seq1 = pF1KB6426.tfa, 858 bp
seq2 = pF1KB6426/gi568815587r_67298538.tfa (gi568815587r:67298538_67501782), 203245 bp

>pF1KB6426 858
>gi568815587r:67298538_67501782 (Chr11)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-286  (100864-101094)   100% ->
287-391  (102118-102222)   100% ->
392-615  (102620-102843)   100% ->
616-750  (102927-103061)   100% ->
751-858  (103138-103245)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGACAGCGAGAAGCTCAACCTGGACTCGATCATCGGGCGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGACAGCGAGAAGCTCAACCTGGACTCGATCATCGGGCGCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAG         GTGACATACACGGCCAGTACTACGACCTTCTGCGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGGTT...CAGGTGACATACACGGCCAGTACTACGACCTTCTGCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTTGAGTATGGCGGTTTCCCTCCCGAGAGCAACTACCTCTTTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100900 TATTTGAGTATGGCGGTTTCCCTCCCGAGAGCAACTACCTCTTTCTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTATGTGGACAGGGGCAAGCAGTCCTTGGAGACCATCTGCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100950 GACTATGTGGACAGGGGCAAGCAGTCCTTGGAGACCATCTGCCTGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCTATAAGATCAAGTACCCCGAGAACTTCTTCCTGCTCCGTGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101000 GGCCTATAAGATCAAGTACCCCGAGAACTTCTTCCTGCTCCGTGGGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGAGTGTGCCAGCATCAACCGCATCTATGGTTTCTACGATGAGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101050 ACGAGTGTGCCAGCATCAACCGCATCTATGGTTTCTACGATGAGTGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     GCAAGAGACGCTACAACATCAAACTGTGGAAAACCTTCACTGACTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101100 .CAGGCAAGAGACGCTACAACATCAAACTGTGGAAAACCTTCACTGACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCAACTGCCTGCCCATCGCGGCCATAGTGGACGAAAAGATCTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102164 CTTCAACTGCCTGCCCATCGCGGCCATAGTGGACGAAAAGATCTTCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCACGGAG         GCCTGTCCCCGGACCTGCAGTCTATGGAGCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102214 GCCACGGAGGTG...CAGGCCTGTCCCCGGACCTGCAGTCTATGGAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTCGGCGGATCATGCGGCCCACAGATGTGCCTGACCAGGGCCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 ATTCGGCGGATCATGCGGCCCACAGATGTGCCTGACCAGGGCCTGCTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACCTGCTGTGGTCTGACCCTGACAAGGACGTGCAGGGCTGGGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 TGACCTGCTGTGGTCTGACCCTGACAAGGACGTGCAGGGCTGGGGCGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGACCGTGGCGTCTCTTTTACCTTTGGAGCCGAGGTGGTGGCCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 ACGACCGTGGCGTCTCTTTTACCTTTGGAGCCGAGGTGGTGGCCAAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCCACAAGCACGACTTGGACCTCATCTGCCGAGCACACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102802 CTCCACAAGCACGACTTGGACCTCATCTGCCGAGCACACCAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616  GTGGTAGAAGACGGCTACGAGTTCTTTGCCAAGCGGCAGCTGGTGACAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102926 GGTGGTAGAAGACGGCTACGAGTTCTTTGCCAAGCGGCAGCTGGTGACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTTCTCAGCTCCCAACTACTGTGGCGAGTTTGACAATGCTGGCGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 TTTTCTCAGCTCCCAACTACTGTGGCGAGTTTGACAATGCTGGCGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGAGTGTGGACGAGACCCTCATGTGCTCTTTCCAG         ATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103026 ATGAGTGTGGACGAGACCCTCATGTGCTCTTTCCAGGTG...TAGATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAGCCCGCCGACAAGAACAAGGGGAAGTACGGGCAGTTCAGTGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103143 CAAGCCCGCCGACAAGAACAAGGGGAAGTACGGGCAGTTCAGTGGCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCCTGGAGGCCGACCCATCACCCCACCCCGCAATTCCGCCAAAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103193 ACCCTGGAGGCCGACCCATCACCCCACCCCGCAATTCCGCCAAAGCCAAG

    900 
    856 AAA
        |||
 103243 AAA