seq1 = pF1KB6516.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KB6516/gi568815597r_169601568.tfa (gi568815597r:169601568_169811537), 209970 bp

>pF1KB6516 1155
>gi568815597r:169601568_169811537 (Chr1)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-124  (101021-101102)   100% ->
125-511  (102735-103121)   99% ->
512-619  (104089-104196)   100% ->
620-805  (106785-106970)   100% ->
806-991  (108098-108283)   100% ->
992-1120  (109850-109978)   100% ->
1121-1139  (114985-115003)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGCAGAAGAACTAGAGAAGGACCAAGCAAAGCCATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGGCTGCAGAAGAACTAGAGAAGGACCAAGCAAAGCCATGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  ATATTTCCATGGAAATGTCAGAGCACCCAGAGGGACTTATGGAACATCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101020 GATATTTCCATGGAAATGTCAGAGCACCCAGAGGGACTTATGGAACATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAAGTTGTGGGGGTGGACAATGCTCTGTTGTG         ATTTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101070 TCAAGTTGTGGGGGTGGACAATGCTCTGTTGTGGTA...CAGATTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCACATCATGGAACCGACTGCTGGACTTACCATTATTCTGAAAAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102743 GCACATCATGGAACCGACTGCTGGACTTACCATTATTCTGAAAAACCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACTGGCAAAGGGCTAGAAGATTCTGCCGAGACAATTACACAGATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102793 GAACTGGCAAAGGGCTAGAAGATTCTGCCGAGACAATTACACAGATTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCCATACAAAACAAGGCGGAAATTGAGTATCTGGAGAAGACTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102843 TTGCCATACAAAACAAGGCGGAAATTGAGTATCTGGAGAAGACTCTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCAGTCGTTCTTACTACTGGATAGGAATCCGGAAGATAGGAGGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102893 TTCAGTCGTTCTTACTACTGGATAGGAATCCGGAAGATAGGAGGAATATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACGTGGGTGGGAACCAACAAATCTCTCACTGAAGAAGCAGAGAACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 102943 GACGTGGGTGGGAACCAACAAATCTCTTACTGAAGAAGCAGAGAACTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGATGGTGAGCCCAACAACAAGAAGAACAAGGAGGACTGCGTGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102993 GAGATGGTGAGCCCAACAACAAGAAGAACAAGGAGGACTGCGTGGAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATATCAAGAGAAACAAAGATGCAGGCAAATGGAACGATGACGCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103043 TATATCAAGAGAAACAAAGATGCAGGCAAATGGAACGATGACGCCTGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAACTAAAGGCAGCCCTCTGTTACACAG         CTTCTTGCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103093 CAAACTAAAGGCAGCCCTCTGTTACACAGGTA...AAGCTTCTTGCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTGGTCATGCAGTGGCCATGGAGAATGTGTAGAAATCATCAATAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104101 CCTGGTCATGCAGTGGCCATGGAGAATGTGTAGAAATCATCAATAATTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCTGCAACTGTGATGTGGGGTACTATGGGCCCCAGTGTCAGTTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104151 ACCTGCAACTGTGATGTGGGGTACTATGGGCCCCAGTGTCAGTTTGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620      TGATTCAGTGTGAGCCTTTGGAGGCCCCAGAGCTGGGTACCATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104201 ..AAGTGATTCAGTGTGAGCCTTTGGAGGCCCCAGAGCTGGGTACCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTGTACTCACCCTTTGGGAAACTTCAGCTTCAGCTCACAGTGTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106830 ACTGTACTCACCCTTTGGGAAACTTCAGCTTCAGCTCACAGTGTGCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCTGCTCTGAAGGAACAAACTTAACTGGGATTGAAGAAACCACCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106880 AGCTGCTCTGAAGGAACAAACTTAACTGGGATTGAAGAAACCACCTGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACCATTTGGAAACTGGTCATCTCCAGAACCAACCTGTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106930 ACCATTTGGAAACTGGTCATCTCCAGAACCAACCTGTCAAGGTG...AAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGATTCAGTGTGAGCCTCTATCAGCACCAGATTTGGGGATCATGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108098 TGATTCAGTGTGAGCCTCTATCAGCACCAGATTTGGGGATCATGAACTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGCCATCCCCTGGCCAGCTTCAGCTTTACCTCTGCATGTACCTTCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108148 AGCCATCCCCTGGCCAGCTTCAGCTTTACCTCTGCATGTACCTTCATCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCAGAAGGAACTGAGTTAATTGGGAAGAAGAAAACCATTTGTGAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108198 CTCAGAAGGAACTGAGTTAATTGGGAAGAAGAAAACCATTTGTGAATCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGGAATCTGGTCAAATCCTAGTCCAATATGTCAAA         AATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108248 CTGGAATCTGGTCAAATCCTAGTCCAATATGTCAAAGTG...CAGAATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACAAAAGTTTCTCAATGATTAAGGAGGGTGATTATAACCCCCTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109855 GACAAAAGTTTCTCAATGATTAAGGAGGGTGATTATAACCCCCTCTTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCAGTGGCAGTCATGGTTACTGCATTCTCTGGGTTGGCATTTATCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109905 TCCAGTGGCAGTCATGGTTACTGCATTCTCTGGGTTGGCATTTATCATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGCTGGCAAGGAGATTAAAAAAAG         GCAAGAAATCCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109955 GGCTGGCAAGGAGATTAAAAAAAGGTA...CAGGCAAGAAATCCAAGAGA

   1200 
   1138 AG
        ||
 115002 AG