seq1 = pF1KB6418.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KB6418/gi568815587f_647482.tfa (gi568815587f:647482_864434), 216953 bp

>pF1KB6418 1011
>gi568815587f:647482_864434 (Chr11)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-221  (108398-108521)   100% ->
222-329  (111469-111576)   100% ->
330-461  (112641-112772)   100% ->
462-637  (115863-116038)   100% ->
638-835  (116266-116463)   100% ->
836-981  (116807-116952)   100% ->
982-1011  (117332-117361)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGAGCTCACCCGTGAAGCGTCAGAGGATGGAGTCCGCGCTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGAGCTCACCCGTGAAGCGTCAGAGGATGGAGTCCGCGCTGGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCAAGCAGTTCACCACCGTGGTGGCCGACACGGGCGACTTCCACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GCTCAAGCAGTTCACCACCGTGGTGGCCGACACGGGCGACTTCCACGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       CCATCGACGAGTACAAGCCCCAGGATGCTACCACCAACCCGTCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...TAGCCATCGACGAGTACAAGCCCCAGGATGCTACCACCAACCCGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGATCCTGGCCGCAGCACAGATGCCCGCTTACCAGGAGCTGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108442 CTGATCCTGGCCGCAGCACAGATGCCCGCTTACCAGGAGCTGGTGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCGATTGCCTATGGCCGGAAGCTGGGCGG         GTCACAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108492 GGCGATTGCCTATGGCCGGAAGCTGGGCGGGTG...CAGGTCACAAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGATTAAAAATGCTATTGATAAACTTTTTGTGTTGTTTGGAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111480 ACCAGATTAAAAATGCTATTGATAAACTTTTTGTGTTGTTTGGAGCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATACTAAAGAAGATTCCGGGCCGAGTATCCACAGAAGTAGACGCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111530 ATACTAAAGAAGATTCCGGGCCGAGTATCCACAGAAGTAGACGCAAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       GCTCTCCTTTGATAAAGATGCGATGGTGGCCAGAGCCAGGCGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111580 ...CAGGCTCTCCTTTGATAAAGATGCGATGGTGGCCAGAGCCAGGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATCGAGCTCTACAAGGAAGCTGGGATCAGCAAGGACCGAATTCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112685 TCATCGAGCTCTACAAGGAAGCTGGGATCAGCAAGGACCGAATTCTTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTGTCATCAACCTGGGAAGGAATTCAGGCTGGAAA         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112735 AAGCTGTCATCAACCTGGGAAGGAATTCAGGCTGGAAAGTA...CAGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTCGAGGAGCAGCACGGCATCCACTGCAACATGACGTTACTCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115866 GCTCGAGGAGCAGCACGGCATCCACTGCAACATGACGTTACTCTTCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGCCCAGGCTGTGGCCTGTGCCGAGGCGGGTGTGACCCTCATCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115916 TCGCCCAGGCTGTGGCCTGTGCCGAGGCGGGTGTGACCCTCATCTCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGTTGGGCGCATCCTTGATTGGCATGTGGCAAACACCGACAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115966 TTTGTTGGGCGCATCCTTGATTGGCATGTGGCAAACACCGACAAGAAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTATGAGCCCCTGGAAGACCCTG         GGGTAAAGAGTGTCACTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116016 CTATGAGCCCCTGGAAGACCCTGGTG...CAGGGGTAAAGAGTGTCACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAATCTACAACTACTACAAGAAGTTTAGCTACAAAACCATTGTCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116284 AAATCTACAACTACTACAAGAAGTTTAGCTACAAAACCATTGTCATGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCTCCTTCCGCAACACGGGCGAGATCAAAGCACTGGCCGGCTGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116334 GCCTCCTTCCGCAACACGGGCGAGATCAAAGCACTGGCCGGCTGTGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTCACCATCTCACCCAAGCTCCTGGGAGAGCTGCTGCAGGACAACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116384 CCTCACCATCTCACCCAAGCTCCTGGGAGAGCTGCTGCAGGACAACGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCTGGTGCCTGTGCTCTCAGCCAAGGCGG         CCCAAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116434 AGCTGGTGCCTGTGCTCTCAGCCAAGGCGGGTG...CAGCCCAAGCCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCTGGAAAAAATCCACCTGGATGAGAAGTCTTTCCGTTGGTTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116818 GACCTGGAAAAAATCCACCTGGATGAGAAGTCTTTCCGTTGGTTGCACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGGACCAGATGGCTGTGGAGAAGCTCTCTGACGGGATCCGCAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116868 CGAGGACCAGATGGCTGTGGAGAAGCTCTCTGACGGGATCCGCAAGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGCTGATGCAGTGAAGCTGGAGCGGATGCTGACA         GAACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116918 CCGCTGATGCAGTGAAGCTGGAGCGGATGCTGACAGTG...TAGGAACGA

   1050     .    :    .    :
    988 ATGTTCAATGCAGAGAATGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||
 117338 ATGTTCAATGCAGAGAATGGAAAG