seq1 = pF1KB6496.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KB6496/gi568815595f_186470898.tfa (gi568815595f:186470898_186685405), 214508 bp

>pF1KB6496 1074
>gi568815595f:186470898_186685405 (Chr3)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-225  (101198-101354)   100% ->
226-323  (104943-105040)   100% ->
324-456  (106771-106903)   100% ->
457-599  (110474-110616)   100% ->
600-682  (111098-111180)   100% ->
683-740  (111819-111876)   100% ->
741-852  (112968-113079)   99% ->
853-1012  (113533-113692)   100% ->
1013-1074  (114447-114508)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCGCAGAACCTGAGCACCTTTTGCCTGTTGCTGCTATACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCGCAGAACCTGAGCACCTTTTGCCTGTTGCTGCTATACCTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGCGGTGATTGCCGG         ACGAGATTTCTATAAGATCTTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGCGGTGATTGCCGGGTG...CAGACGAGATTTCTATAAGATCTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGTGCCTCGAAGTGCCTCTATAAAGGATATTAAAAAGGCCTATAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101221 GGGTGCCTCGAAGTGCCTCTATAAAGGATATTAAAAAGGCCTATAGGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAGCCCTGCAGCTTCATCCCGACCGGAACCCTGATGATCCACAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 CTAGCCCTGCAGCTTCATCCCGACCGGAACCCTGATGATCCACAAGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGAAATTCCAGGATCTGGGTGCTGCTTATGAG         GTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101321 GGAGAAATTCCAGGATCTGGGTGCTGCTTATGAGGTG...CAGGTTCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATAGTGAGAAACGGAAACAGTACGATACTTATGGTGAAGAAGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104950 CAGATAGTGAGAAACGGAAACAGTACGATACTTATGGTGAAGAAGGATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGATGGTCATCAGAGCTCCCATGGAGACATTTTTTCACA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105000 AAAGATGGTCATCAGAGCTCCCATGGAGACATTTTTTCACAGTG...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCTTTGGGGATTTTGGTTTCATGTTTGGAGGAACCCCTCGTCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106771 CTTCTTTGGGGATTTTGGTTTCATGTTTGGAGGAACCCCTCGTCAGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGAAATATTCCAAGAGGAAGTGATATTATTGTAGATCTAGAAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106821 ACAGAAATATTCCAAGAGGAAGTGATATTATTGTAGATCTAGAAGTCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGAAGAAGTATATGCAGGAAATTTTGTGGAA         GTAGTTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106871 TTGGAAGAAGTATATGCAGGAAATTTTGTGGAAGTA...TAGGTAGTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAACAAACCTGTGGCAAGGCAGGCTCCTGGCAAACGGAAGTGCAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110482 AAACAAACCTGTGGCAAGGCAGGCTCCTGGCAAACGGAAGTGCAATTGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGCAAGAGATGCGGACCACCCAGCTGGGCCCTGGGCGCTTCCAAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110532 GGCAAGAGATGCGGACCACCCAGCTGGGCCCTGGGCGCTTCCAAATGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGAGGTGGTCTGCGACGAATGCCCTAATGTCAA         ACTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110582 CAGGAGGTGGTCTGCGACGAATGCCCTAATGTCAAGTA...CAGACTAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAATGAAGAACGAACGCTGGAAGTAGAAATAGAGCCTGGGGTGAGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111104 GAATGAAGAACGAACGCTGGAAGTAGAAATAGAGCCTGGGGTGAGAGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCATGGAGTACCCCTTTATTGGAGAAG         GTGAGCCTCACGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111154 GCATGGAGTACCCCTTTATTGGAGAAGGTG...TAGGTGAGCCTCACGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATGGGGAGCCTGGAGATTTACGGTTCCGAATCAAAGTTGTCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111833 GATGGGGAGCCTGGAGATTTACGGTTCCGAATCAAAGTTGTCAAGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741    GCACCCAATATTTGAAAGGAGAGGAGATGATTTGTACACAAATGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112965 TAGGCACCCAATATTTGAAAGGAGAGGAGATGATTTGTACACAAATGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGTCTCATTAGTTGAGTCACTGGTTGGCTTTGAGATGGATATTACTCAC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113015 CAATCTCATTAGTTGAGTCACTGGTTGGCTTTGAGATGGATATTACTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTGGATGGTCACAAG         GTACATATTTCCCGGGATAAGATCAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113065 TTGGATGGTCACAAGGTA...TAGGTACATATTTCCCGGGATAAGATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGGCCAGGAGCGAAGCTATGGAAGAAAGGGGAAGGGCTCCCCAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113559 CAGGCCAGGAGCGAAGCTATGGAAGAAAGGGGAAGGGCTCCCCAACTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAACAACAATATCAAGGGCTCTTTGATAATCACTTTTGATGTGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113609 ACAACAACAATATCAAGGGCTCTTTGATAATCACTTTTGATGTGGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCAAAAGAACAGTTAACAGAGGAAGCGAGAGAAG         GTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113659 CCAAAAGAACAGTTAACAGAGGAAGCGAGAGAAGGTA...CAGGTATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACAGCTACTGAAACAAGGGTCAGTGCAGAAGGTATACAATGGACTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114454 ACAGCTACTGAAACAAGGGTCAGTGCAGAAGGTATACAATGGACTGCAAG

   1150     .
   1070 GATAT
        |||||
 114504 GATAT