seq1 = pF1KB6416.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KB6416/gi568815586r_110620137.tfa (gi568815586r:110620137_110842707), 222571 bp

>pF1KB6416 1011
>gi568815586r:110620137_110842707 (Chr12)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-187  (110807-110938)   100% ->
188-418  (111949-112179)   100% ->
419-523  (117944-118048)   100% ->
524-747  (120013-120236)   100% ->
748-882  (120439-120573)   100% ->
883-943  (121543-121603)   100% ->
944-1011  (122504-122571)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATTTAGATAAACTCAACATCGACAGCATTATCCAACGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATTTAGATAAACTCAACATCGACAGCATTATCCAACGGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAG         TGAGAGGGTCCAAGCCTGGTAAGAATGTCCAGCTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGGTA...CAGTGAGAGGGTCCAAGCCTGGTAAGAATGTCCAGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGAATGAAATCAGAGGACTGTGCTTAAAGTCTCGTGAAATCTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110843 AGGAGAATGAAATCAGAGGACTGTGCTTAAAGTCTCGTGAAATCTTTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCAGCCTATCCTACTAGAACTTGAAGCACCACTCAAAATATGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110893 AGTCAGCCTATCCTACTAGAACTTGAAGCACCACTCAAAATATGTGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GTGACATCCATGGACAATACTATGATTTGCTGCGACTTTTTGAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110943 ..CAGGTGACATCCATGGACAATACTATGATTTGCTGCGACTTTTTGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGGTGGTTTCCCACCAGAAAGCAACTACCTGTTTCTTGGGGACTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111994 ACGGTGGTTTCCCACCAGAAAGCAACTACCTGTTTCTTGGGGACTATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAGGGGAAAGCAGTCATTGGAGACGATCTGCCTCTTACTGGCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112044 GACAGGGGAAAGCAGTCATTGGAGACGATCTGCCTCTTACTGGCCTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATAAAATATCCTGAGAATTTTTTTCTTCTCAGAGGGAACCATGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112094 AATAAAATATCCTGAGAATTTTTTTCTTCTCAGAGGGAACCATGAATGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAGCATCAACAGAATTTATGGATTTTATGATGAAT         GTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112144 CCAGCATCAACAGAATTTATGGATTTTATGATGAATGTA...CAGGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAAGATACAACATTAAACTATGGAAAACTTTCACAGACTGTTTTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117949 AGAAGATACAACATTAAACTATGGAAAACTTTCACAGACTGTTTTAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTACCGATAGCAGCCATCGTGGATGAGAAGATATTCTGCTGTCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117999 TTTACCGATAGCAGCCATCGTGGATGAGAAGATATTCTGCTGTCATGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          GTTTATCACCAGATCTTCAATCTATGGAGCAGATTCGGCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118049 GTA...TAGGTTTATCACCAGATCTTCAATCTATGGAGCAGATTCGGCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTATGCGACCAACTGATGTACCAGATCAAGGTCTTCTTTGTGATCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120054 ATTATGCGACCAACTGATGTACCAGATCAAGGTCTTCTTTGTGATCTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGGTCTGACCCCGATAAAGATGTCTTAGGCTGGGGTGAAAATGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120104 GTGGTCTGACCCCGATAAAGATGTCTTAGGCTGGGGTGAAAATGACAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGTGTCCTTCACATTTGGTGCAGAAGTGGTTGCAAAATTTCTCCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120154 GAGTGTCCTTCACATTTGGTGCAGAAGTGGTTGCAAAATTTCTCCATAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CATGATTTGGATCTTATATGTAGAGCCCATCAG         GTGGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120204 CATGATTTGGATCTTATATGTAGAGCCCATCAGGTA...AAGGTGGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGATGGATATGAATTTTTTGCAAAGAGGCAGTTGGTCACTCTGTTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120447 AGATGGATATGAATTTTTTGCAAAGAGGCAGTTGGTCACTCTGTTTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGCCCAATTATTGCGGAGAGTTTGACAATGCAGGTGCCATGATGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120497 CGCCCAATTATTGCGGAGAGTTTGACAATGCAGGTGCCATGATGAGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGAAACACTAATGTGTTCTTTTCAG         ATTTTAAAGCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120547 GATGAAACACTAATGTGTTCTTTTCAGGTA...CAGATTTTAAAGCCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAGAAAAAGAAGCCAAATGCCACGAGACCTGTAACGCCTCCAAGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121557 AGAGAAAAAGAAGCCAAATGCCACGAGACCTGTAACGCCTCCAAGGGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944       TTGCATCAGGCCTGAACCCGTCCATTCAGAAAGCTTCAAATTAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121607 ...CAGTTGCATCAGGCCTGAACCCGTCCATTCAGAAAGCTTCAAATTAT

   1050     .    :    .    :
    988 AGAAACAATACTGTTCTATACGAG
        ||||||||||||||||||||||||
 122548 AGAAACAATACTGTTCTATACGAG