seq1 = pF1KB6466.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB6466/gi568815596r_91647943.tfa (gi568815596r:91647943_91848933), 200991 bp

>pF1KB6466 1056
>gi568815596r:91647943_91848933 (Chr2)

(complement)

1-1056  (99945-100991)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGAGGCAGGAAGATGTCCAAGCCCCGCGCGGTGGAGGCGGCGGC
          ||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||------|||
  99945 CGGGCTGCAGGCAAGAAGATGTCCAAGCCCCGCGCGCTGGA      GGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCGGCGGCGGTGGCAGCGACGGCCCCGGGCCCGGAGATGGTGGAGC
        ||||||||||||---|||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  99989 GGCGGCGGCGGC   GGCAGCGACGGCCCCGGGCCTGGAGATGGTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAGGGGCCCGGGGAGGCCCCGCACCGACGGGGAGAACGTATTTACCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
 100036 GGAGGGGCCCGGGGAGGCCCCGCACCGATGGGGAGAGCGTATTTACCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTCAAAGATCTATTCCTACATGAGCCCGAACAAATGCTCTGGAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100086 CAGTCAAAGATCTATTCCTACATGAGCCCGAACAAATGCTCTGGAATGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCCCCCTTCAGGAAGAGAACTCAGTTACACATCACGAAGTCAAATGCC
        |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100136 TTTCCCCCTTCAAGAAGAGAACTCGGTTACACATCACGAAGTCAAATGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGGAAACCATTAGCCGGAATCTACAGGAAACGAGAAGAGAAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100186 AGGGGAAACCATTAGCCGGAATCTACAGGAAACGAGAAGAGAAAAGAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGGGAACGCAGTACGGAGCGCCATGAAGTCCGAGGAACAGAAGATCAA
         ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||
 100236 ACTGGGAACGCAGTACAGAGCGCCATGAAGTCCAAGAAACAGAAGATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGACGCCAGGAAAGGTCCCCTGGTACCTTTTCCAAACCAAAAATCTGAAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100286 AGACGCCAGGAGAGGTCCCCTGGTACCTTTTCCAAACCAAAAATCTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCAGAACCTCCAAAAACTCCACCCTCATCTTGTGATTCCACCAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100336 CAGCAGAACCTCCAAAAACTCCACCCTCATCTTGTGATTCCACCAATGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCATCGCCAAGCAAGCCCTGAAAAAGCCCATCAAGGGCAAACAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100386 GCCATCGCCAAGCAAGCCCTGAAAAAGCCCATCAAGGGCAAACAGGCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGAAAAAAAGCTCAAGGAAAAACGCAACAGAATCGCAAACTTACGGATT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
 100436 CCGAAAAAAAGCTCAAGGAAAAACACAACAGAATCACAAACTTACGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTACCCTGTCCGAAGGAGCTCCAGGAAGAGCAAAGCCGAGCTGCAGTCT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100486 TCTACCCTGTCCGAAGGAGATCCAGGAAGAGCAAAGCCGAGCTGCAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAGAAAGGAAAAGAATAGATGAATTGATTGAAAGTGGGAAGGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100536 GAAGAAAGGAAAAGAATAGATGAATTGATTGAAAGTGGGAAGGAAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGAAGATTGACCTCATCGATGGCAAAGGCAGGGGTGTGATTGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100586 AATGAAGATTGACCTCATCGATGGCAAAGGCAGGGGTGTGATTGCCACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCAGTTCTCCCGGGGTGACTTTGTGGTGGAATACCACGGGGACCTCATC
        |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100636 AGCATTTCTCCCGGGGTGCCTTTGTGGTGGAATACCACGGGGACCTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGATCACCGACGCCAAGAAACGGGAGGCTCTGTACGCACAGGACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100686 GAGATCACCGACGCCAAGAAACGGGAGGCTCTGTATGCACAGGACCCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACGGGCTGCTACATGTACTATTTTCAGTATCTGAGCAAAACCTACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100736 CACGGGCTGCTACATGTACTATTTTCAGTATCTGAGCAAAACCTACTGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGATGCAACTAGAGAGACAAATCGCCTAGGAAGACTGATCAATCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
 100786 TGGATGCAACTAGAGAGACAAATCGCCCAGGAAGACCGATCAATCACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAATGTGGGAACTGCCAAACCAAACTGCACGACATCGACGGCGTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100836 AAATGTGGGAACTGCCAAACCAAACTGCACGACATCGACGGCGTACCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCATCCTCATCGCCTCCCGAGACATCGCGGCTGGGGAGGAGCTCCTGT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100886 CCTCATCCTCATCGCCTCCCAAGACATCGCGGCTGGGGAGGAGCTCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGACTATGGGGACCGCAGCAAGGCTTCCATTGAAGCCCACCCGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 ATGACTATGGGGACCGCAGCAAGGCTTCCATTGAAGCCCACCCGTGGCTG

   1050     .
   1051 AAGCAT
        ||||||
 100986 AAGCAT