seq1 = pF1KB6441.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KB6441/gi568815583r_59564072.tfa (gi568815583r:59564072_59782457), 218386 bp

>pF1KB6441 942
>gi568815583r:59564072_59782457 (Chr15)

(complement)

1-50  (100001-100050)   100% ->
51-118  (102150-102217)   100% ->
119-295  (102690-102866)   100% ->
296-472  (104371-104547)   100% ->
473-575  (109719-109821)   100% ->
576-707  (111144-111275)   100% ->
708-794  (113096-113182)   100% ->
795-893  (113468-113566)   100% ->
894-942  (118338-118386)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGTGTGGAACTTAAAGAAGAATGGCAAGATGAAGATTTTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGTGTGGAACTTAAAGAAGAATGGCAAGATGAAGATTTTCCGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51          ACCTTTACCAGAAGATGATAGTATTGAAGCAGATATACTAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTG...TAGACCTTTACCAGAAGATGATAGTATTGAAGCAGATATACTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTATAACTGGACCAGAGGACCAGCCTG         GCTCACTAGAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102191 CTATAACTGGACCAGAGGACCAGCCTGGTA...CAGGCTCACTAGAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGGAAATAAAGTGAGAAAGAAACTAATGGCTCCAGACATTAGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102704 AATGGAAATAAAGTGAGAAAGAAACTAATGGCTCCAGACATTAGCCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTGGATCCTAGTGATGGCTCTGTATTGTCAGATGATTTGGATGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102754 ACTGGATCCTAGTGATGGCTCTGTATTGTCAGATGATTTGGATGAAAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGAGATTGACTTAGATGGCTTAGACACACCGTCAGAGAATAGTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102804 GGGAGATTGACTTAGATGGCTTAGACACACCGTCAGAGAATAGTAATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGAGTGGGAAG         ATGATCTTCCAAAACCCAAGACTACTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102854 TTTGAGTGGGAAGGTA...CAGATGATCTTCCAAAACCCAAGACTACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTAATTAGGAAAGGCTCAATTACTGAATACACAGCAGCAGAGGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104399 AGTAATTAGGAAAGGCTCAATTACTGAATACACAGCAGCAGAGGAAAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATGGACGACGCTGGCGTATGTTCAGGATTGGAGAACAGGACCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104449 AAGATGGACGACGCTGGCGTATGTTCAGGATTGGAGAACAGGACCACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGATATGAAGGCAATTGAACCCTATAAAAAAGTTATCAGCCATGGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104499 GTTGATATGAAGGCAATTGAACCCTATAAAAAAGTTATCAGCCATGGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GATATTATGGGGATGGATTAAATGCCATTGTTGTGTTTGCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104549 TA...TAGGATATTATGGGGATGGATTAAATGCCATTGTTGTGTTTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTGTTTCATGCCTGAAAGTAGTCAGCCTAACTATAGATACCTGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109761 TCTGTTTCATGCCTGAAAGTAGTCAGCCTAACTATAGATACCTGATGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCTTTTTAA         ATATGTTATTGGCACTTTGGAGCTATTAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109811 AATCTTTTTAAGTA...CAGATATGTTATTGGCACTTTGGAGCTATTAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCAGAAAACTACATGATAGTTTATTTAAATGGTGCAACAACTCGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111174 AGCAGAAAACTACATGATAGTTTATTTAAATGGTGCAACAACTCGAAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAATGCCCAGTCTGGGATGGCTCAGGAAATGTTATCAGCAAATTGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111224 AAATGCCCAGTCTGGGATGGCTCAGGAAATGTTATCAGCAAATTGATAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AG         GTTACGGAAAAATCTAAAATCCCTAATCATTGTACATCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111274 AGGTA...CAGGTTACGGAAAAATCTAAAATCCCTAATCATTGTACATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCTTGGTTTATCAGAACACTTCTGGCTGTTACAAGACCATTTATTAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113135 TTCTTGGTTTATCAGAACACTTCTGGCTGTTACAAGACCATTTATTAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795        CTCGAAATTCAGCCAAAAAATTAGATACGTGTTTAATTTGGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113185 A...TAGCTCGAAATTCAGCCAAAAAATTAGATACGTGTTTAATTTGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAACTAGCAGAACTTGTCCCCATGGAATACGTTGGCATACCAGAATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113511 GAACTAGCAGAACTTGTCCCCATGGAATACGTTGGCATACCAGAATGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAACA         AGTTGATCAAGAACTTAATGGAAAACAAGATGAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113561 AAAACAGTA...CAGAGTTGATCAAGAACTTAATGGAAAACAAGATGAAC

   1000     .    :
    929 CGAAAAATGAACAG
        ||||||||||||||
 118373 CGAAAAATGAACAG