seq1 = pF1KB6433.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KB6433/gi568815575r_49091440.tfa (gi568815575r:49091440_49299037), 207598 bp

>pF1KB6433 939
>gi568815575r:49091440_49299037 (ChrX)

(complement)

1-36  (98852-98887)   100% ->
37-102  (100005-100070)   100% ->
103-227  (101199-101323)   100% ->
228-423  (104677-104872)   100% ->
424-615  (105575-105766)   100% ->
616-939  (107275-107598)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGCTGGCGGACATGGACGTGGTGAATCAG         CTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  98852 ATGCTGCTGCTGGCGGACATGGACGTGGTGAATCAGGTA...CAGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCTGGGGGTCAGTTCCGGGTGGTCAAGGAGCCCCTCGGCTTTGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GGCTGGGGGTCAGTTCCGGGTGGTCAAGGAGCCCCTCGGCTTTGTGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGCAATGG         GTCTTCGCCATCTTCGCCTTTGCCACATGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 TGCTGCAATGGGTG...AAGGTCTTCGCCATCTTCGCCTTTGCCACATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGCAGCTACAGTGGGGAGCTCCAGCTGAGCGTGGATTGTGCCAACAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101229 GGCAGCTACAGTGGGGAGCTCCAGCTGAGCGTGGATTGTGCCAACAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAGAGTGACCTCAGCATCGAGGTCGAGTTCGAGTACCCCTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101279 CGAGAGTGACCTCAGCATCGAGGTCGAGTTCGAGTACCCCTTCAGGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228     GCTGCACCAAGTGTACTTTGATGCACCCACCTGCCGAGGGGGCACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101329 .CAGGCTGCACCAAGTGTACTTTGATGCACCCACCTGCCGAGGGGGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCAAGGTCTTCTTAGTTGGGGACTACTCCTCGTCAGCCGAATTCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 ACCAAGGTCTTCTTAGTTGGGGACTACTCCTCGTCAGCCGAATTCTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCGTGGCCGTGTTTGCCTTCCTCTACTCCATGGGGGCTCTGGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104773 CACCGTGGCCGTGTTTGCCTTCCTCTACTCCATGGGGGCTCTGGCCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACATCTTCCTGCAGAACAAGTACCGAGAGAATAACAAAGGGCCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 ACATCTTCCTGCAGAACAAGTACCGAGAGAATAACAAAGGGCCCATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          GACTTTCTGGCCACGGCTGTGTTCGCCTTCATGTGGCTAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104873 GTG...TAGGACTTTCTGGCCACGGCTGTGTTCGCCTTCATGTGGCTAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAGCTCATCGGCATGGGCCAAGGGGCTGTCAGATGTGAAGATGGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105616 TAGCTCATCGGCATGGGCCAAGGGGCTGTCAGATGTGAAGATGGCCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCCAGAGAACATTATCAAGGAGATGCCTGTCTGCCGCCAGACAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 ACCCAGAGAACATTATCAAGGAGATGCCTGTCTGCCGCCAGACAGGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACATGCAAGGAGCTGAGAGACCCTGTGACCTCGGGACTCAACACCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105716 ACATGCAAGGAGCTGAGAGACCCTGTGACCTCGGGACTCAACACCTCGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GTGTTCGGCTTCCTGAACCTGGTGCTCTGGGTCGGCAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105766 GGTA...CAGGTGTTCGGCTTCCTGAACCTGGTGCTCTGGGTCGGCAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTGGTTCGTGTTTAAGGAGACAGGCTGGGCCGCCCCGTTCCTGCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107315 TGTGGTTCGTGTTTAAGGAGACAGGCTGGGCCGCCCCGTTCCTGCGCGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCCCGGCGCCCCCGAGAAACAACCGGCACCCGGGGACGCCTACGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107365 CCTCCCGGCGCCCCCGAGAAACAACCGGCACCCGGGGACGCCTACGGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCAGGCTACGGGCAGGGCCCCGGCGGGTACGGGCCCCAGGATTCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107415 TGCAGGCTACGGGCAGGGCCCCGGCGGGTACGGGCCCCAGGATTCCTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGCCTCAGGGCGGCTACCAGCCTGACTATGGTCAACCAGCCGGCAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107465 GGCCTCAGGGCGGCTACCAGCCTGACTATGGTCAACCAGCCGGCAGCGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCAGTGGCTACGGGCCTCAGGGCGACTATGGGCAGCAAGGCTACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107515 GGCAGTGGCTACGGGCCTCAGGGCGACTATGGGCAGCAAGGCTACGGCCC

    950     .    :    .    :    .    :
    906 GCAGGGTGCACCCACCTCCTTCTCCAATCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107565 GCAGGGTGCACCCACCTCCTTCTCCAATCAGATG