seq1 = pF1KB6510.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB6510/gi568815597f_46240827.tfa (gi568815597f:46240827_46461843), 221017 bp

>pF1KB6510 1152
>gi568815597f:46240827_46461843 (Chr1)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-437  (103975-104318)   100% ->
438-592  (106095-106249)   100% ->
593-753  (112042-112202)   100% ->
754-878  (119878-120002)   100% ->
879-1152  (120744-121017)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCTGACACTGAGGGGTGTCCGGGAGCTGCTGAAGCGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCGCTGACACTGAGGGGTGTCCGGGAGCTGCTGAAGCGTGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCGCGACGGTCCCGCGGAGACATCGATATAAGAAGAAATGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 CCTCGCGACGGTCCCGCGGAGACATCGATATAAGAAGAAATGGGTA...T

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GCTGCCACAGAGCCCAAATTCCCTGCTGTTCGACTGGCTTTGCAGAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 AGGCTGCCACAGAGCCCAAATTCCCTGCTGTTCGACTGGCTTTGCAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGACATGACTTACAGTGTGCAGTTTGGAGATCTTTGGCCATCAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 TTTGACATGACTTACAGTGTGCAGTTTGGAGATCTTTGGCCATCAATCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCAGTCTCCTCTCAGAGCAGAAGTATGGTGCACTGGTCAATAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 TGTCAGTCTCCTCTCAGAGCAGAAGTATGGTGCACTGGTCAATAACTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCCTGGGATCATGTAAGTGCTAAGCTGGAGCAGCTGAGTGCCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 CTGCCTGGGATCATGTAAGTGCTAAGCTGGAGCAGCTGAGTGCCAAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGTGAATGAAGCCATCTCCCACTGGGAACTGCAGTCTGAGGGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 TTTGTGAATGAAGCCATCTCCCACTGGGAACTGCAGTCTGAGGGTGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATCTGCAGCCCCATCCCCTGCCTCCTGGGCCTGCAGTCCGAACCTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 ATCTGCAGCCCCATCCCCTGCCTCCTGGGCCTGCAGTCCGAACCTTCGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTCACTTTTGACAGAGGGGATATCAGTCGCTTCCCTCCTGCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104273 GCTTCACTTTTGACAGAGGGGATATCAGTCGCTTCCCTCCTGCCAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438      ACCTGGCAGCCTGGGTGTCATGGAGTACTACCTGATGGATGCTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104323 ..CAGACCTGGCAGCCTGGGTGTCATGGAGTACTACCTGATGGATGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCTTGCTGCCTGTTCTGGCCCTCGGCCTGCAGCCTGGGGACATCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106140 CTCCTTGCTGCCTGTTCTGGCCCTCGGCCTGCAGCCTGGGGACATCGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGACCTATGTGCAGCTCCTGGGGGAAAGACACTAGCGTTGCTTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106190 TTGACCTATGTGCAGCTCCTGGGGGAAAGACACTAGCGTTGCTTCAGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGCTGTTGCC         GCAATCTTGCTGCCAATGATCTCTCCCCGTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106240 GGCTGTTGCCGTA...TAGGCAATCTTGCTGCCAATGATCTCTCCCCGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCGAATAGCCAGACTACAGAAGATCCTTCACAGCTATGTGCCTGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112073 CCGAATAGCCAGACTACAGAAGATCCTTCACAGCTATGTGCCTGAAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAGGGATGGAAATCAAGTTCGAGTTACCTCATGGGATGGCAGGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112123 TCAGGGATGGAAATCAAGTTCGAGTTACCTCATGGGATGGCAGGAAATGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAGAACTGGAGGGGGACACCTATGACCGG         GTGCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112173 GGAGAACTGGAGGGGGACACCTATGACCGGGTG...TAGGTGCTGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTGCCCTGTACCACAGACCGCCACTCCCTTCATGAGGAGGAGAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119889 TGTGCCCTGTACCACAGACCGCCACTCCCTTCATGAGGAGGAGAACAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTTTAAGCGGTCAAGGAAGAAGGAGCGACAGATATTGCCTGTGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119939 TCTTTAAGCGGTCAAGGAAGAAGGAGCGACAGATATTGCCTGTGCTGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGCAGCTTCTTGC         GGCTGGACTCCTTGCCACCAAACCAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119989 GTGCAGCTTCTTGCGTG...CAGGGCTGGACTCCTTGCCACCAAACCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGGCCATGTTGTCTATTCTACCTGCTCACTCTCACACTTACAGAACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120771 AGGCCATGTTGTCTATTCTACCTGCTCACTCTCACACTTACAGAACGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATGTGGTGCAAGGTGCCATTGAGCTCCTGGCCAATCAATACAGCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120821 ATGTGGTGCAAGGTGCCATTGAGCTCCTGGCCAATCAATACAGCATCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTACAGGTGGAAGATCTGACTCACTTCCGAAGGGTTTTCATGGACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120871 GTACAGGTGGAAGATCTGACTCACTTCCGAAGGGTTTTCATGGACACATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTGTTTCTTCTCATCCTGTCAGGTTGGGGAGCTGGTAATACCAAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120921 TTGTTTCTTCTCATCCTGTCAGGTTGGGGAGCTGGTAATACCAAACCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1106 TGGCCAATTTTGGCCCCATGTACTTCTGCAAAATGCGTAGGCTGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120971 TGGCCAATTTTGGCCCCATGTACTTCTGCAAAATGCGTAGGCTGACA