seq1 = pF1KB6502.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB6502/gi568815586r_89249257.tfa (gi568815586r:89249257_89452039), 202783 bp

>pF1KB6502 1143
>gi568815586r:89249257_89452039 (Chr12)

(complement)

1-400  (100001-100400)   99% ->
401-838  (101015-101452)   100% ->
839-1143  (102479-102783)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAGATACGCTCAGACCCGTGCCCTTCGCGTCGGAAATGGCGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATAGATACGCTCAGACCCGTGCCCTTCGCGTCGGAAATGGCGATCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGACGGTGGCGTGGCTCAACGAGCAGCTGGAGCTGGGCAACGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGACGGTGGCGTGGCTCAACGAGCAGCTGGAGCTGGGCAACGAGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGATGGACTGCCGGCCGCAGGAGCTATACGAGTCGTCGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGATGGACTGCCGGCCGCAGGAGCTATACGAGTCGTCGCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTCGGCCATCAACGTGGCCATCCCGGGCATCATGCTGCGGCGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGTCGGCCATCAACGTGGCCATCCCGGGCATCATGCTGCGGCGCCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGGGTAACCTGCCGGTGCGCGCGCTCTTCACGCGCGGCGAGGACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGGTAACCTGCCGGTGCGCGCGCTCTTCACGCGCGGCGAGGACCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCGCTTCACCCGGCGCTGTGGCACCGACACAGTGGTGCTCTACGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCGCTTCACCCGGCGCTGTGGCACCGACACAGTGGTGCTCTACGACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAGCAGCGACTGGAACGAGAATACGGGCGGCGAGTCGTTGCTCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100301 AGCAGCAGCGACTGGAACGAGAATACGGGCGGCGAGTCGGTGCTCGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCTCAAGAAGCTCAAGGACGAGGGCTGCCGGGCGTTCTACCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGCTCAAGAAGCTCAAGGACGAGGGCTGCCGGGCGTTCTACCTGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401          GTGGCTTCAGTAAGTTCCAAGCCGAGTTCTCCCTGCATTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTA...CAGGTGGCTTCAGTAAGTTCCAAGCCGAGTTCTCCCTGCATTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGACCAATCTAGACGGCTCGTGTAGCAGCAGCTCGCCGCCGTTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 GAGACCAATCTAGACGGCTCGTGTAGCAGCAGCTCGCCGCCGTTGCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGGGGCTCGGGGGCCTGCGGATCAGCTCTGACTCTTCCTCGGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 GCTGGGGCTCGGGGGCCTGCGGATCAGCTCTGACTCTTCCTCGGACATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTCTGACCTTGACCGAGACCCCAATAGTGCAACAGACTCGGATGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 AGTCTGACCTTGACCGAGACCCCAATAGTGCAACAGACTCGGATGGTAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCGCTGTCCAACAGCCAGCCTTCCTTCCCAGTGGAGATCTTGCCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 CCGCTGTCCAACAGCCAGCCTTCCTTCCCAGTGGAGATCTTGCCCTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTACTTGGGCTGTGCCAAAGACTCCACCAACTTGGACGTGTTGGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101256 CTACTTGGGCTGTGCCAAAGACTCCACCAACTTGGACGTGTTGGAGGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGGCATCAAGTACATCTTGAACGTCACCCCCAATTTGCCGAATCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 TCGGCATCAAGTACATCTTGAACGTCACCCCCAATTTGCCGAATCTCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGAACGCAGGAGAGTTTAAATACAAGCAAATCCCCATCTCGGATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 GAGAACGCAGGAGAGTTTAAATACAAGCAAATCCCCATCTCGGATCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAGCCAAAACCTGTCCCAGTTTTTCCCTGAGGCCATTTCTTTCATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101406 GAGCCAAAACCTGTCCCAGTTTTTCCCTGAGGCCATTTCTTTCATAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839       ATGAAGCCCGGGGCAAGAACTGTGGTGTCTTGGTACATTGCTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101456 ...CAGATGAAGCCCGGGGCAAGAACTGTGGTGTCTTGGTACATTGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTGGCATTAGCCGCTCAGTCACTGTGACTGTGGCTTACCTTATGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102523 GCTGGCATTAGCCGCTCAGTCACTGTGACTGTGGCTTACCTTATGCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCTCAATCTGTCGATGAACGATGCCTATGACATTGTCAAAATGAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102573 GCTCAATCTGTCGATGAACGATGCCTATGACATTGTCAAAATGAAAAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCAACATATCCCCTAACTTCAACTTCATGGGTCAGCTGCTGGACTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102623 CCAACATATCCCCTAACTTCAACTTCATGGGTCAGCTGCTGGACTTCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGGACGCTGGGACTCAGCAGCCCATGTGACAACAGGGTTCCAGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 AGGACGCTGGGACTCAGCAGCCCATGTGACAACAGGGTTCCAGCACAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCTGTATTTTACCACCCCTTCCAACCAGAATGTATACCAGGTGGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102723 GCTGTATTTTACCACCCCTTCCAACCAGAATGTATACCAGGTGGACTCTC

   1150     .    :
   1133 TGCAATCTACG
        |||||||||||
 102773 TGCAATCTACG