seq1 = pF1KB6490.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KB6490/gi568815581f_42800877.tfa (gi568815581f:42800877_43011423), 210547 bp

>pF1KB6490 1071
>gi568815581f:42800877_43011423 (Chr17)

1-230  (100001-100230)   100% ->
231-340  (103055-103164)   100% ->
341-446  (106647-106752)   100% ->
447-562  (108427-108542)   100% ->
563-1071  (110039-110547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAAGGAATGAATGTTCTCCATGACTTTGGGATCCAGTCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAAGGAATGAATGTTCTCCATGACTTTGGGATCCAGTCAACACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTACCTCCAGGTGAATTACCAAGACTCCCAGGACTGGTTCATCTTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTACCTCCAGGTGAATTACCAAGACTCCCAGGACTGGTTCATCTTGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGATCGCAGACCTCAGGAATGCCTTCTACGTCCTCTTCCCCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGATCGCAGACCTCAGGAATGCCTTCTACGTCCTCTTCCCCATCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCATCTTCAGGAAGCTGTGGGCATTAAACTCCTTTGGGTAGCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCATCTTCAGGAAGCTGTGGGCATTAAACTCCTTTGGGTAGCTGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGAGACTGGCTCAACCTCGTCTTTAAGTG         GATTCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100201 TGGAGACTGGCTCAACCTCGTCTTTAAGTGGTA...TAGGATTCTCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACAGCGTCCATACTGGTGGGTTTTGGATACTGACTACTACAGCAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103066 GACAGCGTCCATACTGGTGGGTTTTGGATACTGACTACTACAGCAACACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCGTGCCCCTGATAAAGCAGTTCCCTGTAACCTGTGAGACTGGACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103116 TCCGTGCCCCTGATAAAGCAGTTCCCTGTAACCTGTGAGACTGGACCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341         GGAGCCCCTCTGGCCATGCCATGGGCACAGCAGGTGTATACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103166 TA...TAGGGAGCCCCTCTGGCCATGCCATGGGCACAGCAGGTGTATACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTGATGGTCACATCTACTCTTTCCATCTTTCAGGGAAAGATAAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 ACGTGATGGTCACATCTACTCTTTCCATCTTTCAGGGAAAGATAAAGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCTACAGATTTCG         GTGCTTGAATGTCATTTTGTGGTTGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106739 ACCTACAGATTTCGGTA...CAGGTGCTTGAATGTCATTTTGTGGTTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTCTGGGCTGTGCAGCTGAATGTCTGTCTGTCACGAATCTACCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108454 ATTCTGGGCTGTGCAGCTGAATGTCTGTCTGTCACGAATCTACCTTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCATTTTCCTCATCAAGTTGTTGCTGGAGTCCTGTCAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108504 CTCATTTTCCTCATCAAGTTGTTGCTGGAGTCCTGTCAGGTA...CAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGCTGTTGCAGAAACTTTCAGCCACATCCACAGCATCTATAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110041 ATTGCTGTTGCAGAAACTTTCAGCCACATCCACAGCATCTATAATGCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTCAAGAAATATTTTCTCATTACCTTCTTCCTGTTCAGCTTCGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110091 CCTCAAGAAATATTTTCTCATTACCTTCTTCCTGTTCAGCTTCGCCATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GATTTTATCTGCTGCTCAAGGGACTGGGTGTAGACCTCCTGTGGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110141 GATTTTATCTGCTGCTCAAGGGACTGGGTGTAGACCTCCTGTGGACTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGAAAGCCCAGAGGTGGTGCGAGCAGCCAGAATGGGTCCACATTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110191 GAGAAAGCCCAGAGGTGGTGCGAGCAGCCAGAATGGGTCCACATTGACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACACCCTTTGCCAGCCTCCTCAAGAACCTGGGCACGCTCTTTGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110241 CACACCCTTTGCCAGCCTCCTCAAGAACCTGGGCACGCTCTTTGGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGCTGGCTCTCAACTCCAGCATGTACAGGGAGAGCTGCAAGGGGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110291 GGCTGGCTCTCAACTCCAGCATGTACAGGGAGAGCTGCAAGGGGAAACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCAAGTGGCTCCCATTCCGCCTCAGCTCTATTGTAGCCTCCCTCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110341 AGCAAGTGGCTCCCATTCCGCCTCAGCTCTATTGTAGCCTCCCTCGTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTGCACGTCTTTGACTCCTTGAAACCCCCATCCCAAGTCGAGCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110391 CCTGCACGTCTTTGACTCCTTGAAACCCCCATCCCAAGTCGAGCTGGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCTACGTCTTGTCCTTCTGCAAGAGTGCGGTAGTGCCCCTGGCATCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110441 TCTACGTCTTGTCCTTCTGCAAGAGTGCGGTAGTGCCCCTGGCATCCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AGTGTCATCCCCTACTGCCTCGCCCAGGTCCTGGGCCAGCCGCACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110491 AGTGTCATCCCCTACTGCCTCGCCCAGGTCCTGGGCCAGCCGCACAAGAA

   1100     .
   1065 GTCGTTG
        |||||||
 110541 GTCGTTG