seq1 = pF1KB6421.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KB6421/gi568815587f_105977711.tfa (gi568815587f:105977711_106196904), 219194 bp

>pF1KB6421 927
>gi568815587f:105977711_106196904 (Chr11)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-409  (101757-101982)   100% ->
410-531  (112847-112968)   100% ->
532-693  (113606-113767)   100% ->
694-765  (116873-116944)   100% ->
766-927  (119033-119194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTTCCCTGCCAAACGGTTCTGCTTGGTGCCATCCATGGAGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTTTCCCTGCCAAACGGTTCTGCTTGGTGCCATCCATGGAGGGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTGGGCCTTTTCCTGCGGCACTTGGCTGCCGAGCCGAGCCGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCTGGGCCTTTTCCTGCGGCACTTGGCTGCCGAGCCGAGCCGAATGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGCAGTGCGATCGATTCAGCCCGAGGAGAAGGAGCGCATTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGCAGTGCGATCGATTCAGCCCGAGGAGAAGGAGCGCATTGGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGTCTTTGCCCGGGACGCTAAGGCAGCCATG         GCTGGTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 TTCGTCTTTGCCCGGGACGCTAAGGCAGCCATGGTA...CAGGCTGGTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGATGATAAGGAAATTAGTTGCAGAGAAATTGAATATCCCTTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 TCTGATGATAAGGAAATTAGTTGCAGAGAAATTGAATATCCCTTGGAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATATTCGTTTGCAAAGAACTGCAAAAGGAAAACCAGTTCTTGCAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101815 ATATTCGTTTGCAAAGAACTGCAAAAGGAAAACCAGTTCTTGCAAAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCATCGAATCCTTACCCGAATTTCAACTTTAACATCTCTCATCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101865 TCATCGAATCCTTACCCGAATTTCAACTTTAACATCTCTCATCAAGGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTATGCAGTGCTTGCTGCTGAACCTGAGCTGCAAGTTGGAATTGATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 CTATGCAGTGCTTGCTGCTGAACCTGAGCTGCAAGTTGGAATTGATATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAAGACTAGTTTTCCAG         GTCGTGGTTCAATTCCAGAATTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101965 TGAAGACTAGTTTTCCAGGTA...CAGGTCGTGGTTCAATTCCAGAATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTCATATTATGAAAAGAAAGTTTACCAACAAAGAATGGGAAACAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112870 TTTCATATTATGAAAAGAAAGTTTACCAACAAAGAATGGGAAACAATCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAGCTTTAAGGATGAGTGGACTCAGCTGGATATGTTTTATAGGAATTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112920 AAGCTTTAAGGATGAGTGGACTCAGCTGGATATGTTTTATAGGAATTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         GCACTTAAGGAAAGCTTCATAAAAGCCATTGGTGTTGGACTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112970 TA...TAGGCACTTAAGGAAAGCTTCATAAAAGCCATTGGTGTTGGACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGATTTGAATTGCAGCGGCTTGAATTTGATCTATCTCCATTAAACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113648 GGATTTGAATTGCAGCGGCTTGAATTTGATCTATCTCCATTAAACTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATAGGCCAAGTTTATAAAGAAACACGTTTATTCCTGGATGGAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113698 TATAGGCCAAGTTTATAAAGAAACACGTTTATTCCTGGATGGAGAGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAAAAGAATGGGCATTTGAG         GAAAGCAAAATAGATGAGCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113748 AAAAAGAATGGGCATTTGAGGTA...CAGGAAAGCAAAATAGATGAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CATTTTGTTGCAGTTGCTCTTAGGAAACCCGATGGATCTAGACATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116894 CATTTTGTTGCAGTTGCTCTTAGGAAACCCGATGGATCTAGACATCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 T         GTTCCATCTCAGGATGATTCCAAACCAACCCAGAGGCAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116944 TGTA...TAGGTTCCATCTCAGGATGATTCCAAACCAACCCAGAGGCAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTACTATTCTCAACTTTAATGATTTAATGTCATCTGCCGTTCCCATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119073 TTACTATTCTCAACTTTAATGATTTAATGTCATCTGCCGTTCCCATGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTGAAGATCCTTCATTTTGGGACTGTTTTTGCTTCACAGAAGAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119123 CCTGAAGATCCTTCATTTTGGGACTGTTTTTGCTTCACAGAAGAAATTCC

    950     .    :    .    :
    906 AATACGAAATGGTACAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||
 119173 AATACGAAATGGTACAAAGTCA