seq1 = pF1KB6464.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB6464/gi568815589r_113960923.tfa (gi568815589r:113960923_114178209), 217287 bp

>pF1KB6464 1056
>gi568815589r:113960923_114178209 (Chr9)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-260  (101470-101612)   100% ->
261-337  (103174-103250)   100% ->
338-454  (104058-104174)   100% ->
455-556  (105184-105285)   100% ->
557-603  (108465-108511)   100% ->
604-685  (115452-115533)   100% ->
686-853  (116619-116786)   100% ->
854-1027  (117112-117285)   100% ->
1028-1056  (117940-117968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAGCCTCGGGGCCCTGCTCTTGCTGCTGAGCGCCTGCCTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAGCCTCGGGGCCCTGCTCTTGCTGCTGAGCGCCTGCCTGGCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGCTGGCCCTGTGCCAACGCCGCCCGACAACATCCAAGTGCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGCTGGCCCTGTGCCAACGCCGCCCGACAACATCCAAGTGCAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCAATATCTCTCGG         ATCTATGGGAAGTGGTACAACCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCAATATCTCTCGGGTA...TAGATCTATGGGAAGTGGTACAACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCATCGGTTCCACCTGCCCCTGGCTGAAGAAGATCATGGACAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101494 GCCATCGGTTCCACCTGCCCCTGGCTGAAGAAGATCATGGACAGGATGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGAGCACGCTGGTGCTGGGAGAGGGCGCTACAGAGGCGGAGATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101544 AGTGAGCACGCTGGTGCTGGGAGAGGGCGCTACAGAGGCGGAGATCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACCAGCACTCGTTGGCG         GAAAGGTGTCTGTGAGGAGACG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101594 TGACCAGCACTCGTTGGCGGTG...TAGGAAAGGTGTCTGTGAGGAGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGGAGCTTATGAGAAAACAGATACTGATGGGAAGTTTCTCTATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103196 TCTGGAGCTTATGAGAAAACAGATACTGATGGGAAGTTTCTCTATCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCCA         AATGGAACATAACCATGGAGTCCTATGTGGTCCACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103246 ATCCAGTA...CAGAATGGAACATAACCATGGAGTCCTATGTGGTCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAACTATGATGAGTATGCCATTTTCCTGACCAAGAAATTCAGCCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104094 CCAACTATGATGAGTATGCCATTTTCCTGACCAAGAAATTCAGCCGCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGGACCCACCATTACTGCCAAGCTCTACG         GGCGGGCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104144 CATGGACCCACCATTACTGCCAAGCTCTACGGTA...CAGGGCGGGCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGCTGAGGGAAACTCTCCTGCAGGACTTCAGAGTGGTTGCCCAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105194 GCAGCTGAGGGAAACTCTCCTGCAGGACTTCAGAGTGGTTGCCCAGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGCATCCCTGAGGACTCCATCTTCACCATGGCTGACCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105244 TGGGCATCCCTGAGGACTCCATCTTCACCATGGCTGACCGAGGTA...TA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  GTGAATGTGTCCCTGGGGAGCAGGAACCAGAGCCCATCTTAATCCCG  
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108464 GGTGAATGTGTCCCTGGGGAGCAGGAACCAGAGCCCATCTTAATCCCGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        AGAGTCCGGAGGGCTGTGCTACCCCAAGAAGAGGAAGGATCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108514 G...CAGAGAGTCCGGAGGGCTGTGCTACCCCAAGAAGAGGAAGGATCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGGTGGGCAACTGGTAACTGAAGTCACCAAGAAAGAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115495 GGGGTGGGCAACTGGTAACTGAAGTCACCAAGAAAGAAGGTA...TAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCCTGCCAGCTGGGCTACTCGGCCGGTCCCTGCATGGGAATGACCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116621 TCCTGCCAGCTGGGCTACTCGGCCGGTCCCTGCATGGGAATGACCAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTATTTCTATAATGGTACATCCATGGCCTGTGAGACTTTCCAGTACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116671 GTATTTCTATAATGGTACATCCATGGCCTGTGAGACTTTCCAGTACGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCTGCATGGGCAACGGTAACAACTTCGTCACAGAAAAGGAGTGTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116721 GCTGCATGGGCAACGGTAACAACTTCGTCACAGAAAAGGAGTGTCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCTGCCGAACTGTGG         CGGCCTGCAATCTCCCCATAGTCCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116771 ACCTGCCGAACTGTGGGTG...CAGCGGCCTGCAATCTCCCCATAGTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGCCCCTGCCGAGCCTTCATCCAGCTCTGGGCATTTGATGCTGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117137 GGGCCCCTGCCGAGCCTTCATCCAGCTCTGGGCATTTGATGCTGTCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGAAGTGCGTCCTCTTCCCCTACGGGGGCTGCCAGGGCAACGGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117187 GGAAGTGCGTCCTCTTCCCCTACGGGGGCTGCCAGGGCAACGGGAACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTCTACTCAGAGAAGGAGTGCAGAGAGTACTGCGGTGTCCCTGGTGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117237 TTCTACTCAGAGAAGGAGTGCAGAGAGTACTGCGGTGTCCCTGGTGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1028         GTGATGAGGAGCTGCTGCGCTTCTCCAAC
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117287 TA...CAGGTGATGAGGAGCTGCTGCGCTTCTCCAAC