seq1 = pF1KB6466.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB6466/gi568815585f_18197741.tfa (gi568815585f:18197741_18398730), 200990 bp

>pF1KB6466 1056
>gi568815585f:18197741_18398730 (Chr13)

1-1056  (99943-100990)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGAGGCAGGAAGATGTCCAAGCCCCGCGCGGTGGAGGCGGCGGC
          ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||------|||
  99943 CGGGCTGCAGGCGGGAAGATGTCCAAGCCCTGCGCGGTGGA      GGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCGGCGGCGGTGGCAGCGACGGCCCCGGGCCCGGAGATGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99987 GGCGGCGGCGGCGGTGGCAGCGACGGCCCCGGGCCCGGAGATGGTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAGGGGCCCGGGGAGGCCCCGCACCGACGGGGAGAACGTATTTACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100037 GGAGGGGCCCGGGGAGGCCCCGCACCGACGGGGAGAACGTATTTACCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTCAAAGATCTATTCCTACATGAGCCCGAACAAATGCTCTGGAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100087 CAGTCAAAGATCTATTCCTACATGAGCCCGAACAAATGCTCTGGAATGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTCCCCCTTCAGGAAGAGAACTCAGTTACACATCACGAAGTCAAATGCC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100137 TTTCCCCCTTCAGGAAGATAACTCAGTTACACATCACGAAGTCAAATGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGGAAACCATTAGCCGGAATCTACAGGAAACGAGAAGAGAAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100187 AGGGGAAACCATTAGCCGGAATCTACAGGAAACGAGAAGAGAAAAGAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGGGAACGCAGTACGGAGCGCCATGAAGTCCGAGGAACAGAAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100237 GCTGGGAACGCAGTACGGAGCGCCATGAAGTCCGAGGAACAGAAGATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGACGCCAGGAAAGGTCCCCTGGTACCTTTTCCAAACCAAAAATCTGAAG
        ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100287 AGACGCCAGGAGACGTCCCCTGGTACCTTTTCCAAACCAAAAATCTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCAGAACCTCCAAAAACTCCACCCTCATCTTGTGATTCCACCAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100337 CAGCAGAACCTCCAAAAACTCCACCCTCATCTTGTGATTCCACCAATGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCATCGCCAAGCAAGCCCTGAAAAAGCCCATCAAGGGCAAACAGGCCCC
        |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||
 100387 GCCATCGCCAAGCCGGCCCTGAAAAAGCCCATCAAGGGCAAACAGCACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGAAAAAAAGCTCAAGGAAAAACGCAACAGAATCGCAAACTTACGGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|||||||
 100437 CCGAAAAAAAGCTCAAGGAAAAACGCAACAGAATCGCAAAC  ACGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTACCCTGTCCGAAGGAGCTCCAGGAAGAGCAAAGCCGAGCTGCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100485 TCTACCCTGTCCGAAGGAGCTCCAGGAAGAGCAAAGCCGAGCTGCAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAGAAAGGAAAAGAATAGATGAATTGATTGAAAGTGGGAAGGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100535 GAAGAAAGGAAAAGAATAGATGAATTGATTGAAAGTGGGAAGGAAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGAAGATTGACCTCATCGATGGCAAAGGCAGGGGTGTGATTGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100585 AATGAAGATTGACCTCATCGATGGCAAAGGCAGGGGTGTGATTGCCACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCAGTTCTCCCGGGGTGACTTTGTGGTGGAATACCACGGGGACCTCATC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 AGCAGTTCTCCCGGGGTGCCTTTGTGGTGGAATACCACGGGGACCTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGATCACCGACGCCAAGAAACGGGAGGCTCTGTACGCACAGGACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100685 GAGATCACCGACGCCAAGAAACGGGAGGCTCTGTACGCACAGGACCCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACGGGCTGCTACATGTACTATTTTCAGTATCTGAGCAAAACCTACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100735 CACGGGCTGCTACATGTACTATTTTCAGTATCTGAGCAAAACCTACTGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGATGCAACTAGAGAGACAAATCGCCTAGGAAGACTGATCAATCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100785 TGGATGCAACTAGAGAGACAAATCGCCTAGGAAGACTGATCAATCACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAATGTGGGAACTGCCAAACCAAACTGCACGACATCGACGGCGTACCTCA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100835 AAACGTGGGAACTGCCAAACCAAACTGCACGACATCGACGGCGTACCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCATCCTCATCGCCTCCCGAGACATCGCGGCTGGGGAGGAGCTCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100885 CCTCATCCTCATCGCCTCCCGAGACATCGCGGCTGGGGAGGAGCCCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGACTATGGGGACCGCAGCAAGGCTTCCATTGAAGCCCACCCGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100935 ATGACTATGGGGACCGCAGCAAGGCTTCCATTGAAGCCCACCCATGGCTG

   1050     .
   1051 AAGCAT
        ||||||
 100985 AAGCAT