seq1 = pF1KB6413.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB6413/gi568815597f_25443699.tfa (gi568815597f:25443699_25666989), 223291 bp

>pF1KB6413 924
>gi568815597f:25443699_25666989 (Chr1)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-231  (110224-110366)   100% ->
232-344  (111162-111274)   100% ->
345-459  (113455-113569)   100% ->
460-532  (118946-119018)   100% ->
533-616  (119372-119455)   100% ->
617-747  (119963-120093)   100% ->
748-782  (121475-121509)   100% ->
783-924  (123150-123291)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCGCTCAAGTCGGCGGGGCGGGCGCTGATCCGGAGCCCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCGCTCAAGTCGGCGGGGCGGGCGCTGATCCGGAGCCCCAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAAGCAGAGCTGGGGGGGCGGTGGCCGGCACCGCA         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 GGCCAAGCAGAGCTGGGGGGGCGGTGGCCGGCACCGCAGTG...CAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCTGAGAACTGGACAGACACGCGGGAGACGCTGCTGGAGGGGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110227 TGCCTGAGAACTGGACAGACACGCGGGAGACGCTGCTGGAGGGGATGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAGCCTCAAGTACCTGGGCATGACGCTAGTGGAGCAGCCCAAGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110277 TTCAGCCTCAAGTACCTGGGCATGACGCTAGTGGAGCAGCCCAAGGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCTGTCGGCCGCCGCCATCAAGAGGATCGTGGCTACA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110327 GGAGCTGTCGGCCGCCGCCATCAAGAGGATCGTGGCTACAGTG...AAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAAGGCCAGTGGGAAGAAGCTGCAGAAGGTGACTCTGAAGGTGTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111163 CTAAGGCCAGTGGGAAGAAGCTGCAGAAGGTGACTCTGAAGGTGTCGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGGGAATTATCCTGACAGACAACCTCACCAACCAGCTCATTGAGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111213 CGGGGAATTATCCTGACAGACAACCTCACCAACCAGCTCATTGAGAACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCCATATACAG         GATCTCCTATTGCACAGCAGACAAGATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111263 GTCCATATACAGGTA...CAGGATCTCCTATTGCACAGCAGACAAGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGACAAGGTGTTTGCATACATCGCCCAGAGCCAGCACAACCAGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113484 ACGACAAGGTGTTTGCATACATCGCCCAGAGCCAGCACAACCAGAGCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGTGCCACGCCTTCCTCTGCACCAAGCGGAAGATG         GCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113534 GAGTGCCACGCCTTCCTCTGCACCAAGCGGAAGATGGTC...CAGGCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTGTTACCCTCACCGTAGCCCAGGCCTTCAAAGTCGCCTTTGAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118951 GGCTGTTACCCTCACCGTAGCCCAGGCCTTCAAAGTCGCCTTTGAGTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGCAGGTGTCCAAGGAAG         AGAAAGAGAAGAGGGACAAAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 119001 GGCAGGTGTCCAAGGAAGGTG...CAGAGAAAGAGAAGAGGGACAAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCCAAGAGGGAGGGGACGTCCTGGGGGCCCGCCAAGACTGCACCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119395 AGCCAAGAGGGAGGGGACGTCCTGGGGGCCCGCCAAGACTGCACCCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTGAAGAGCT         TGGTCGCCACTGGGAACCTGCTGGACTTAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119445 CTTGAAGAGCTGTG...CAGTGGTCGCCACTGGGAACCTGCTGGACTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGAGACAGCTAAGGCCCCGCTGTCCACGGTCAGCGCCAACACCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119993 AGGAGACAGCTAAGGCCCCGCTGTCCACGGTCAGCGCCAACACCACCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGGACGAGGTGCCGCGGCCACAAGCCTTGAGTGGCAGCAGTGTTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120043 ATGGACGAGGTGCCGCGGCCACAAGCCTTGAGTGGCAGCAGTGTTGTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         GAGCTGGATGATGGCCTGGATGAAGCGTTTTCGAG     
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120093 GGTG...AAGGAGCTGGATGATGGCCTGGATGAAGCGTTTTCGAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783     GCTTGCCCAGTCTCGGACAAACCCTCAGGTCCTGGACACTGGCCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121515 .CAGGCTTGCCCAGTCTCGGACAAACCCTCAGGTCCTGGACACTGGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACAGCCCAGGACATGCATTACGCCCAGTGCCTCTCGCCTGTCGACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123196 ACAGCCCAGGACATGCATTACGCCCAGTGCCTCTCGCCTGTCGACTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    879 CAAGCCTGACAGCAGCGGCACAGAGCAGGATGACCTCTTCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123246 CAAGCCTGACAGCAGCGGCACAGAGCAGGATGACCTCTTCAGCTTC