seq1 = pF1KB6466.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB6466/gi568815586f_123289487.tfa (gi568815586f:123289487_123507700), 218214 bp

>pF1KB6466 1056
>gi568815586f:123289487_123507700 (Chr12)

5-132  (99941-100068)   98% ->
133-289  (101144-101300)   100% ->
290-509  (105561-105780)   100% ->
510-597  (106859-106946)   100% ->
598-657  (114087-114146)   100% ->
658-848  (115398-115588)   100% ->
849-1056  (118007-118214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      5 CTAGAGGCAGGAAGATGTCCAAGCCCCGCGCGGTGGAGGCGGCGGCGGCG
        ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99941 CTCCAGGCAGGAAGATGTCCAAGCCCCGCGCGGTGGAGGCGGCGGCGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     55 GCGGCGGCGGTGGCAGCGACGGCCCCGGGCCCGGAGATGGTGGAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99991 GCGGCGGCGGTGGCAGCGACGGCCCCGGGCCCGGAGATGGTGGAGCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 GGGCCCGGGGAGGCCCCGCACCGACGGG         GAGAACGTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100041 GGGCCCGGGGAGGCCCCGCACCGACGGGGTA...TAGGAGAACGTATTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146 CCGGGCAGTCAAAGATCTATTCCTACATGAGCCCGAACAAATGCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101157 CCGGGCAGTCAAAGATCTATTCCTACATGAGCCCGAACAAATGCTCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196 ATGCGTTTCCCCCTTCAGGAAGAGAACTCAGTTACACATCACGAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101207 ATGCGTTTCCCCCTTCAGGAAGAGAACTCAGTTACACATCACGAAGTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 ATGCCAGGGGAAACCATTAGCCGGAATCTACAGGAAACGAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101257 ATGCCAGGGGAAACCATTAGCCGGAATCTACAGGAAACGAGAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290    AGAAAAGAAATGCTGGGAACGCAGTACGGAGCGCCATGAAGTCCGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105558 CAGAGAAAAGAAATGCTGGGAACGCAGTACGGAGCGCCATGAAGTCCGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 GAACAGAAGATCAAAGACGCCAGGAAAGGTCCCCTGGTACCTTTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105608 GAACAGAAGATCAAAGACGCCAGGAAAGGTCCCCTGGTACCTTTTCCAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 CCAAAAATCTGAAGCAGCAGAACCTCCAAAAACTCCACCCTCATCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105658 CCAAAAATCTGAAGCAGCAGAACCTCCAAAAACTCCACCCTCATCTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 ATTCCACCAATGCAGCCATCGCCAAGCAAGCCCTGAAAAAGCCCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105708 ATTCCACCAATGCAGCCATCGCCAAGCAAGCCCTGAAAAAGCCCATCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487 GGCAAACAGGCCCCCCGAAAAAA         AGCTCAAGGAAAAACGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105758 GGCAAACAGGCCCCCCGAAAAAAGTA...CAGAGCTCAAGGAAAAACGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 ACAGAATCGCAAACTTACGGATTTCTACCCTGTCCGAAGGAGCTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106877 ACAGAATCGCAAACTTACGGATTTCTACCCTGTCCGAAGGAGCTCCAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578 AGAGCAAAGCCGAGCTGCAG         TCTGAAGAAAGGAAAAGAATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106927 AGAGCAAAGCCGAGCTGCAGGTA...CAGTCTGAAGAAAGGAAAAGAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619 GATGAATTGATTGAAAGTGGGAAGGAAGAAGGAATGAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114108 GATGAATTGATTGAAAGTGGGAAGGAAGAAGGAATGAAGGTA...CAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660 TGACCTCATCGATGGCAAAGGCAGGGGTGTGATTGCCACCAAGCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115400 TGACCTCATCGATGGCAAAGGCAGGGGTGTGATTGCCACCAAGCAGTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710 CCCGGGGTGACTTTGTGGTGGAATACCACGGGGACCTCATCGAGATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115450 CCCGGGGTGACTTTGTGGTGGAATACCACGGGGACCTCATCGAGATCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760 GACGCCAAGAAACGGGAGGCTCTGTACGCACAGGACCCTTCCACGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115500 GACGCCAAGAAACGGGAGGCTCTGTACGCACAGGACCCTTCCACGGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    810 CTACATGTACTATTTTCAGTATCTGAGCAAAACCTACTG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115550 CTACATGTACTATTTTCAGTATCTGAGCAAAACCTACTGGTG...CAGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGATGCAACTAGAGAGACAAATCGCCTAGGAAGACTGATCAATCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118009 TGGATGCAACTAGAGAGACAAATCGCCTAGGAAGACTGATCAATCACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAATGTGGGAACTGCCAAACCAAACTGCACGACATCGACGGCGTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118059 AAATGTGGGAACTGCCAAACCAAACTGCACGACATCGACGGCGTACCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCATCCTCATCGCCTCCCGAGACATCGCGGCTGGGGAGGAGCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118109 CCTCATCCTCATCGCCTCCCGAGACATCGCGGCTGGGGAGGAGCTCCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGACTATGGGGACCGCAGCAAGGCTTCCATTGAAGCCCACCCGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118159 ATGACTATGGGGACCGCAGCAAGGCTTCCATTGAAGCCCACCCGTGGCTG

   1100     .
   1051 AAGCAT
        ||||||
 118209 AAGCAT