seq1 = pF1KB6445.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KB6445/gi568815587f_63888355.tfa (gi568815587f:63888355_64097543), 209189 bp

>pF1KB6445 945
>gi568815587f:63888355_64097543 (Chr11)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-143  (100300-100398)   100% ->
144-555  (108176-108587)   100% ->
556-750  (108696-108890)   100% ->
751-945  (108995-109189)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGAAGCCATCATGGCTCAGCAGGACCGAATTCAGCAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGATGAAGCCATCATGGCTCAGCAGGACCGAATTCAGCAAGAGGTG...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    ATTGCTGTGCAGAACCCTCTGGTGTCAGAGCGGCTGGAGCTCTCGGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 CAGATTGCTGTGCAGAACCCTCTGGTGTCAGAGCGGCTGGAGCTCTCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTATACAAGGAGTATGCTGAAGATGACAACATCTATCAACAGAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 CCTATACAAGGAGTATGCTGAAGATGACAACATCTATCAACAGAAGATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         GACCTCCACAAAAAGTACTCGTACATCCGCAAGACCAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 AGGTG...CAGGACCTCCACAAAAAGTACTCGTACATCCGCAAGACCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGACGGCAACTGTTTCTATCGGGCTTTCGGATTCTCCCACTTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108215 CCTGACGGCAACTGTTTCTATCGGGCTTTCGGATTCTCCCACTTGGAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTGCTGGATGACAGCAAGGAGTTGCAGCGGTGAGAAGGGTGGGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108265 ACTGCTGGATGACAGCAAGGAGTTGCAGCGGTGAGAAGGGTGGGCACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCACCGAGGCAGGTGGGTGTCTACCTCCTCCCCGGGCGAGTAGGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108315 GCACCGAGGCAGGTGGGTGTCTACCTCCTCCCCGGGCGAGTAGGATGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCGAGTAGGGTGTCTCCCTCCTTCCCGGGCGATGGGCTGGACTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108365 CTCGAGTAGGGTGTCTCCCTCCTTCCCGGGCGATGGGCTGGACTCTGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCCAGGCGGGGCAGTGCTGTCTCGGCCCTGGCGTCTGGGCTGGTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108415 TTGCCAGGCGGGGCAGTGCTGTCTCGGCCCTGGCGTCTGGGCTGGTCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCCCATGCTGGGCCCGCCTTTCCATCCCACCCCCAGGTTCAAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108465 GAGCCCATGCTGGGCCCGCCTTTCCATCCCACCCCCAGGTTCAAGGCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCTGCCAAGAGCAAGGAAGACCTGGTGTCCCAGGGCTTCACTGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108515 GTCTGCCAAGAGCAAGGAAGACCTGGTGTCCCAGGGCTTCACTGAATTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAATTGAGGATTTCCACAACACG         TTCATGGACCTGATTGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108565 CAATTGAGGATTTCCACAACACGGTG...CAGTTCATGGACCTGATTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGGTGGAGAAGCAGACCTCTGTCGCCGACCTGCTGGCCTCCTTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108714 CAGGTGGAGAAGCAGACCTCTGTCGCCGACCTGCTGGCCTCCTTCAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAGAGCACCTCCGACTACCTTGTGGTCTACCTGCGGCTGCTCACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108764 CCAGAGCACCTCCGACTACCTTGTGGTCTACCTGCGGCTGCTCACCTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTACCTGCAGCGCGAGAGCAAGTTCTTCGAGCACTTCATCGAGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108814 GCTACCTGCAGCGCGAGAGCAAGTTCTTCGAGCACTTCATCGAGGGTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGGACTGTCAAGGAGTTCTGCCAGCAG         GAGGTGGAGCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108864 CGGACTGTCAAGGAGTTCTGCCAGCAGGTG...CAGGAGGTGGAGCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTGCAAGGAGAGCGACCACATCCACATCATTGCGCTGGCCCAGGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109009 GTGCAAGGAGAGCGACCACATCCACATCATTGCGCTGGCCCAGGCCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGTGTCCATCCAGGTGGAGTACATGGACCGCGGCGAGGGCGGCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109059 GCGTGTCCATCCAGGTGGAGTACATGGACCGCGGCGAGGGCGGCACCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AATCCGCACATCTTCCCTGAGGGCTCCGAGCCCAAGGTCTACCTTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109109 AATCCGCACATCTTCCCTGAGGGCTCCGAGCCCAAGGTCTACCTTCTCTA

    950     .    :    .    :    .    :
    915 CCGGCCTGGACACTACGATATCCTCTACAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 109159 CCGGCCTGGACACTACGATATCCTCTACAAA