seq1 = pF1KB6485.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB6485/gi568815581r_35000956.tfa (gi568815581r:35000956_35219613), 218658 bp

>pF1KB6485 984
>gi568815581r:35000956_35219613 (Chr17)

(complement)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-144  (100442-100503)   100% ->
145-263  (100995-101113)   100% ->
264-345  (112167-112248)   100% ->
346-480  (112492-112626)   100% ->
481-576  (113133-113228)   100% ->
577-667  (116070-116160)   100% ->
668-738  (116290-116360)   100% ->
739-903  (118249-118413)   100% ->
904-984  (118578-118658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGTGCTCAGGGTCGGACTGTGCCCTGGCCTTACCGAGGAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGTGCTCAGGGTCGGACTGTGCCCTGGCCTTACCGAGGAGATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCTTCTCAGGAGCCACAGGATCAAGACAG         TGGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 CCAGCTTCTCAGGAGCCACAGGATCAAGACAGGTG...CAGTGGTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTTTCTGCAGACCTGGAAGAGGTAGCTCAGAAATGTGGCTTGTCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGTTTCTGCAGACCTGGAAGAGGTAGCTCAGAAATGTGGCTTGTCTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAG         GCCCTGGTTGCCCTGAGGCGGGTGCTGCTGGCTCAGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAGGTG...CAGGCCCTGGTTGCCCTGAGGCGGGTGCTGCTGGCTCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCGGCTTTCCCCGTGAATGGCGCTGATCTCTACGAGGAACTGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101033 CTCGGCTTTCCCCGTGAATGGCGCTGATCTCTACGAGGAACTGAAGACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCACTGCCATCCTGTCCACTGGCATTGGCAG         TCTTGATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101083 CCACTGCCATCCTGTCCACTGGCATTGGCAGGTT...CAGTCTTGATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCTTGATGCTGGTCTCTATACTGGAGAAGTGACTGAAATTGTAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112177 CTGCTTGATGCTGGTCTCTATACTGGAGAAGTGACTGAAATTGTAGGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCAGGTAGCGGCAAAACTCAG         GTATGTCTCTGTATGGCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112227 CCCAGGTAGCGGCAAAACTCAGGTA...CAGGTATGTCTCTGTATGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAATGTGGCCCATGGCCTGCAGCAAAACGTCCTATATGTAGATTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112511 CAAATGTGGCCCATGGCCTGCAGCAAAACGTCCTATATGTAGATTCCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGAGGGCTGACAGCTTCCCGCCTCCTCCAGCTGCTTCAGGCTAAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112561 GGAGGGCTGACAGCTTCCCGCCTCCTCCAGCTGCTTCAGGCTAAAACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATGAGGAGGAACAG         GCAGAAGCTCTCCGGAGGATCCAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112611 GGATGAGGAGGAACAGGTA...CAGGCAGAAGCTCTCCGGAGGATCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGTGCATGCATTTGACATCTTCCAGATGCTGGATGTGCTGCAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113158 TGGTGCATGCATTTGACATCTTCCAGATGCTGGATGTGCTGCAGGAGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGAGGCACTGTGGCCCAGCAG         GTGACTGGTTCTTCAGGAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113208 CGAGGCACTGTGGCCCAGCAGGTG...CAGGTGACTGGTTCTTCAGGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGAAGGTGGTGGTTGTGGACTCGGTCACTGCGGTGGTTTCCCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116090 TGTGAAGGTGGTGGTTGTGGACTCGGTCACTGCGGTGGTTTCCCCACTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGGAGGTCAGCAGAGGGAAG         GCTTGGCCTTGATGATGCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116140 TGGGAGGTCAGCAGAGGGAAGGTG...CAGGCTTGGCCTTGATGATGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTGGCCCGAGAGCTGAAGACCCTGGCCCGGGACCTTGGCATGGCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116310 CTGGCCCGAGAGCTGAAGACCCTGGCCCGGGACCTTGGCATGGCAGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 G         GTGACCAACCACATAACTCGAGACAGGGACAGCGGGAGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116360 GGTG...CAGGTGACCAACCACATAACTCGAGACAGGGACAGCGGGAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCAAACCTGCCCTCGGACGCTCCTGGAGCTTTGTGCCCAGCACTCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118289 TCAAACCTGCCCTCGGACGCTCCTGGAGCTTTGTGCCCAGCACTCGGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCCTGGACACCATCGAGGGAGCAGGAGCATCAGGCGGCCGGCGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118339 CTCCTGGACACCATCGAGGGAGCAGGAGCATCAGGCGGCCGGCGCATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTGTCTGGCCAAATCTTCCCGACAG         CCAACAGGTTTCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118389 GTGTCTGGCCAAATCTTCCCGACAGGTG...CAGCCAACAGGTTTCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGATGGTAGACATTGGGACCTGGGGGACCTCAGAGCAGAGTGCCACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118594 AGATGGTAGACATTGGGACCTGGGGGACCTCAGAGCAGAGTGCCACATTA

   1050     .    :    .
    970 CAGGGTGATCAGACA
        |||||||||||||||
 118644 CAGGGTGATCAGACA