seq1 = pF1KB6488.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KB6488/gi568815590f_119316533.tfa (gi568815590f:119316533_119523129), 206597 bp

>pF1KB6488 1071
>gi568815590f:119316533_119523129 (Chr8)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-310  (100212-100437)   99% ->
311-562  (101526-101777)   100% ->
563-777  (102599-102813)   100% ->
778-1071  (106304-106597)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGTGTGCAGAGCACGAGCTTTTGTCTCCGAAAGCAGTGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGTGTGCAGAGCACGAGCTTTTGTCTCCGAAAGCAGTGCCTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGACCTTCCTGCTTCTCCATCTCCTGGGACAG         GTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CCTGACCTTCCTGCTTCTCCATCTCCTGGGACAGGTA...CAGGTCGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGACTCAGCGCTGCCCTCCCCAGTGCCCGGGCCAGTGCCCTGCGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100219 CGACTCAGCGCTGCCCTCCCCAGTGCCCGGGCCGGTGCCCTGCGACGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGACCTGCGCCCCCGGGGTGCGCGCGGTGCTGGACGGCTGCTCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 CCGACCTGCGCCCCCGGGGTGCGCGCGGTGCTGGACGGCTGCTCATGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGGTGTGTGCCCGCCAGCGTGGCGAGAGCTGCTCAGATCTGGAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 TCTGGTGTGTGCCCGCCAGCGTGGCGAGAGCTGCTCAGATCTGGAGCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGACGAGAGCAGTGGCCTCTACTGTGATCGCAGCGCGGACCCCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 GCGACGAGAGCAGTGGCCTCTACTGTGATCGCAGCGCGGACCCCAGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGACTGGCATCTGCACGG         CGGTAGAGGGAGATAACTGTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100419 CAGACTGGCATCTGCACGGGTA...TAGCGGTAGAGGGAGATAACTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTCGATGGGGTCATCTACCGCAGTGGAGAGAAATTTCAGCCAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 GTTCGATGGGGTCATCTACCGCAGTGGAGAGAAATTTCAGCCAAGCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATTCCAGTGCACCTGCAGAGATGGGCAGATTGGCTGTGTGCCCCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 AATTCCAGTGCACCTGCAGAGATGGGCAGATTGGCTGTGTGCCCCGCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCTGGATGTGCTACTGCCTGAGCCTAACTGCCCAGCTCCAAGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101648 CAGCTGGATGTGCTACTGCCTGAGCCTAACTGCCCAGCTCCAAGAAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAGGTGCCTGGAGAGTGCTGTGAAAAGTGGATCTGTGGCCCAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101698 TGAGGTGCCTGGAGAGTGCTGTGAAAAGTGGATCTGTGGCCCAGATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGATTCACTGGGAGGCCTTACCCTTGCAG         CTTACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101748 AGGATTCACTGGGAGGCCTTACCCTTGCAGGTG...TAGCTTACAGGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGCCACCCTAGGAGTAGAAGTCTCTGACTCAAGTGTCAACTGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102610 GAAGCCACCCTAGGAGTAGAAGTCTCTGACTCAAGTGTCAACTGCATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACAGACCACAGAGTGGACAGCATGCTCCAAGAGCTGTGGTATGGGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102660 ACAGACCACAGAGTGGACAGCATGCTCCAAGAGCTGTGGTATGGGGTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCACCCGGGTCACCAATAGGAACCGTCAATGTGAGATGCTGAAACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102710 CCACCCGGGTCACCAATAGGAACCGTCAATGTGAGATGCTGAAACAGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGGCTCTGCATGGTGCGGCCCTGTGAACAAGAGCCAGAGCAGCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102760 CGGCTCTGCATGGTGCGGCCCTGTGAACAAGAGCCAGAGCAGCCAACAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TAAG         AAAGGAAAAAAGTGTCTCCGCACCAAGAAGTCACTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102810 TAAGGTA...TAGAAAGGAAAAAAGTGTCTCCGCACCAAGAAGTCACTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGCCATCCACCTGCAGTTCAAGAACTGCACCAGCCTGCACACCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 AAGCCATCCACCTGCAGTTCAAGAACTGCACCAGCCTGCACACCTACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCAGGTTCTGTGGGGTCTGCAGTGATGGCCGCTGCTGCACTCCCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 CCCAGGTTCTGTGGGGTCTGCAGTGATGGCCGCTGCTGCACTCCCCACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TACCAAAACCATCCAGGCAGAGTTTCAGTGCTCCCCAGGGCAAATAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106441 TACCAAAACCATCCAGGCAGAGTTTCAGTGCTCCCCAGGGCAAATAGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAAGCCAGTGATGGTCATTGGGACCTGCACCTGTCACACCAACTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106491 AGAAGCCAGTGATGGTCATTGGGACCTGCACCTGTCACACCAACTGTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGAACAATGAGGCCTTCCTCCAGGAGCTGGAGCTGAAGACTACCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106541 AAGAACAATGAGGCCTTCCTCCAGGAGCTGGAGCTGAAGACTACCAGAGG

   1100     .
   1065 GAAAATG
        |||||||
 106591 GAAAATG