAGCCAATCTTTGTACTCTTGCAGAGAAAATTCAGACTATCATCCTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGACATTACTAGTGACTCAGAAAATTCAAACTTCAGAAATGAAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124922 GGACATTACTAGTGACTCAGAAAATTCAAACTTCAGAAATGAAATCCAAA

   1150     .
   1079 GCTTGGTC
        ||||||||
 124972 GCTTGGTC