seq1 = pF1KB6392.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KB6392/gi568815592f_18299535.tfa (gi568815592f:18299535_18565064), 265530 bp

>pF1KB6392 909
>gi568815592f:18299535_18565064 (Chr6)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-270  (128047-128151)   100% ->
271-331  (140150-140210)   100% ->
332-536  (157621-157825)   100% ->
537-681  (160073-160217)   100% ->
682-771  (163757-163846)   100% ->
772-909  (165393-165530)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCAGCTGGTAGGCTCCACTATCTCGCCATGACTGCTGAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCAGCTGGTAGGCTCCACTATCTCGCCATGACTGCTGAAAATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTCCTGGAGACCTGGCTCCGGCCCCCCTCATCACTTGCAAACTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTCCTGGAGACCTGGCTCCGGCCCCCCTCATCACTTGCAAACTCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTGTGAGCAGTCTCTGGACAAGATGACCACACTCCAGGAATGCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTGTGAGCAGTCTCTGGACAAGATGACCACACTCCAGGAATGCCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTTTGCACAGCT         TGCCTGAAACAGTACATGCAGCTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCTTTTGCACAGCTGTG...CAGTGCCTGAAACAGTACATGCAGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCCGAGAAGGATGTGGGTCTCCCATCACTTGCCCTGACATGGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128073 AATCCGAGAAGGATGTGGGTCTCCCATCACTTGCCCTGACATGGTGTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAACCACGGGACCCTGCAGGAAGCTGAG         ATTGCCTGTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128123 TAAACCACGGGACCCTGCAGGAAGCTGAGGTA...CAGATTGCCTGTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTACCTGTGGACCAGTTTCAACTTTATCAGAGGTTAAAATTTGAAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 140162 GTACCTGTGGACCAGTTTCAACTTTATCAGAGGTTAAAATTTGAAAGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         AAGTTCATCTGGACCCCTACCGAACATGGTGTCCTGTTGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140212 TA...TAGAAGTTCATCTGGACCCCTACCGAACATGGTGTCCTGTTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTGTCAGACAGTGTGCCCTGTTGCCTCGAGTGACCCAGGACAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157663 ACTGTCAGACAGTGTGCCCTGTTGCCTCGAGTGACCCAGGACAGCCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGTGGAATGCCCTTCTTGCCACCTGAAATTCTGCTCGTGTTGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157713 CTGGTGGAATGCCCTTCTTGCCACCTGAAATTCTGCTCGTGTTGCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTTGGCATGCAGAGGTCTCCTGTAGAGACAGTCAGCCTATTGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157763 TGCTTGGCATGCAGAGGTCTCCTGTAGAGACAGTCAGCCTATTGTCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAACAGAGCACCG         AGCCCTCTTTGGGACAGATGCAGAAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 157813 CAACAGAGCACCGGTA...TAGAGCCCTCTTTGGGACAGATGCAGAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCATTAAGCAGTGCCCAGTTTGCCGGGTTTATATCGAACGCAATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160101 CCCATTAAGCAGTGCCCAGTTTGCCGGGTTTATATCGAACGCAATGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCGCTCAGATGATGTGCAAAAACTGCAAGCATACATTTTGCTGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160151 CTGCGCTCAGATGATGTGCAAAAACTGCAAGCATACATTTTGCTGGTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCTCCAGAACTTGGAT         AATGACATTTTCCTCAGACATTAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 160201 GCCTCCAGAACTTGGATGTA...CAGAATGACATTTTCCTCAGACATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACAAAGGGCCATGCAGGAATAAACTTGGCCACTCAAGAGCATCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163781 GACAAAGGGCCATGCAGGAATAAACTTGGCCACTCAAGAGCATCAGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTGGAACCGAACACAG         GTGGTGGGGATTCTCGTAGGCTTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 163831 GTGGAACCGAACACAGGTA...CAGGTGGTGGGGATTCTCGTAGGCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCATCATTGCCTTGGTTACTTCACCCTTGTTACTCCTGGCCTCCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165418 GCATCATTGCCTTGGTTACTTCACCCTTGTTACTCCTGGCCTCCCCATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATAATCTGTTGTGTCTGCAAGTCCTGTCGGGGCAAGAAGAAAAAGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165468 ATAATCTGTTGTGTCTGCAAGTCCTGTCGGGGCAAGAAGAAAAAGCACGA

    950     .    :
    897 CCCATCCACAACC
        |||||||||||||
 165518 CCCATCCACAACC