seq1 = pF1KB6463.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KB6463/gi568815588f_125723558.tfa (gi568815588f:125723558_125953240), 229683 bp

>pF1KB6463 966
>gi568815588f:125723558_125953240 (Chr10)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-240  (103034-103108)   100% ->
241-321  (104001-104081)   100% ->
322-411  (107005-107094)   100% ->
412-599  (107863-108050)   100% ->
600-774  (110215-110389)   100% ->
775-850  (117698-117773)   100% ->
851-966  (129568-129683)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCAGGTCTAAGCGGCGTGCCGTGGAAAGTGGGGTTCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCAGGTCTAAGCGGCGTGCCGTGGAAAGTGGGGTTCCGCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGATCCCCCAGTCCAGCGCGACGAGGAAGAGGAAAAAGAAGTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGATCCCCCAGTCCAGCGCGACGAGGAAGAGGAAAAAGAAGTCGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAGGATGAAGACGATGATGACAGTGACAAGGAAAAGGATGAAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGAGGATGAAGACGATGATGACAGTGACAAGGAAAAGGATGAAGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGTCATTGACGAG         GAAGTGAATATTGAATTTGAAGCTTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGTCATTGACGAGGTG...CAGGAAGTGAATATTGAATTTGAAGCTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCCCTATCAGATAATGATTATGACGGAATTAAGAAATTACTGCAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103060 TTCCCTATCAGATAATGATTATGACGGAATTAAGAAATTACTGCAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         CTTTTTCTAAAGGCTCCTGTGAACACTGCAGAACTAACAGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103110 TA...TAGCTTTTTCTAAAGGCTCCTGTGAACACTGCAGAACTAACAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTTAATTCAACAGAACCATATTGGGAGTGTGATTAAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104043 CTCTTAATTCAACAGAACCATATTGGGAGTGTGATTAAGGTA...TAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACGGATGTTTCAGAAGACAGCAATGATGATATGGATGAAGATGAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107007 AACGGATGTTTCAGAAGACAGCAATGATGATATGGATGAAGATGAGGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGTTTCATAAGCCTTTTAAATTTAACTGAAAGAAAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107057 TTGGTTTCATAAGCCTTTTAAATTTAACTGAAAGAAAGGTT...TAGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCCAGTGTGTTGAACAAATTCAAGAGTTGGTTCTACGCTTCTGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 ACCCAGTGTGTTGAACAAATTCAAGAGTTGGTTCTACGCTTCTGTGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAACTGTGAAAAGAGCATGGTTGAACAGCTGGACAAGTTTTTAAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 GAACTGTGAAAAGAGCATGGTTGAACAGCTGGACAAGTTTTTAAATGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCACCAAGCCTGTGGGCCTTCTCCTAAGTGAAAGATTCATTAATGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 CCACCAAGCCTGTGGGCCTTCTCCTAAGTGAAAGATTCATTAATGTCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCACAGATCGCTCTGCCCATGTACCAGCAGCTTCA         GAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108016 CCACAGATCGCTCTGCCCATGTACCAGCAGCTTCAGTA...CAGGAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTGGCGGGGGCACACAGAACCAATAAGCCATGTGGGAAGTGCTACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110221 ACTGGCGGGGGCACACAGAACCAATAAGCCATGTGGGAAGTGCTACTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTTCTGATTAGTAAGACATTTGTGGAAGCAGGAAAAAACAATTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110271 ACCTTCTGATTAGTAAGACATTTGTGGAAGCAGGAAAAAACAATTCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGAAACCTAGCAACAAAAAGAAAGCTGCGTTAATGTTTGCAAATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110321 AAGAAACCTAGCAACAAAAAGAAAGCTGCGTTAATGTTTGCAAATGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAAGAATTTTTCTATGAG         GAGCAGGGAAAACCTGAGGTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110371 GGAAGAATTTTTCTATGAGGTA...CAGGAGCAGGGAAAACCTGAGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGGAGGTCCAGACACAAGAAGAGGATTGGAACCAGTTCCGATACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117720 TTGGAGGTCCAGACACAAGAAGAGGATTGGAACCAGTTCCGATACAGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATG         GTGGTTCACGGGGGCAAGTGACAGCCCTGGTTTCTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117770 AATGGTT...CAGGTGGTTCACGGGGGCAAGTGACAGCCCTGGTTTCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAGGCTGGACTAATTCAATCAAGATCAACTCTAAGTGATTTCCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129605 GAAGGCTGGACTAATTCAATCAAGATCAACTCTAAGTGATTTCCAGGGAA

   1000     .    :    .    :    .
    938 CCTTCATGACTGTTGGAATTGCTCTGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 129655 CCTTCATGACTGTTGGAATTGCTCTGTCA